Урожай 1604 г. прекратил голод, но продолжалось другое зло. В голодные годы толпы народа для спасения себя от смерти составляли шайки и добывали себе пропитание разбоем. Главную роль в этих шайках играли прогнанные своими господами во время голода холопы. Богатые люди этим путем избавлялись от лишних нахлебников, но не давали им отпускных грамот, чтобы при удобном случае иметь право вернуть их обратно на законном основании как своих холопов. Борис приказывал таким холопам выдавать из Холопьего приказа отпускные, освобождавшие их от холопства, но и это немного помогало, потому что и в свободном состоянии они не могли нигде пристроиться. Число этих голодных и беглых холопов пополнялось свободными голодавшими людьми, которых бескормица заставляла примыкать к холопьим шайкам и разбойничать. Ни одна область Руси не была свободна от разбойников. Они бродили даже около Москвы, и против одной такой шайки Хлопка Борису пришлось выставить крупную военную силу, и то с трудом удалось одолеть эту толпу разбойников.
С 1601 г. замутился и политический горизонт. Еще в 1600 или 1601 г., как сообщает Маржерет, явился слух, что царевич Дмитрий жив. Все историки более или менее согласились в том, что в деле появления самозванца активную роль сыграло московское боярство, враждебное Борису. На это есть намеки и в наших сказаниях: в одном из них прямо говорится, что Борис «навел на себя негодование чиноначальников», что и «погубило доброцветущую царства его красоту». Буссов несколько раз повторяет, что Лжедмитрий был поставлен боярами, что об этом знал сам Годунов и прямо в лицо говорил это боярам. В соединении с этими известиями получает цену и указание летописцев на то, что Григорий Отрепьев бывал и жил во дворце у Романовых и Черкасских, а также рассказ о том, что Василий Иванович Шуйский впоследствии не обинуясь говорил, что признали самозванца только для того, чтобы избавиться от Бориса. В том, что самозванец был плодом
На основании этих данных возможно понимать дело так, что в лице самозванца московское боярство еще раз попробовало напасть на Бориса. При Федоре Ивановиче, нападая открыто, оно постоянно терпело поражения, и Борис все усиливался и возвышался. Боярство не могло помешать ему занять престол, потому что, помимо популярности Бориса, права его на царство были в глазах народа серьезнее прав всякого другого лица благодаря родству Бориса с угасшей династией. С Борисом-царем нельзя было открыто бороться боярству потому, что он был сильнее боярства; сильнее же и выше Бориса для народа была лишь династия Калиты. Свергнуть Бориса можно было только во имя ее. С этой точки зрения вполне целесообразно было популяризировать слух об убийстве Дмитрия, совершенном Борисом, и воскресить этого Дмитрия. Перед этим боярство и не остановилось.