Как ни странны были сведения Колаковского о том, с какою откровенностью говорили с ним немцы, выдавая ему даже своего единственного, хорошего, старого, опытного шпиона, как ни странно было вообще все прошлое и настоящее положение Колаковского, генерал Раух не счел нужным заняться прежде всего самим подпоручиком Колаковским, его проверкой, проверкой его связей и т. д., а препроводил всю переписку в Ставку Верховного Главнокомандующего.
В Ставке показаниям более чем подозрительного и шустрого подпоручика Колаковского придали полную веру и дело направили в Контрразведывательное отделение, начальником которого состоял полковник Батюшин, прославившийся тем, что не боялся привлекать очень богатых коммерсантов, а некоторые из его подчиненных брали большие взятки. С Батюшиным работали подполковник Рязанов и известный всему Петрограду Иван Федорович Манасевич-Мануйлов, дружившие весьма между собою. Официальным же помощником Батюшина называли жандармского, подполковника Леонтовича. Общими усилиями этого прославившегося учреждения, дело Мясоедова охватило большое число лиц всякого звания и положения, из каких некоторых вообще нельзя было ни в чем обвинять. Но Батюшинская комиссия работала...
15 февраля Колаковский был допрошен уже в Ставке, при чем рассказы его об откровенности немцев стали еще более подробными. Выходило так, что немцы хвастались, будто бы Мясоедов работал на них последние пять лет, служа в Вержболове, Тогда как он в действительности много раньше ушел со службы, жил в Петрограде и даже не служил в армии. Все эти выдумки Колаковского не показались подозрительными и ему продолжали верить
Между тем за Мясоедовым был учрежден надзор. К нему был приставлен шпион в качестве секретаря, некий чиновник Дистергоф. Ничего подозрительного в поведении Мясоедова Дистергоф не замечал.
В ночь с 18 на 19 февраля, по заблаговременной телеграмме Начальника штаба Северо-Западного фронта, по многим городам были произведены обыски и аресты лиц, связанных родством, знакомством или какими бы то ни было сношениями с Мясоедовым. Всех арестованных надлежало направлять в Варшаву, самое же дело, как было указано в телеграмме генерала Янушкевича, "поведено закончить быстро и решительно".
Сам Мясоедов был арестован в Ковно вечером 18 февраля, куда его послали со служебным поручением. Ничего предосудительного или даже подозрительного у него обнаружено не было. На квартире же дамы, с которой Мясоедов жил вместе, как с женой, нашли вещи, присланные им из Восточной Пруссии.
Перенесение дела в Варшаву, в Варшавский Военный округ являлось противузаконным. Там Дело было поручено не военному следователю, как того требовал закон, а следователю по важнейшим делам Варшавского Окружного суда, каковую должность временно занимал некто Матвеев. 16 марта из Ставки последовало повеление выделить из общего производства личное дело Мясоедова и назначить его к слушанию в Военно-полевом суде. Это повеление указывало ясно на желание Ставки покончить с делом Мясоедова поскорее, что и было понято в Варшаве (да и было разъяснено командированным из Ставки для наблюдения за ходом процесса прапорщиком Орловым - позже по службе у большевиков Орлинский, место которого занимал Матвеев).
Военно-полевой суд признал Мясоедова виновным и приговорил его к смертной казни через повешение. Державшийся во время суда спокойно, Мясоедов, бледный как полотно, слушал приговор и при словах: к смертной казни, покачнулся, прислонился к стене и закрыл лицо руками.
- Позвольте послать телеграмму Государю, я хочу проститься с матерью, как-то безнадежно воскликнул он и, теряя сознание, стал грузно опускаться на пол. Телеграмма Его Величеству послана не была, телеграммы же матери и жене, в которых несчастный клялся в невиновности и просил умолять Государя о помиловании - были задержаны и подшиты к делу. Идя на казнь по коридору крепости, Мясоедов зашел в уборную и пытался перерезать горло стеклом от пенснэ. Стража помешала это сделать. Через пять с половиной часов после объявления приговора Мясоедова казнили.
Совершилась одна из ужасных судебных ошибок, объясняющаяся отчасти обстоятельствами военного времени, а главным образом политической интригой. Никаких данных уличающих Мясоедова в измене, кроме вздорного оговора подпоручиком Колаковским, поступившим к немцам на службу по шпионажу, - не было.