«Алхимия с изобилием ее символов приносит нам прозрение относительно усилия человеческого ума, которое можно сравнить разве что с религиозным обрядом,
Алхимия для Ньютона ассоциировалась с его целью постичь всеохватывающую модель вселенной. Согласно Ньютону, алхимия превосходит математику и физику. Он изучал этот предмет в течение 30 лет и оставил неопубликованные заметки и сочинения объемом более 100000 слов. Его книга «Праксис» так и не была завершена.
Третьей областью интересов Ньютона была теология. Он был воспитан в духе пуританства. В Кембридже для получения степени бакалавра и магистра ему пришлось подписать соглашение о принятии 39 условий англиканской церкви. От него в качестве профессора требовалось соблюдение указов церкви. Этого ему удалось избежать, обратившись к людям, которые привели на престол короля Карла II, и тот даровал Ньютону специальное разрешение. Ньютон очень серьезно подходил к религиозным вопросам и теологическим аргументам. Он нашел невозможным принять доктрину о том, что Бог и Христос являются одной сущностью. Он тщательно исследовал Библию и соответствующие исторические события и обнаружил любопытный диспут, имевший место во время Никейского собора 325 г. между александрийским священником Арием и епископом Александрии Афанасием. Арий, веривший, что Бог и Христос — разные сущности, проиграл спор. Собор принял сторону Афанасия, и римско-католическая церковь согласилась с Собором. Арий был сослан в Иллирию, но дискуссия распространилась на весь христианский мир. Его еретическая доктрина известна как арианство по имени своего основателя. Арианство стало верой Ньютона, но он очень редко упоминал этот факт. Однако многим было известно, что он прекрасно знает Библию. Как сказал ему один архиепископ: «Вы больше знаете о Боге, чем все мы вместе взятые». Джон Локк высказался о знании Ньютоном Библии так: «Я знаю мало таких, кто равен ему в этом» (Дюран, «Людовик IX», с. 543).
«Первая религия, — писал Ньютон, — была самой рациональной из всех, пока народы не исказили ее. Ведь, за исключением откровения, нет способов прийти к познанию Божества, кроме как в рамках изучения природы» (Уайт, с. 154). Книга Откровения представляла особый интерес для Ньютона, поскольку была связана с эзотерической наукой нумерологии. Он называл царя Соломона величайшим философом мира. Ньютон был очарован храмом Соломона, изучил Книгу Иезекииля на трех различных языках и начертил архитектурный план Храма, исходя из размеров, указанных в Библии. Все это было связано с попыткой познавать божество «в рамках изучения природы». «Ньютон полагал себя новым Соломоном и верил, что его Богом данный долг состоит в том, чтобы открыть тайны Природы: — научные, алхимические и теологические» (Уайт, с. 162).