Как и нужно было ожидать, уже на четвертый год своей деятельности Великая Северная экспедиция породила всеобщее недовольство. Негодовали и постоянно жаловались на непосильные тяготы местные жители; команда судов во множестве находилась в бегах; за ложные показания "слова и дела" людей целыми толпами под конвоем отправляли в Иркутск; сибирские власти строчили доносы и кляузы в Петербург; офицеры и весь начальствующий состав перессорились между собой и были на ножах; наконец, экспедицией Беринга были сильно недовольны в Петербурге и за медлительность и за нарекания на нее. "Козлом отпущения" всего этого беспорядка сделался, разумеется, сам Беринг. Жалобы и нарекания на него сыпались со всех сторон. Начальник Охотского края - скандалист Писарев написал донос в Петербург, в котором обвинял Беринга и Шпангберга "в лихоимстве и корчемстве табаком и вином", добавляя, что "от оной Камчатской экспедиции никакого приращения не учинено, да и впредь не надеется быть, кроме великих государственных казенных убытков", что "та экспедиция напросилась в Сибирь ехать только для наполнения своего кармана", что "Беринг уже в Якутске великие пожитки получил, и не худо б было жену его, едущую в Москву, по сибирским обычаям осмотреть".
Находившийся в Якутске в ссылке, бывший капитан-лейтенант флота Казанцев, повидимому, не без влияния Писарева, также нашел нужным сообщать в Петербург, что в экспедиции происходят "великие непорядки", что все ее отправление происходит крайне медленно, и что вообще из экспедиции "прочного ничего не будет". Подчиненные офицеры также были недовольны Берингом и все неполадки в экспедиции приписывали лично ему. Доносы сопровождались кляузами. Офицер экспедиции Плаутинг сообщал в Петербург, что Беринг принимает подарки от якутских жителей, которые откупались таким способом от службы в его экспедиции. К этому вздорному обвинению, которое приводится лишь для того, чтобы показать, насколько ненормальными, исключающими дисциплину были отношения между начальником и его подчиненными, Плаутинг добавил: дело потому идет так плохо, что начальник проводит время в развлечениях и "веселостях", хотя радоваться вовсе нечему; пускает фейерверки, разъезжает в больших санях по городу с гостями и музыкантами, привез карету для катаний и т. д.
Академики также присоединились к общему хору недовольных. Они жаловались, что терпят от Беринга обиды, и просили совершенно освободить их из-под его начальства.
В Петербурге было сделано предложение Сенату и Адмиралтейств-коллегий пересмотреть дело о Великой Северной экспедиции и решить: стоит ли ее и впредь продолжать, приняв во внимание ее малые результаты, огромные издержки на нее (тогда уже доходившие до 300 тысяч). Сенат также, посылая неоднократно запросы в коллегию, спрашивал: не пора ли, наконец, остановиться? Казалось, дело экспедиции висело на волоске. Но поразительное по тому времени упорство, с которым коллегия настаивала на необходимости продолжать экспедицию ("надобно, - говорили там, - довести дело до конца, иначе все доселе сделанные издержки пойдут на ветер"), - спасло ее.
Коллегия, зная, повидимому, цену тогдашним доносам, всячески оправдывала перед правительством Беринга и просила сместить его врага Писарева. В обращении же лично к Берингу коллегия проявила большую твердость и строгость. Берингу был объявлен строгий выговор за медлительность и нераспорядительность; ему угрожали даже более строгим взысканием и приводили в пример Муравьева и Павлова, которые были разжалованы, как мы видели выше, в солдаты. Кроме того, "за неприсылку в коллегию надлежащих ответов и за нескорое отправление в надлежащий путь" Беринга лишили добавочного жалования, как находящегося в экспедиции. Совершенно невероятным по бестактности представляется также поручение, данное Чирикову, разбирать жалобы, подаваемые на его начальника Беринга. Этот штрих дисциплинарного порядка многое объясняет нам во взаимоотношениях, установившихся в Великой Северной экспедиции между начальствующим составом и подчиненными.
Обиженный чувствительно Беринг, скованный по рукам и ногам обстоятельствами, изменить которые было свыше сил человеческих, не зная за собой никакой вины, конечно, как мог, оправдывался и в свою очередь жаловался на сибирских начальников и прежде всего на Писарева. Беринг перечислял преодоленные им препятствия, ярко обрисовал отчаянное положение экспедиции, призывал в свидетели весь экипаж и в заключение с неподдельным сокрушением писал: "По чистой моей совести доношу, что уже, как мне больше того стараться, не знаю! "