В 1888 году Император Александр III поручил Сергею Александровичу быть его представителем на освящении храма святой Марии Магдалины в Гефсимании, построенного на Святой Земле в память их матери, императрицы Марии Александровны. К тому времени св. Елисавета уже хорошо осознала, что протестантство не может больше удовлетворить ее духовные потребности, и что Православие ей гораздо ближе. Сергей Александрович никогда ни одним словом не дал ей понять, как он сильно желал, чтобы она приняла Православие. Но она сама чувствовала ненормальность положения, когда у супругов разная вера. Ее мучили сомнения и, узнав о возможности посетить Святую Землю, Елисавета Феодоровна восприняла это как указание Божие и молилась о том, чтобы там, у Гроба Господня, Спаситель Сам открыл ей Свою волю.
Супруги прибыли в Палестину в октябре 1888 г. Храм святой Марии Магдалины был построен в Гефсиманском саду у подножия Елеонской горы; и до сего дня это один из красивейших храмов Иерусалима. Увидев эту красоту и почувствовав присутствие на этом месте благодати Божией, великая княгиня сказала: «Как я хотела бы быть похороненной здесь». Тогда она не знала, что произнесла пророчество, которому суждено было исполниться. В дар храму святой Марии Магдалины Елисавета Феодоровна привезла драгоценные сосуды, Евангелие и воздухи.
После посещения Святой Земли великая княгиня Елисавета Феодоровна твердо решила перейти в Православие. От этого шага ее удерживал страх причинить боль своим родным и, прежде всего, отцу. Наконец, 1 января 1891 г. она написала отцу письмо о своем решении принять православную веру:
«…А теперь, дорогой Папа, —
писала она, – я хочу что-то сказать Вам и умоляю Вас дать Ваше благословение.Вы должны были заметить, какое глубокое благоговение я питаю к здешней религии с тех пор, как Вы были здесь в последний раз, более полутора лет назад. Я все время думала и читала, и молила Бога указать мне правильный путь, и пришла к заключению, что только в этой религии я могу найти всю настоящую и сильную веру в Бога, которую человек должен иметь, чтобы быть хорошим христианином. Это было бы грехом оставаться так, как я теперь – принадлежать к одной церкви по форме и для внешнего мира, а внутри себя молиться и верить так, как и мой муж. Вы не можете себе представить, каким он был добрым: никогда не старался принудить меня никакими средствами, предоставляя все это совершенно одной моей совести. Он знает, какой это серьезный шаг, и что надо было быть совершенно уверенной, прежде чем решиться на него.
Я бы это сделала даже и прежде, только мучило меня то, что этим я причиняю Вам боль, и что многие родные не поймут меня. Но Вы, разве Вы не поймете, мой дорогой Папа? Вы знаете меня так хорошо. Вы должны видеть, что я решилась на этот шаг только по глубокой вере, и что я чувствую, что пред Богом я должна предстать с чистым и верующим сердцем. Как было бы просто – оставаться так, как теперь, но тогда как лицемерно, как фальшиво это было бы, и как я могу лгать всем – притворяясь во всех внешних обрядах, что я протестантка, когда моя душа принадлежит полностью религии здесь. Я думала и думала глубоко обо всем этом, находясь в этой стране уже более шести лет и зная, что религия «найдена».