Умирая, Иван Грозный назначил своему наследнику Федору Иоанновичу целый регентский совет, состоящий из пяти преданных ему вельмож. В эту Верховную думу вошли: князь Иван Мстиславский — троюродный брат нового царя; Никита Романович Юрьев — его дядя по матери; князь Иван Шуйский — знаменитый защитник Пскова; Иоаннов любимец — хитрый решительный и честолюбивый Богдан Бельский, воспитатель царевича Дмитрия, а также царский шурин Борис Федорович Годунов.
Как и при любой другой смене власти, это царствование началось с репрессий. В первую же ночь к вдовствующей царице Марии Нагой, царевичу Дмитрию и их родственникам была приставлена стража, а их возможных приспешников и людей, неугодных новой пятибоярщине, выслали из Москвы или посадили в тюрьмы. На следующий день высшие сановники Московского царства присягнули на верность новому царю, а опасное семейство Нагих было сослано в город Углич, определенный еще Иваном Грозным как собственный удел его младшего сына. Бельский со своим воспитанником не поехал, что дало основание подозревать его в интриге против Федора и желании стать единоличным регентом-правителем, в случае его замены на малолетнего Дмитрия. Хотя было и другое подозрение: якобы Бельский хотел возвести на престол Бориса Годунова, своего друга и советника. Насколько были обоснованы эти предположения, судить сложно, тем не менее они дали повод к тому, чтобы удалить его из Москвы назначением на воеводство в Нижний Новгород.
По прошествии шестинедельного траура по усопшему венценосцу состоялось венчание на царство Федора Иоанновича, сопровождавшееся невиданными милостями с его стороны: были уменьшены налоги, возвращены свобода и достояние опальным вельможам, без выкупа отпущены военнопленные, герою Пскова Ивану Шуйскому пожаловали все доходы этого города, а большая группа царедворцев получила боярские звания. Но самыми большими милостями был осыпан Борис Годунов — он и конюший, и ближний великий боярин, и наместник Казанского и Астраханского царств. Беспримерными были и его доходы. Как отмечали современники, Годунов только за свой счет мог выставить 100-тысячную армию.