Едва путешественники наши вышли в море, как грянул шторм, разбросавший корабли и разлучивший их на время. В разных числах июля поодиночке подходили они к Большерецкому устью на Камчатке, откуда и должно было по-настоящему начаться путешествие. Здесь взяли ещё несколько участников экспедиции, в том числе подштурмана Родичева, геодезиста Свистунова и переводчиков, а также полностью догрузили провиант. Море тем временем успокоилось, наступили тихие, но туманные дни. 15 июля, взяв направление на Курильские острова, вышли в море. Но корабли упорно не хотели держаться один другого, и уже не по стихийным причинам: в душах подчинённых Шпангбергу моряков бушевала стихия иного рода, — стихия ненависти к своему не в меру заносчивому и грубому начальнику. Ненавидевший Шпангберга самолюбивый англичанин Вальтон, чтобы отстать от флагмана и тем ускользнуть хотя на время от его грозных взоров, прибегал к всевозможным уловкам. Дело под конец дошло до того, что Шпангберг прибегнул к неслыханному в истории мореплавания приёму: он отдал приказание команде Вальтона не слушаться своего начальника, если тот попытается ещё раз сделать попытку удрать. Вот какие нравы, настроения и взаимоотношения царили в Великой Северной экспедиции. Изжить их, повидимому, не было никакой возможности до самого конца экспедиции. Несомненно, что пышно расцветшее среди моряков зло взаимного антагонизма, бесконечные ссоры начальников с подчинёнными и между собой принесли экспедиции огромный вред, были причиной многих неудач и страшно её затянули.
24 июля Шпанберг уже плыл вдоль цепи Курильских островов. Подойти к островам и смотреть их он не рискнул по той, согласно его словам, причине, что «берега каменные, утёсы весьма крутые, и в море великая быстрина, и колебание жестокое на якоре стоять, грунтов не имеется и очень глубоко… « Зато, старательно считая острова и насчитав больше, чем их было, он присваивал им довольно неблагозвучные наименования вроде: Афиноген, Кривой, Столбовой, Осыпной, Баран, Козел и т. д.
На этом первое путешествие Шпангберга в Японию, которой он не увидел, закончилось. Шпангберг торопился в Большерецк потому, — говорил он, — что время уже наступило почти осеннее (начало августа), ночи тёмные и долгие, беспрерывные густые туманы и погоды жестокие, а море неизвестное, отстойных мест не находится, течения же между островов сильные и неправильные; причем оказывался недостаток в провизии, особенно в сухарях, с самого выхода из Большерецка выдававшихся «со уменьшением», и в воде. Ко всему этому ещё прибавилась боязнь нападения со стороны чужестранных, вернее — японских судов на плывшие все время порознь корабли.
В середине августа Шпангберг был уже в Болышерецке. В этот свой первый японский поход, носивший характер разведки, Шпангберг все же прошёл мимо всей цепи Курильских островов до 46° северной широты, т.-е. до предполагаемой страны Иессо, и открыл среди них целый ряд новых. Вальтон спустился ещё ниже и достиг параллели самой Японии (42° 2').
Учитывая, что в одно лето поход в Японию вряд ли сможет быть осуществлён, инструкция не требовала от Шпангберга дополнительного испрашивания разрешений на восточный поход, а потому, оставшись на зимовку в Большерецке, Шпангберг стал деятельно готовиться к новому плаванию. Прежде всего было решено соорудить здесь же в Большерецке ещё один корабль для предстоящего похода. На законченный к весне 18-вёсельный шлюп «Большерецк» командиром был назначен любимец Шпангберга — квартирмейстер Эрт.
Итак, на следующий год к выходу в море была готова эскадра из четырех кораблей; командирами на остальных судах были те же моряки, что и в предыдущем году. 21 мая 1749 года корабли вышли в море. Первой задачей Шпангберга в этот рейс было — посетить и исследовать «открытую» Жуаном ге-Гама Компанейскую землю. Миновав, нигде не задерживаясь, Курильские острова, вступили на параллель, где должна была начинаться эта земля. Но, конечно, никаких признаков её обнаружено не было. Отсюда направились на юго-запад, прямо к берегу Японии.
16 июля, пройдя широту в 39°, на рассвете утром увидели впереди какую-то туманность. Без сомнения, это была Япония. Вахтенный начальник тотчас послал сообщить об этом Шпангбергу, отдыхавшему в каюте. Шпангберг, а за ним и все прочие выскочили, в чем были, из кают наверх. Жадно впивались моряки в горизонт, где постепенно вырастал из моря большой гористый остров Ниппон. Не было человека на корабле, который не вздохнул бы в эту минуту с облегчением: предмет стольких забот, надежд и приготовлений был перед глазами, путешествие на этот раз казалось удавшимся, и в самом деле оно было таковым. Все поздравляли друг друга; корабль с засвежевшим ветром под всеми парусами подходил к таинственным берегам неведомой страны.
А у берегов «на воде встречали плавающими не виданные дотоле деревья и травы и чудных животных — рыбы огромной величины и странной формы, черепах в сорокаведерную бочку и пр., видели и уродливые японские суда наподобие галер, с полосатыми и красными парусами».