Бой не прекращался и в ночь с 27 на 28-е июня. За счет сокращения линии фронта противник смог высвободить резервы и переформировать части. Наши части никто не менял, и они уже по многу дней не выходили из боя. Против ослабленной 25-й стрелковой дивизии и 3-го полка морской пехоты все время наступало более пехотной дивизии, поддерживаемой танками и сильным артиллерийско-минометным огнем. Более того, авиация противника теперь действовала и в ночное время. В результате части III сектора вынуждены были отходить, неся большие потери. К утру, они отошли за реку Черная. Большая часть артиллерии сектора, находившейся на правом берегу, была потеряна, т.к. переправить тяжелые орудия по узкому, полуразрушенному мосту не было невозможности. У дивизии оставались лишь две батареи, позиции которых располагались на высоте Суздальская и прикрывали отход.
П.А. Моргунов и Г.И. Ванеев указывают, что на совещании у командующего 27 июня И.Е. Петровым была высказана мысль, о том, что части 3-го сектора удержать своих позиций не смогут. Однако никаких действий с целью усиления рубежа вдоль северных скатов Сапун-горы предпринято не было. С этого момента командование СОР более было озабочено укреплением Рубежа обеспечения эвакуации, по остальным направлениям заняв позицию стороннего наблюдателя. Вместе с тем, отход 25-й дивизии поставил в очень опасное положение 8-ю бригаду, которая до сего момента прочно удерживала свои позиции. Переправиться днем под огнем противника она не могла и, вместе с тем, она не могла долго удерживать свои рубежи, т.к. ее левый фланг и тыл оказались открытыми. Благодаря тому, что противник сам был занят перегруппировкой войск, во второй половине дня батальоны 8-й бригады начали отход с позиций. Переправляясь днем под огнем противника, пришлось оставить три 76-мм орудия.
28 июня с 8 до 12 часов противник подтягивал резервы в район железнодорожного моста через реку Черная. Во второй половине дня противник возобновил наступление силой до пехотной дивизии на участке фронта от станции Инкерман-2 до поселка Инкерман. В ожесточенном бою 8-я бригада, остатки 138-й стрелковой бригады и частей III сектора отразили все атаки. Обратите внимание, 138-я стрелковая бригада фигурирует и в сводках боев, ведущихся в 3-м секторе, и числится на позициях в 4-м секторе. Скорее всего, связанные боем батальоны бригады физически не могли выполнить требования директивы СОР по формированию 4-го сектора и продолжали сражаться в составе 3-го сектора. В районе пос. Инкерман противнику удалось переправиться через реку и вклиниться в наши боевые порядки. С этого направления оставались два полноценных, хорошо оборудованных рубежа и «рубеж прикрытия эвакуации», состоявший из двух линий земляных укреплений. 1-я линия обороны, имевшая в своем составе большое количество бетонных огневых точек, проходила по линии Карагач-Сапун-гора. Второй линией являлся собственно Тыловой рубеж обороны СОР.
К полуночи 28 июня советские части оборонялись на рубеже: Балаклава – дер. Кадыковка – поворот на Карань (109-я дивизия). От поворота на Карань вдоль Балаклавского шоссе до развилки с Ялтинским шоссе – 388-я дивизия (без одного полка). От развилки до Ялтинского кольца по скатам Сапун-горы 9-я бригада морской пехоты. Далее вдоль скатов и отрогов Сапун-горы 7-я бригада, 386-я дивизия – 8-я бригада морпехоты.
Пожалуй, только теперь, после отступления за Черную речку остатки 138-й стрелковой бригады в количестве не более 800 человек заняли позицию на высотах в районе станция Инкерман. Далее по кромке бухты и на высотах должны были держать части нового 4-го сектора. На тыловых позициях и рубеже прикрытия эвакуации оставался 8-й танковый батальон, полк 388-й дивизии (в составе одного батальона), свежая 142-я стрелковая бригада. Один батальон 9-й бригады морской пехоты находился в районе Мраморной балки и балки Бермана.
Помимо указанных подразделений из тыловых частей спешно формировались стрелковые батальоны, вооружались рабочие отряды, которые сосредотачивались на линии тылового рубежа в районе хутор Отрадный – хутор Коммуна. То есть резервы в распоряжении командования СОР были, оставалось только ими разумно распорядиться. А вот с этим у командования были большие проблемы…
Между тем, попаданием нескольких бомб в Троицкий туннель была засыпана остававшаяся еще в действии бронеплощадка бронепоезда «Железняков», одна платформа которого еще раньше была засыпана там же. В эти последние дни «Железняков» действовал очень активно и нанес врагу чувствительные потери. Но теперь оба выхода были засыпаны, и бронепоезд был погребен в туннеле. Мощным налетам немецкой авиации подверглись позиции на Сапун-горе. Налет был произведен с 18 до 20 часов силами 80 самолетов. Двое суток с вечера 26 по утро 29 противник вел интенсивный артиллерийский обстрел наших позиций.