После захвата власти, по указанию штаба националистической партии, участниками повстанческих отрядов было арестовано около 200 лиц советско-партийного актива и около 2,5 тысяч граждан еврейской национальности».
Почти все советские активисты были казнены в июле-августе 1941 года. Тогда же лишилось жизни свыше четырех тысяч лиц еврейской национальности, проживающих в Можейкяй. Члены повстанческих отрядов не только участвовали в расстрелах, но и добивали раненных. Аналогичные события происходили и в других литовских городах. В них активно участвовали не только члены националистических подпольных организаций, но и те, кого Москва считала лояльными советской власти. Например, сразу же после начала Великой Отечественной войны в 29-м стрелковом корпусе Красной Армии, созданном на основе вооруженных сил независимой Литвы, началось массовое дезертирство, а также борьба с отступающими частями Красной Армии.
А не истребленное до конца чекистами местное вооруженное подполье даже взяло под свой контроль оставленные отступающими советскими войсками Вильнюс и Каунас. Уже 24 июня 1941 года в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре-ноябре ее переименовали в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом и началось формирование вспомогательных полицейских «Батальонов охраны национального труда» (сокращенно «ТДА», от литовского «Tautas darbo apsaugas batalionas»). На 1 марта 1944 года в рядах литовской полиции порядка и полицейских батальонах служило восемь тысяч литовцев. Во время немецкой оккупации он «прославился» участием в карательных акциях по уничтожению мирного населения.
Истребление земляков литовцы начали с первых дней Великой Отечественной войны, как только Красная Армия покинула города. Уже в июне 1941 года в Форте VII города Каунаса, который был превращен в концлагерь для евреев (вместимость 1500 человек), в качестве охраны служили члены «литовских охранных отрядов». При этом местные националисты, не дожидаясь прихода вермахта, проявили инициативу.
«После отступления Красной Армии население Ковно (Каунас. — Авт.) спонтанно уничтожило 2500 евреев. Еще одна большая часть была расстреляна службой вспомогательной полиции («партизанами»)».
В общей сложности во время этих акций было уничтожено в Каунасе 7800 евреев.
Это примеры «деятельности» городских подпольных националистических организаций. А ведь были еще республиканские структуры! Например, «Союзу литовцев в Германии» со штаб-квартирой в Берлине, подчинялся созданный на территории республики «Фрот литовских активистов» («ФЛА»). Согласно данным чекистов: «Уже во второй половине 1940 года при непосредственном участии гитлеровских спецслужб был создан «Фронт литовских активистов» (ФЛА), во главе с бывшим литовским послом в Берлине полковником Казисом Шкирпой, который являлся агентом германской разведки. Для непосредственного осуществления боевых операций и совершения диверсионно-террористических акций против советских войск после начала войны между Германией и СССР ФЛА были созданы военизированные подразделения т. н. «Гвардии обороны Литвы», которые конспиративно размещались в различных городах Литвы и по заданию немецкой разведки занимались вербовкой и непосредственной подготовкой кадров диверсантов и террористов».
19 марта 1941 года руководство «ФЛА» направило во все подпольные группы директиву, в которой излагались подробные указания, как надо действовать с началом войны и, в частности, «занимать мосты, железнодорожные узлы, аэродромы, фабрики и др. Немедленно арестовывать местных коммунистов и других советских активистов. Передать евреям, что их судьба ясна. Заберите их имущество в свои руки».
К ее выполнению члены «ФЛА» и те, кто к ним примкнул, приступили на второй день Великой Отечественной войны. Резко возросла численность организации. По данным отдельных историков, она достигла ста тысяч человек. На улицах появилось множество людей с белыми нарукавными повязками. Они хватали евреев, коммунистов, комсомольцев, членов семей военнослужащих Красной Армии, сотрудников учреждений и др. — всех тех, кого они считали противниками независимости Литвы. Начались массовые самосуды. Фактически «ФЛА» захватила власть в республике и поспешила заявить о создание Временного правительства во главе с Казисом Шкирпой, который должен был приехать из Германии.
Первым актом Временного правительства была раболепно холуйская телеграмма Адольфу Гитлеру: «…Представители общественности свободной Литвы шлют Вам, Вождю Немецкой нации, глубочайшую искреннюю благодарность за освобождение Литвы от губительной еврейско-большевистской оккупации и за спасение литовского народа. Ваш гений обусловит участие литовской нации в возглавляемом Вами победном походе за уничтожение иудаизма, большевизма и плутократии… за сохранение западноевропейской культуры и за претворение в жизнь нового порядка в Европе».