Когда угроза гражданской войны стала реальной, Блейк без колебаний встал под знамена парламента. Некоторые его биографы подозревают, что он стал симпатизировать республиканцам во время обучения в Оксфорде, но доказательств этому нет. Более вероятно, что выступить против короля Блейка подтолкнула уверенность, что Карл I исповедует неправильную религию, ведет неправильную политику и нарушает конституцию. Многие полагали, что счастье и процветание придет к Англии после устранения «плохого» короля. Вероятно, был прав морской историк Джон Нокс Лофтон, когда писал, что Блейк «руководствовался собственными суждениями о недавних событиях, которые, по его мнению, не оставили ему выбора между покорностью тирании и мужественным сопротивлением».
Какой военный опыт имел Блейк до начала гражданской войны, не известно. Скорее всего, никакого. Тем не менее, он был уважаемым представителем мелкопоместного дворянства Сомерсета и к началу 1641 года одним из людей, которым парламент полностью доверял. Связав свою судьбу с парламентом, Блейк направился к Попхэмам, одной из самых влиятельных семей в Сомерсете, которые стали на ту же сторону. Там он получил назначение в полк, который они формировали.
Хотя Блейк не сражался ни в одной из знаменитых битв Гражданской войны, таких, как Марстон Мур или Нэсби, Блейк участвовал в трех известных столкновениях на западе Англии, проявив исключительную отвагу и талант командира. Все три эпизода были связаны с осадами. Первый имел место в Бристоле в июле 1643 года. Маленький форт под командованием Блейка сражался целые сутки после того, как губернатор сдал город. Хотя гарнизон был вынужден оставить оружие и снаряжение, он был отпущен на свободу, что в то время случалось довольно часто. Блейк вернулся в свой полк и обнаружил, что его поведение принесло ему благодарность парламента. Более того, он получил звание подполковника.
Следующей операцией, в которой участвовал Блейк, стала оборона Лайма. После падения Бристоля этот маленький город на побережье Дорсетшира остался единственным пунктом на западе страны, находившимся в руках парламента. Он использовался республиканцами в качестве базы для набегов на коммуникации роялистов, поэтому они придавали особое значение захвату Лайма. Это позволило бы им установить контроль над районом между рекой Северн и Ла-Маншем и дало бы королю доступ к южному побережью. Официально Блейк числился третьим по старшинству командиром, но к концу осады его инициатива и готовность взять ответственность на себя сделали его подлинным командующим обороной.
Третий и самый важный эпизод в армейской службы Блейка связан с обороной Тонтона. В июле 1644 года он был назначен губернатором этого города, имеющего важное стратегическое значение. Впервые Блейк становится самостоятельным командиром. Несмотря на многочисленные жертвы и ужасные разрушения в городе, упорное сопротивление Блейка принесло победу парламенту в тот период, когда его дела шли особенно плохо. Только в июле 1645 года после победы при Нэсби парламент сумел направить войска, чтобы снять осаду. Успешная оборона Тонтона прославила Блейка и принесла ему уважение военных и политических кругов.
Летом 1646 года война на западе Англии практически завершилась. Осенью прошлого года Блейк снова был избран в парламент от Бриджуотера, хотя исполнение военных обязанностей не позволяло ему занять свое место до мая 1646 года. Как пишет один из историков, будущий морской генерал сопротивлялся наиболее радикальным преобразованиям и даже «открыто заявлял, что охотно рискнул бы жизнью, чтобы спасти короля, как раньше рисковал ею на службе парламенту». Тот же историк утверждает, что Кромвель и остальные завидовали Блейку и подозревали его. Однако письма самого Блейка и свидетельства очевидцев этого не подтверждают. Разумеется, Блейка не могли оставить равнодушным политические и религиозные реформы тих бурных лет. Но по каким-то причинам он практически не высказывался по политическим вопросам и не участвовал в суде и казни Карла I.
Хотя Блейк усидел в своем кресле во время чистки Долгого парламента, устроенной полковником Томасом Прайдом, он проявил откровенное нежелание участвовать в политической жизни. Учитывая консервативные взгляды Блейка, можно предположить, что его возмущали события в Лондоне. Если это так, то те, кто оставался у власти бурной зимой 1648 — 49 годов, сохранили полную веру в надежность Блейка, так как назначили его одним из трех командующих флотом. Пройдя через бури гражданской войны, Блейк, судя по всему, решил просто сохранять верность Англии, какой бы режим не правил страной. До самого конца своей жизни он оставался в стороне от политики, заботясь лишь о том, чтобы обезопасить страну от вражеского вторжения. Усилиями Блейка его флот приобретал все большее значение в международных делах.