Простой московский народ недоволен был избранием Владислава. В Москве усиливалась партия, хотевшая снова возвести на престол Шуйского. Бояре, приписывая эти волнения козням Василия и его братьев, до такой степени раздражились против Шуйских, что поднимали вопрос: не перебить ли всех Шуйских? Но за сверженного царя заступился Жолкевский. Он объявил, что Сигизмунд приказал ему беречь Василия и не допускать над ним насилий. Бояре отдали Жолкевскому в распоряжение сверженного царя и его родственников. Гетман отправил братьев Василия Шуйского, Ивана Пуговку и Димитрия с женой, в Польшу, самого сверженного царя – в Иосифов монастырь, а супругу его на время в Суздальско-Покровский монастырь. Жолкевский не хотел признавать их пострижения, так как оно было насильное, и дозволил им ходить в мирском платье.
Вслед за тем, 19 сентября, гетман вступил с войском в Москву: он так умел держать в повиновении свое войско и обращаться с русскими, что даже сам суровый патриарх Гермоген начал смотреть на него более дружелюбными глазами. Русские города один за другим присягали Владиславу, кроме некоторых, все еще державшихся вора. Достойно замечания, что Прокопий Ляпунов, в руках которого была вся Рязанская земля, не только без противоречия одобрил избрание Владислава, но послал к Жолкевскому сына своего Владимира, хлопотал о доставке съестных припасов полякам в Москву и был самым ревностным их приверженцем. Бояре по настоянию Жолкевского снарядили послов к Сигизмунду.
Жолкевский не долго остался в Москве. Сигизмунд был вовсе не доволен договором, постановленным Жолкевским. Сигизмунд не хотел давать Московскому государству сына, а думал сам завладеть этим государством и присоединить его к Польше. Управлявшие им иезуиты не видели для своих планов никакой пользы из того, что Владислав сделается московским царем, когда при этом не дозволено будет ни строить костелов, ни совращать православных в латинство и унию. Полякам вообще не нравилось запрещение давать им староства и должности в Московской земле, тогда как они надеялись поживиться при новом порядке вещей. Сигизмунд отозвал Жолкевского из Москвы. В конце октября гетман сдал начальство над войском, оставшимся в Москве, Александру Гонсевскому, а сам выехал под Смоленск, взявши с собою сверженного царя Василия и жену его.
Сигизмунд принял Жолкевского с гневом, с презрением бросил представленный гетманом договор и сказал: «Я не допущу сына моего быть царем московским».
С тех пор пленный царь находился под Смоленском до взятия этого города. Русские послы, находившиеся под Смоленском, заметили, что гетман Жолкевский поступил вопреки договору, по которому не следовало ни одного человека выводить в Польшу и Литву, и находили, что Жолкевский нанес оскорбление православной вере тем, что дозволил Василию и жене его ходить в мирском платье. «Я сделал это, – сказал Жолкевский, – по просьбе бояр, чтобы отстранить смятение в народе. Притом же Василий в Иосифовом монастыре чуть с голода не умирал… Я привез его в мирском платье, потому что он сам не хочет быть монахом; его постригли насильно, а насильное пострижение противно и вашим, и нашим церковным уставам. Сам патриарх это утверждает».
Смоленск защищался упорно благодаря мужеству воеводы Шеина. И воевода, и все смольняне охотно присягали Владиславу, но не хотели ни за что, по требованию Сигизмунда, сдавать польскому королю русского города, который король хотел присоединить к Польше, тем более что Сигизмунд показывал явное пренебрежение ко всем правам русских и к особам послов, прибывших к нему от всей Русской земли: он приказал заключить их в оковы и отправить в Польшу.