Ведущую роль во Временном правительстве играл Прокопий Ляпунов. Во внутренней политике он опирался на дворянство и посадских людей, к казакам же относился как к вынужденным и ненадежным союзникам. С. М. Соловьев говорит, что по отношению к ним он был даже очень жесток, строго наказывал за малейшие проступки, действительные и мнимые, хотя и другие ополченцы страдали от чрезмерной гордости думного дворянина. «Много позора и бесчестия» терпели не только дети боярские, но и именитые бояре, часами ожидавшие аудиенции у деятельного, целеустремленного, но самоуверенного и спесивого временщика. Только себя он считал правым, только его решения должны были неукоснительно выполняться. В такой же безапелляционной манере Ляпунов решал и важнейший вопрос того времени — поиск кандидатуры на московский престол. Не посоветовавшись с ведущими деятелями Земского собора, он направил в Новгород нового воеводу, Василия Бутурлина, и поручил ему вступить в переговоры с Делагарди о подыскании царя из числа шведских принцев. Через короткое время, 23 июня, он же настоял на отправке в Швецию уже официальной делегации, целью которой было заключение военного союза против поляков. Все это вызвало недовольство не только казаков, но и значительной части земских людей, убедившихся на примере событий 1610 года, что от шведов можно получить больше вреда, чем пользы. Политические разногласия и личные амбиции Ляпунова создали ему немало тайных недоброжелателей и откровенных врагов, особенно среди казаков, которые только и ждали благовидного предлога, чтобы расправиться с ним. Со своей стороны и поляки стремились избавиться от такого деятельного и, нужно сказать честно, талантливого предводителя земского ополчения, представлявшего, в отличие от изменчивых казаков, реальную угрозу незадачливым оккупантам, осажденным в Москве. В польском стане изготовили поддельное письмо, якобы написанное лично Ляпуновым и адресованное в русские города. В нем были, в частности, и такие слова: «Где поймают казака — бить и топить, а когда, даст Бог, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим». С оказией это письмо было передано атаманам донских казаков, которым оно пришлось как раз кстати. Двадцать второго июля они собрали казачий круг, вызвали на него Ляпунова и совершили над ним самосуд. Трубецкой и Заруцкий при этом не присутствовали.
Убийство Ляпунова обострило вражду между земцами и казаками. Не желая подчиняться Трубецкому и Заруцкому, оказавшимся во главе ополчения, городские и дворянские отряды практически всего Поволжья покинули лагерь и отказались платить налоги на содержание армии. Поляки же, воодушевленные разногласиями в русском стане, попытались отвоевать утраченные позиции. Четвертого августа Я. Сапега, прорвав внешнее кольцо русских войск вокруг осажденного польского гарнизона, въехал в Кремль с обозом продовольствия.
Однако этот успех положения не изменил, осада продолжалась в прежнем режиме. Через два месяца к Москве подошел гетман Ходкевич, но его сил было явно недостаточно, чтобы атаковать русских, и он, постояв несколько дней в бездействии, отступил на зимние квартиры в район города Дмитрова.