КБ-3 возглавлял С.Е. Рашков, командированный из ОКБ-16[56], которым руководил А.Э. Нудельман. По штату в КБ должно было работать 107 немецких и 68 советских специалистов, а фактически к июлю 1946 г. было только 22 немецких и 18 советских сотрудников. К середине августа их число достигло 50 и 21 человек соответственно.
Перед КБ-3 ставилась задача воспроизводства ЗУР «Шметтерлинг» и «Рейнтохтер». По ракете «Шметтерлинг» необходимо было по найденному образцу ракеты и имевшимся эскизам разработать чертежи, составить технические условия на изготовление и приемку ракет, полностью восстановить найденный образец ракеты и по откорректированным чертежам до октября 1946 г. изготовить две новые ракеты, а до апреля 1947 г. — опытную партию из 10 ракет.
Также планировалось восстановить чертежи, технические условия и найденный образец ракеты «Рейнтохтер R-3F».
Отдел № 6 жидкостных реактивных двигателей к ракетам «Вассерфаль», «Шметтерлинг» и «Рейнтохтер» возглавлял бывший сотрудник Казанского особого бюро НКВД («шарашки») Н.Л. Уманский. По штату в отделе должны были работать 120 немецких и 50 советских специалистов, а фактически в июле 1946 г. было 29 немецких и 7 советских специалистов, к середине августа их число достигло 90 и 14 человек соответственно.
В отдел № 6 входили техническое бюро и лаборатория. Техбюро руководил заместитель Уманского А.В. Флеров — будущий начальник отдела турбонасосных агрегатов в КБ А.М. Исаева. Задачей техбюро являлось воспроизведение чертежей и технической документации двигателей, а в лаборатории должны были экспериментально отрабатываться элементы двигателей.
Перед отделом ставились задачи восстановления чертежей, технической документации и образцов двигательных установок ЗУР «Вассерфаль», «Шметтерлинг» и «Рейнтохтер». Двигательные установки включали камеру сгорания, топливные баки, бак вытеснительной системы подачи компонентов топлива в камеру сгорания, арматуру регулирования подачи и систему трубопроводов.
Все работы по восстановлению чертежей, документации и образцов планировалось выполнить до октября 1946 г.
Отдел № 7 радиоуправления возглавлял В.А. Говядинов. В отдел входили бюро аппаратуры управления полетом и бюро аппаратуры самонаведения.
Опытный завод института, возглавляемый главным инженером С.Н. Поляковым, командированным из Министерства сельхозмашиностроения (позже его сменил подполковник A.R Кравченко из ГАУ), создавался для изготовления всех образцов ракет и снарядов, воспроизводимых институтом «Берлин», а также необходимого оборудования для исследований и испытаний образцов.
К 15 августа 1946 г. на заводе уже работало 10 советских и 100 немецких специалистов, но этого было совершенно недостаточно для производства воспроизводимых образцов.
У института «Берлин» были и филиалы. Это завод «Текситльмашиненфабрик» в городе Циттау (изготовление и сборка ЗУР «Вассерфаль»); завод № 114, бывший «Бюссинг» в районе Берлин-Обершеневайде (изготовление деталей ЗУР «Вассерфаль», «Шметтерлинг» и «Рейнтохтер»); испытательная станция пороховых реактивных снарядов «Рейнсдорф» в городе Виттенберге и др.
В изготовлении ракет участвовали и другие предприятия, расположенные в советской оккупационной зоне и в западных секторах Берлина, между которыми тогда еще не было оборудованных границ и пограничных переходов, и в гражданской одежде можно было свободно перемещаться без всяких пропусков.
Гироскопические приборы для ЗУР и для ракеты ФАУ-2 производил завод Цейса в городе Иене. Там же велись экспериментальные работы по головкам самонаведения для ЗУР.
К 1 октября 1947 г. в институте «Берлин» работали 443 советских специалиста и 1283 германских специалистов и рабочих.
К этому времени по ЗУР «Вассерфаль» были выполнены следующие работы. Восстановлена большая часть технической документации на изготовление корпуса ракеты и двигательной установки. Собрана одна ракета, ранее вывезенная из Германии в Москву и доставленная оттуда в институт «Берлин», а также одна некомплектная ракета, собранная в Циттау без камеры сгорания и арматурного блока. Изготовлены детали для сборки девяти ракет. Собраны два образца двигателя. Изготовлено около 80
По ЗУР «Шметтерлинг» были восстановлены рабочие чертежи, составлены технические описания, разработаны чертежи боевого снаряжения ракеты на базе авиабомбы R 100-BS, разработан прибор предстартового контроля, собраны, но не полностью укомплектованы аппаратурой и взрывателями три ракеты. Восстановлено три комплекта бортовых приборов: бортовой приемной антенны, бортового приемника «Кольмар», реле «Взрыв».