Клеопатра бежала из города и принялась формировать армию. Отправившись в Сирию, она набрала воинов из арабских племен за восточной границей и выступила на Египет. Потин и его клика собрали войско и вместе с мальчиком-царем преградили ей путь у города Пелусия. Тем временем разбитый Помпей бежал в Египет, надеясь, что старые узы, которые связывали его с царской семьей, обеспечат ему надежное убежище. Однако направился он не в Александрию, а в лагерь юного царя на побережье у Пелусия. Окружение Птолемея XIII сначала обещало изгнаннику помощь, но затем втайне было принято решение убить Помпея, чтобы этим заслужить благосклонность Цезаря. В конце сентября 48 года до н. э. Помпея закололи мечом, когда перевозили в лодке с корабля на берег. Убийство произошло на глазах тринадцатилетнего мальчика-царя, который с берега смотрел на злодеяние, облаченный в пурпурную хламиду. Этим жестом дворцовая клика надеялась продемонстрировать победителю, что они отреклись от всех связей с его врагами, и таким образом заслужить его лояльность. Однако через несколько дней после убийства у Пелусия Цезарь, следовавший по пятам за беглецом, прибыл с эскадрой к Александрии. Голову Помпея Цезарю принесли на корабль, но это не заставило того уплыть прочь. Цезарь решил войти в Александрию с теми небольшими силами, которые были на его кораблях. Он высадился, прошел по улицам со знаками отличия римского консула и водворился во дворец Птолемеев. Александрийцы встретили по сути оккупационные войска весьма недоброжелательно.
Царя и царицы не было в городе, они караулили друг друга в своих лагерях, разбитых у границы, Цезарь, как представитель Рима, потребовал от них распустить армии и подчиниться его суду. Ведь Авлет в своем завещании просил римский народ позаботиться, чтобы его воля была исполнена, и он был в своем праве юридически, а не просто по воле сильного. К тому же Цезарь хотел получить денежный долг Египта перед Римом и продемонстрировать всем свою власть решать судьбу правителей формально суверенного государства. В ответ на требование Цезаря Потин вернулся в Александрию с молодым царем, но не распустил царскую армию. Он оставил ее под Пелусием. Клеопатре предстояло выполнить трудную задачу – добраться до Цезаря от границы так, чтобы в пути ее не убили дворцовые головорезы. Поэтому она инкогнито прибыла в Александрию, и ее помощник тайком пронес ее во дворец, завернув в мешок для постели (кстати, это обстоятельство подтверждает тот факт, что царица была миниатюрна).
Можно много рассуждать о политической необходимости и о том, что для Цезаря было выгоднее опираться в Египте на полностью ему обязанную царицу, а не на уже предавшего покровителя Птолемея, вернее Потина, руководившего своим воспитанником. Но факт остается фактом: лишь одна ночь в обществе двадцатидвухлетней Клеопатры – и Цезарь, которому на тот момент было уже 52 года, оценил, по крайней мере, ее ум, а может, и женские чары. Союз был заключен.
Наутро сановный римлянин объявил Птолемею, что тот должен немедленно помириться с сестрой и разделить с ней власть, но мальчик в ярости выбежал из дворца и, сорвав с себя диадему, стал жаловаться собравшемуся народу, что его предали. Толпа всколыхнулась, но Цезарь – один против толпы черни – хладнокровно утихомирил всех, зачитав завещание царя, их отца, и напомнив всем, что с могущественными соседями лучше жить дружно.
Теперь у Цезаря в руках были и царь, и царица, отношения с которой потихоньку переходили в любовные, ведь более всего он ценил в людях разум. Римлянин публично примирил Птолемея с сестрой, и они снова стали соправителями согласно воле отца. Однако александрийцы, подстрекаемые Потином, все так же неприязненно относились к чужаку, и некоторое время спустя армия юного строптивого царя двинулась на город. Для Цезаря это означало новую войну – Александрийскую, как ее потом назвали, – в которой ему пришлось биться в лабиринте улиц египетского города во главе войска, сильно уступавшего противнику в численности. Другие его легионы в это время только шли в Египет через Сирию и находились еще далеко.
Забаррикадировавшись с небольшой армией в городском квартале рядом с Большой гаванью, он мог сдерживать продвижение вражеских солдат, но не мог вернуться с воинами на корабли. Он сжег александрийский флот, оставленный в гавани без защиты, и тем открыл для себя путь отступления по морю. Как раз тогда и загорелось несколько складов с зерном и папирусными свитками (вероятно, это были книги, подготовленные для вывоза из Александрии), расположенных у гавани, и погибло множество бесценных сочинений – 40 тысяч, по словам Ливия. Похоже, именно этот пожар и дал начало легенде, распространившейся через несколько поколений, что великая Александрийская библиотека была сожжена.