Вместе со своим спутником жизни, доктором Джузеппе Монтессано, в это время она работала в психиатрической клинике Рима. В 1898 году у них родился сын – Марио. Мать Джузеппе не дала согласия на брак, поэтому ребенок считался незаконнорожденным. В католической Италии такая ситуация могла стать катастрофой для Марии и ее карьеры, да и для самого ребенка. Поэтому до 10 лет ребенок воспитывался в деревне. Только потом мать смогла забрать его к себе. С тех пор он жил с мамой и стал продолжателем дела всей ее жизни, сыграв потом значительную роль в распространении идей Марии Монтессори по всему миру.
Не имея возможности проводить время с собственным сыном, женщина полностью посвятила себя чужим детям. И это принесло свои плоды. Воспитанники Монтессори были подготовлены к экзаменам и сдавали их вместе с учениками начальной школы муниципального совета в Риме. В итоге «дураки» показали лучшие результаты, обойдя нормальных детей! Это было громом среди ясного неба. Результаты многократно проверялись и перепроверялись, однако опровергнуть их было нельзя. «Настоящим чудом» назвал это событие английский посланник в докладе британскому министерству иностранных дел. Осознав возможности методики, итальянское правительство создало Ортофренический институт по подготовке учителей для умственно отсталых детей. В 1898 году Монтессори возглавила его и руководила им несколько лет, оставив только для того, чтобы совершенствоваться дальше. Она прекращает работу с аномальными детьми и посвящает свою деятельность обычным детям, которые частенько находились в школах в положении намного худшем, чем ее воспитанники, страдавшие отклонениями в развитии.
В 1901 году Мария Монтессори поступает на философский факультет Римского университета. Еще она занимается экспериментальной психологией и педагогической антропологией. Становится заведующей кафедрой антропологии, пишет книгу «Психологическая антропология», читает лекции на тему: «Истинное обучение – помочь, а не осуждать. Истинное обучение дает ребенку энергию, а не обесточивает его». Монтессори хотела строить свою методику на наблюдениях за ребенком в естественных условиях и понимании его таким, каков он есть, а не тем, какой должна быть формирующаяся личность в глазах взрослых. С этой целью Мария посещает множество начальных школ, внимательно приглядываясь к методам обучения, и все чаще испытывает чувство горечи и разочарования. Как можно наблюдать ребенка, если он, как автомат, выполняет лишь то, что предписывается преподавателем! Дети не имеют возможности проявлять себя, поэтому совершенно невозможно познать истинную природу их успешного обучения. Так постепенно, у Монтессори формируется ее первое педагогическое кредо: гуманная педагогика возможна только тогда, когда ребенку предоставляется свобода действий, а сдерживают его лишь в особых случаях. Отсюда она делает закономерный вывод: если нельзя изучать ученика, связанного по рукам и ногам школьной дисциплиной, то как же его можно образовывать и воспитывать! Вместо того чтобы содействовать физическому развитию ребенка, школа задерживает его и почти не дает проявляться свободной инициативе. Мария приходит к выводу, по ее выражению, «глубокому, как наитие», что методы, которые применялись ею столь эффективно для обучения аномальных воспитанников, могут быть продуктивно использованы и для развития нормальных детей. С тех пор и до конца жизни – 45 лет! – Монтессори занималась проблемами воспитания и образования здоровых детей.
6 января 1907 года, при поддержке итальянского миллионера Эдуардо Таламо, Мария открывает первый «Дом ребенка» – школу для нормальных, хотя и педагогическо запущенных детей. На этой своеобразной «экспериментальной площадке» в Сан-Лоренцо педагог-гуманист разработала специальную среду, окружающую ребенка, стимулирующую его естественное развитие. Дети в «Доме ребенка» находились с 9.00 до 16.00 и совмещали свободные игры с молитвами, а разнообразную познавательную деятельность – с пением. Здесь все было приспособлено к тому, чтобы приучить ребенка к самостоятельности и содействовать его разностороннему совершенствованию.
Работа в «Доме ребенка» была построена по принципам Монтессори. Она оборудовала его так, чтобы в нем было уютно и удобно детям разных возрастов. Был изготовлен первый комплект сенсорного, математического и языкового материала. Женщина наблюдала, как дети с удовольствием и большой концентрацией занимаются. «Выбор подсказывается инстинктом, который природа дает каждому в поводыри его психического роста; руководимая инстинктом деятельность развивается с большей энергией и максимальным энтузиазмом, благодаря чему дети без всякого утомления исполняют такие работы, которых ни одной учительнице и не снилось от них требовать».