По всей стране расставили ромейские гарнизоны, и Кир начал силой устанавливать власть империи. Коптские источники — жития святых и патриархов — рисуют живую картину беспощадных и систематических преследований, а Кира ставят чуть ли не на одну доску с языческими императорами, подвергавшими гонениям христиан в III веке. Коптская церковь не выиграла от замены власти персов на христианскую. Как говорит Батлер: «Наказание бичами сменилось на наказание скорпионами». Множились рассказы о жестокости Кира и византийских властей и о героическом сопротивлении коптов. Родной брат Вениамина Мина стал мучеником, и верующие с трепетом описывали страдания, принятые им за веру. Сначала его пытали огнем, «пока жир не стал капать с его боков на землю». Затем ему вырвали зубы. Затем его засунули в мешок, полный песка. Всякий раз ему предлагали сохранить жизнь, если он примет решение Халкедонского собора, и всякий раз он отказывался. Наконец его вывезли на семь полетов стрелы в море и утопили. Биограф Вениамина не сомневается в том, за кем осталась победа: «Не они торжествовали над Миной, но Мина своим христианским долготерпением победил их».
Рассказывают, что гонения продолжались десять лет. Действительно ли они были так жестоки и беспощадны, как рисуют их жития мучеников, мы не знаем, но описания передают атмосферу страха и глубоко укоренившейся враждебности к имперским властям. Вероятно, многие копты считали, что любая перемена будет к лучшему.
На этом-то фоне, при совсем недавно восстановленной администрации Веточной Римской империи и резком расколе между нею и коптами, началось мусульманское завоевание Египта. Пока Кир без особого успеха пытался подчинить Египет своей воле, мусульмане занимали Сирию. К 636 году, когда Г&за и большая часть палестинского побережья оказались в их руках, власти Александрии должны были забеспокоиться. Реакция на новую угрозу оказалась смешанной. Кир готов был платить мусульманам дань в обмен на пакт о ненападении, и даже предлагал закрепить союз женитьбой дочери императора Евдокии и Амра ибн аль-Аса, командовавшего мусульманскими силами на юге
Палестины, после чего Амр, подобно многим варваром, известным в византийской истории, принял бы крещение, «потому что Амр и его армии доверяли Киру и относились к нему с любовью». Возможно, дань и выплачивалась в период между потерей Сирии и вторжением мусульман в Египет. В 639-м или, возможно, в 640 году политика византийского императора изменилась. Он денонсировал заключенный Киром договор и заменил патриарха-наместника военным, которому приказано было организовать более активную оборону. Кир был отправлен в изгнание на Кипр, а Константинополь отказывался признать, что, если бы его план был исполнен, и он бы собрал дань для арабов от налогов на торговлю, египтян оставили бы в покое. Но кажется, прекращение выплаты дани и послужило спусковым механизмом для вторжения.
Египетско-арабские повести о завоевании начинаются легендой о том, как Амр ибн аль-Ас впервые узнал о богатствах Египта. Еще до начала мусульманских завоеваний он с группой курайшитов отправился торговать в Иерусалим. Купцы по очереди пасли своих верблюдов на холмах вокруг города. Однажды, когда пасти их выпало Амру, тот увидел бредущего по холмам дьякона. Стояла сильная жара, и дьякон был едва жив от жажды. Амр дал ему напиться из своего меха, после чего дьякон лег наземь и уснул. Пока он спал, большая змея выползла из норы рядом с ним. Амр, заметив змею, выстрелил из лука и убил ее. Дьякон, проснувшись, спросил, что случилось. Услышав рассказ Амра, дьякон, потрясенный тем, что тот спас его жизнь не однажды, но дважды — от жажды и от змеи, — спросил, чем занимается Амр. Амр объяснил, что он торгует, в надежде нажить немного денег, чтобы прикупить третьего верблюда к двум своим. Дьякон спросил, сколько платят в народе Амра за спасение человеческой жизни, и, узнав, что жизнь ценится в сто верблюдов, сказал, что верблюдов в его стране нет, так сколько это будет в динарах? Одна тысяча — был ответ.
Дьякон объяснил, что он чужой в этой стране, что приехал помолиться в церкви Г^оба ГЬсподня и по данному обе-ту провести месяц в пустыне. Теперь он возвращался домой и пригласил Амра с собой, пообещав, что заплатит ему за двойное спасение.
Тогда Амр покинул своих спутников и отправился в Египет, где поразился величию, богатству и архитектуре Александрии, куда привез его дьякон. Он получил от дьякона должное вознаграждение, и тот дал ему проводника для возвращения в Иерусалим. Амр вернулся к своим спутникам, уже отлично представляя богатства Египта и Александрии.