В начале февраля 1895 года в Москве открылось «Училище сестёр Е. и М. Гнесиных» (под «Е» подразумевались Евгения и Елена, под «М» – Мария). Все организационные дела по училищу взяла на себя Елена. Сначала педагогический коллектив состоял только из трёх сестёр Гнесиных. Но уже в 1901 году, окончив консерваторию, в этот коллектив влилась четвёртая сестра, Елизавета, и появился класс скрипки.
Одной из первых выпускниц училища была самая младшая сестра Ольга (она обучалась у Елены Фабиановны), которая тоже стала преподавать в училище. Ольга, кроме музыки, серьёзно занималась живописью.
Сёстры не только вели специальные классы игры на фортепиано и скрипке, но и теоретические, хоровые, ансамблевые, причём этим дисциплинам придавалось очень большое значение, чем училище Гнесиных существенно отличалось от других частных учебных заведений Москвы.
Елена преподавала методику игры на фортепиано, вела она и хоровой класс, в котором объединялись все учащиеся.
Евгения преподавала как фортепиано, так и детское сольфеджио, а Елизавета вела классы скрипки, камерного ансамбля, а затем и сольфеджио.
Вскоре училище молодых сестёр получило такую известность, что в него стали поступать взрослые ученики, готовившиеся к дальнейшей учёбе в консерваториях – Московской, Петербургской, Лейпцигской. Сёстры стали привлекать для преподавания музыкантов, в чьей квалификации и добросовестности они были уверены. Такими преподавателями стали выдающиеся композиторы Р.М. Глиэр, А.Т. Гречанинов, известная пианистка Е.А. Бекман-Щербина.
В 1919 году по решению Луначарского, училищу был придан статус Государственной музыкальной школы, которая в 1925 году была преобразована в Государственный музыкальный техникум имени Гнесиных.
В техникуме стал преподавать ещё один Гнесин – композитор Михаил Фабианович, ученик Римского-Корсакова и А.К Лядова. К тому времени он основал в Ростове-на-Дону музыкальную школу (ныне его имени) и Донскую народную консерваторию (1920–1921 годы). В 1923 году он был инициатором создания кафедры композиции в Музыкальном училище своих сестер.
В связи с интересом к фольклору Востока Гнесин посетил Палестину и другие страны. Он считается одним из зачинателей профессиональной еврейской композиторской школы в России. В 1914 и 1922 годах он побывал в Эрец-Исраэль, знакомясь с религиозным и светским музыкальным фольклором еврейских общин, что повлияло на его композиторское творчество.
Еврейская тематика занимает у него всегда особое место. Профессор композиции Московской (1925–1936 годы) и Ленинградской (1935–1944 годы) консерваторий, заведующий кафедрой композиции Музыкально-педагогического института им. Гнесиных (1944–1951 годы).
Всю жизнь Михаил Гнесин «разрывался» между преподавательской, просветительской деятельностью и сочинительством. Любовь к фольклору разных народов, к истории их культур выразились в написании Гнесиным мелодичных лиричных произведений на азербайджанские, адыгейские, казахские, дагестанские, туркменские, украинские интонации.
Но вновь и вновь возвращался композитор к родным еврейским мотивам.
Ему принадлежат опера-поэма «Юность Авраама», сюита из музыки к пьесе Гоголя «Ревизор» – «Еврейский оркестр на балу у городничего», симфоническая фантазия (1919 год), Вариации на еврейскую тему для струнного квартета (1916 год), «Страницы из Песни Песней» (1919 год), «Пляски галилейских рабочих» для оркестра (1923 год), вокальный цикл «Повесть о рыжем Мотеле» (1929 год) на стихи Иосифа Уткина, Элегия-пастораль памяти еврейского поэта О. Шварцмана для фортепианного трио (1940 год), фортепианное трио «Памяти наших погибших детей» (1943 год).
В конце 1940-х годов пришло время борьбы с космополитизмом, на него стали писать доносы, и Гнесин, заслуженный деятель искусств, лауреат Государственной премии, композитор, дважды лауреат премии имени Глинки, педагог с 45-летним стажем, вынужден был уйти из института.
В 1936 году техникум был преобразован в Государственное музыкальное училище имени Гнесиных. Ныне это Российская академия музыки (РАМ) имени Гнесиных – высшее музыкально-педагогическое учебное заведение.
Елена Фабиановна была директором, художественным руководителем, профессором училища, а с 1944 года – Музыкально-педагогического института имени Гнесиных. Она развивала лучшие традиции русской пианистической школы. Её известными учениками были пианист Л. Оборин, композитор А. Хачатурян, дирижёры Е. Светланов, Г. Рождественский, И. Гусман.
Квартира, где проживали сёстры Елена и Ольга Гнесины, находилась в здании академии. После смерти Елены Фабиановны Гнесиной, которая прожила в этой квартире последние восемнадцать лет жизни, в 1969 году был создан мемориальный музей. В музее полностью сохранена обстановка, архив и библиотека Гнесиной. Квартира Елены Фабиановны является выявленным объектом культурного наследия.