Это послужило формальным основанием для раскола. Наиболее существенными из нововведений, принятыми патриархом Никоном и церковным Собором 1654 года, была замена крещения двумя пальцами троеперстием, произнесение славословия Богу «алилуйя» не дважды, а трижды, движение вокруг аналоя в церкви не по ходу Солнца, а против него. Все они касались чисто обрядовой стороны, а не существа православия. Но под лозунгом возвращения к старой вере объединились люди, не желавшие смириться с возрастанием роли иностранцев и со всем тем, что казалось им несоответствующим традиционному идеалу правды.
Раскол начался с того, что патриарх Никон во всех московских церквах запретил двоеперстие. Кроме того, из Киева он пригласил ученых монахов для «исправления» церковных книг. В Москву прибыли Епифаний Ставинецкий, Арсений Сатановский и Дамаскин Птицкий, которые немедля занялись монастырскими библиотеками. Все привычное рухнуло враз — не только церковь, но и общество оказалось в глубоком и трагическом расколе.
Через все послания и челобитные Аввакума и его сторонников к царю красной нитью проходило стремление связать эти реформы с латинством, с учением и практикой католической церкви, с «фряжскими» или немецкими порядками. «Ох, ох, бедная Русь! — восклицал он. — Чего-то тебе захотелось немецких поступков и обычаев?»
Аввакум занял одно из первых мест в ряду приверженцев старины и был одной из первых жертв преследования, которому подверглись противники Никона. В сентябре 1653 года его бросили в подвал Андрониевского монастыря, где он просидел 3 дня и 3 ночи «не евши и не пивши», а затем стали увещевать принять «новые книги», однако безуспешно. Не таков был протопоп, чтобы отступиться от того, что считал он истиной. Протопоп не хотел покоряться, и Никон велел расстричь его. Но царь заступился, и Аввакум Петрович был сослан в Тобольск.
После долгого и мучительного пути приехал протопоп в Тобольск. Здесь ему покровительствовал архиепископ. Но ряд эксцентрических поступков по обличению неправд и проступков, а также то, что он продолжал «бранить от писания и укорять ересь Никонову», привело к ссылке к воеводе Афанасию Пашкову, посланному для завоевания «Даурской земли» — Забайкалье.
О многолетнем пребывании в Даурии, о муках, выпавших на долю его семьи, Аввакум ярко, образно повествует в своем «Житии». Вот лишь один эпизод из этой книги: «Страна варварская, иноземцы немирные, отстать от лошадей не смеем, а за лошадьми идти не поспеем, голодные и томные люди. В иную пору протопопица бедная брела, брела, да и повалилась и встать не может. А иной томной же тут же взвалилася: оба карабкаются, а встать не смогут. Опосле на меня бедная пеняет: «Долго ль, протопоп, сего мучения будет?» И я ей сказал: «Марковна, до самыя до смерти». Она же против: «Добро, Петрович, и мы еще побредем впредь».
Но в начале 1661 года царь Алексей Михайлович Романов позволил Аввакуму вернуться в Москву. Аввакум воспрянул духом, решив, что царь отвернулся от никониан и теперь будет во всем слушаться староверов. В действительности же ситуация была намного сложней. Между царем и патриархом началось охлаждение. Крайне встревоженные усилением и возвышением патриарха, бояре и высшее духовенство начали все более противиться церковным реформам, несмотря на то что за их проведение непосредственно выступал Алексей Михайлович. Алексей Михайлович колебался, но его сомнения касались отношений с патриархом Никоном, а не реформ. Зато его окружению удалось устроить возвращение в Москву протопопа Аввакума и других членов бывшего кружка «боголюбцев». Аввакум связывал свой вызов с победой староверия.
Протопоп почти два года добирался до Москвы, неустанно проповедуя по пути свое учение. Каково же было его разочарование, когда он увидел, что никонианство в церковной жизни повсюду пустило корни, а Алексей Михайлович не собирался отказываться от реформ. В нем с прежней силой пробудилась страстная готовность бороться за свои убеждения, и он, воспользовавшись благоволением царя, забрасывал царя челобитными с протестом против никонианства и самого патриарха.
Алексею Михайловичу хотелось привлечь на свою сторону неустрашимого «ревнителя благочестия», так как это позволило бы в корне заглушить все более нараставшую народную оппозицию. Оттого он, не выказывая прямо своего отношения к челобитным Аввакума, попытался склонить его к уступчивости обещанием сперва места царского духовника, затем, что гораздо больше привлекало Аввакума, справщика в Печатном дворе. Одновременно от имени царя боярин Родион Стрешнев уговаривал протопопа прекратить свои проповеди против официальной церкви, по крайней мере до собора, который обсудит вопрос о Никоне.
Такой поворот событий пришелся не по душе староверам, и они бросились со всех сторон уговаривать протопопа не оставлять «отеческих преданий». Аввакум возобновил свои обличения никонианского духовенства, называя их в своих проповедях и писаниях отщепенцами и униатами. Царь увидел, сколь безнадежны его надежды на примирение Аввакума с церковью.