Род Годунова был не из первостепенных родов и выдвинулся не родовой честью, а случайно только в XVI в., хотя и восходил к XIV в. Предок Годуновых, татарин Мурза-Чет, приехал, как говорит предание, в XIV в. на службу к московскому князю. Как его потомки успели выдвинуться из массы подобной им второстепенной знати, неизвестно. Пользуясь постоянным расположением Грозного царя, Борис участвовал в его опричнине. Но и в Александровской слободе держал он себя с большим тактом; народная память никогда не связывала имени Бориса с подвигами опричнины. Особенно близки стали Годуновы к царской семье с того времени, как сестра Годунова, Ирина, вышла замуж за царевича Федора. Расположение Грозного к Годуновым все росло. В минуту смерти Ивана IV Борис был одним из ближайших к престолу и влиятельнейших бояр, а в царствование Федора влияние на дела всецело перешло к Борису. Он не только был фаворитом, но стал и формальным правителем государства. Это-то значение Годунова и обусловливало ненависть к нему бояр; несколько раз они пробовали с ним бороться, но были им побеждены. Влияние его поколебать было нельзя, и это было тем горше для боярства, что оно предугадывало события. Оно понимало, что бездетность Федора может открыть путь к престолу тому из бояр, кто будет сильнее своим положением и влиянием. А сила Годунова была беспримерна. Он располагал большим имуществом (Флетчер считает его ежегодный доход в 100 000 р. и говорит, что Борис мог со своих земель поставить в поле целую армию). Положение Бориса при дворе было так высоко, что иностранные посольства искали аудиенции у Бориса; слово Бориса было законом. Федор царствовал, Борис управлял – это знали все и на Руси, и за границей. У этого-то придворного временщика и было более всех шансов по смерти Федора занять престол, а он отказался и ушел за сестрой жить в монастырь.
Видя, что Ирина постриглась и царствовать не хочет, бояре задумали, как говорит предание, сделать Боярскую думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он «знает только царицу». На заявление об отказе и пострижении царицы из народа раздались голоса: «Да здравствует Борис Федорович». Тогда Патриарх с народом отправился в Новодевичий монастырь и предложил Борису Годунову престол. Борис наотрез отказался, говоря, что прежде надо успокоить душу Федора. Тогда решили подождать выбора царя до тех пор, пока пройдет сорок дней со смерти Федора и соберутся в Москву земские люди для царского избрания. По свидетельству Маржерета, Борис сам потребовал созвания по восьми или десяти человек выборных из каждого города, чтобы весь народ решил, кого надо избрать царем. Это показание Маржерета прекрасно объясняется известием из бумаг В.Н. Татищева, что бояре хотели ограничить власть нового царя в свою пользу, а Борис, не желая этого, ждал Земского собора в надежде, что на соборе «простой народ выбрать его без договора бояр принудит». Если это известие верно, то можно сказать, что в этом деле умный Борис оказался дальновиднее боярства.