Не лучше обстояло дело и внутри страны. Все старания Бориса снискать себе и своей семье народную любовь были напрасны. Его взаимоотношения с высшим сословием государства усугубились тем, что, стремясь узнать тайные мысли своих врагов, которые ему мерещились на каждом шагу, он развил до крайних пределов доносы и шпионство, поставив во главе тайной полиции и Сыскного приказа своего родственника Семена Никитича Годунова. Сначала поощрялись доносы слуг и холопов на своих господ, а потом эта практика приняла тотальные масштабы. «И от таких доносов, — говорят современники, — была в царстве большая смута: доносили друг на друга попы, чернецы, пономари, просвирни, жены доносили на мужей, дети на отцов. От такого ужаса мужья от жен таились. И в этих окаянных доносах много крови пролилось невинной, многие от пыток померли, других казнили, иных по тюрьмам разослали и совсем дома разорили». Одним из первых пострадал старый друг Бориса — умный и честолюбивый Богдан Бельский, бывший воспитатель покойного царевича Дмитрия. Будучи человеком богатым и щедрым, Бельский, выполняя поручение царя по строительству и укреплению города Царева-Борисова, сумел расположить к себе множество работных и ратных людей, некоторые называли его (вряд ли серьезно) «царем Борисовским». Но даже и такое возвеличивание кого бы то ни было Годунов простить не мог. Бельский был схвачен, разорен и отправлен в тюрьму.
А потом очередь дошла и до семьи Романовых, тех самых Никитичей, что были поручены попечению Бориса Годунова их умирающим отцом, Никитой Романовичем. Известно и имя доносчика-провокатора — Бартенев, именно он по наущению руководителя Сыскного приказа подложил в дом Александра «отравное зелье». Его обнаружение дало повод к аресту всех пяти братьев Никитичей, а также их родных и близких им князей Черкасских, Шестуновых, Репниных, Сицких, Карповых. Все они были подвергнуты пыткам, но получить какие-то доказательства их вины в заговоре против царя последователи Малюты Скуратова так и не смогли. Тем не менее в июне 1601 года им всем вынесли приговор, по которому старший из Никитичей, Федор, был насильственно пострижен в монахи под именем Филарет и сослан в Антониев монастырь на Северной Двине. Его жену Ксению Ивановну, а теперь уже монахиню Марфу, отправили в один из Заонежских погостов, а их шестилетнего сына Михаила, будущего основателя царской династии Романовых, вместе с родственниками сослали на Белоозеро. Оказались в ссылке и другие братья. Но только двум из пяти братьев, иноку Филарету и Ивану Никитичу, удалось перенести опалу и выжить. Александр, Михаил и Василий Никитичи умерли почти в одно и то же время, в феврале — марте 1602 года. Народная молва обвинила в их смерти Бориса Годунова.
Эти репрессии совпали по времени со страшным бедствием, постигшим Московское царство. В связи с катастрофическим неурожаем в стране наступил неслыханный голод, продолжавшийся три года и ставший катализатором всех последующих бед. Люди ели траву, собак, кошек, крыс. Родители поедали детей, дети — родителей. Царство превратилось в настоящий разбойничий вертеп. По стране гуляла холера, унося десятки тысяч жизней. А богатые землевладельцы лишь наживались на народном несчастье, нанимая работников в страду за кусок хлеба и прогоняя их из имений после завершения сельскохозяйственных работ. Сэкономленный хлеб шел на продажу, цена на него выросла до баснословных размеров. Никто не стеснялся заниматься хлебной спекуляцией, даже патриарх Иов, имевший большой запас хлеба, не торопился, со слов иностранных наблюдателей, его продавать, ожидая дальнейшего повышения цен. Лишь немногие богатые люди проявляли истинное милосердие по отношению к тем, кто волею судеб был вверен их попечению. История сохранила имя одной из немногих таких благодетельниц: Ульяна Устиновна Осорьина из-под Мурома, причтенная нашей церковью к лику святых под именем Юлиании Лазаревской. Она дошла до крайней степени нищеты, распродала все, что только можно было распродать, но продолжала заботиться о своих крепостных крестьянах. А когда и хлеба не на что было купить, сама пекла хлеб из лебеды и коры деревьев, который казался несчастным вкуснее любого настоящего хлеба.