Номинальным командующим войсками, выступающими против мятежного брата, был назначен Парвиз. Подлинным руководителем имперской армии был Махабат-хан, талантливый военачальник, сыгравший поразительную роль в последние годы правления Джахангира. Близкий друг Джахангира с детских лет, Махабат-хан открыто встал в оппозицию влиянию Hyp Джахан на государственные дела, и в результате его то и дело отсылали на самые дальние пограничные посты. В условиях наступившего кризиса империи потребовалось его воинское мастерство, и Махабат-хана призвали ко двору. В течение почти трех лет он и Парвиз преследовали Шах Джахана по огромной петле в несколько тысяч миль – через Раджастхан в Декан, на восток, потом снова на север, через Ориссу в Бенгалию, далее по течению Ганга к Агре и еще раз на юг, в Декан. Всюду, где бы ни завязывалось сражение или стычка, Шах Джахан оказывался в худшем положении, но он был слишком подвижен и увертлив, чтобы армия могла его преследовать, и доказал, что его невозможно припереть к стене. Его повсюду сопровождали жена и дети. Поиски союзников приводили порой к странным альянсам с бывшими врагами. Разделяя теперь общее противодействие имперской власти, Шах Джахан ненадолго объединил силы со своим прежним соперником в Декане Маликом Амбаром. В 1623 году он провел четыре месяца в Удайпуре у правителя Мевара Карана Сингха, которого девять лет назад с таким триумфом доставил ко двору, где тот принял вассальную присягу его отцу. Каран Сингх, теперешний Рана Мевара, поселил своего гостя-изгнанника в Гуль Махале, купольном павильоне, недавно возведенном на прекрасном острове Джаг Мандир посреди озера близ Удайпура.
В 1625 году скитания Шах Джахана завершили полный круг, и он во второй раз нашел пристанище в Декане. Стало ясно, что мятежник попал в безвыходное положение, и он запросил мира. Несмотря на очевидную слабость его позиции, мир был ему предложен на поразительно терпимых условиях. В его владении оставались две захваченные им крепости, кроме того, он должен был отправить ко двору в качестве заложников двоих своих младших сыновей – Дару Шукоха и Ауран-гзеба. Самого его сделали правителем Балагхата, ныне захолустного округа в штате Мадхья Прадеш. Мягкость условий, скорее всего, была отражением тревоги Hyp Джахан по поводу того, что за время длительного преследования мятежника в руках Парвиза и Махабат-хана сосредоточились слишком большие воинские силы. Шах Джахан принял условия с благодарностью, и, когда в начале марта 1626 года имперский гонец доставил фирман, отосланный ему Hyp Джахан по поручению Джахангира, он простерся ниц и возложил фирман себе на голову в знак преданности и почтения. Два царевича, десятилетний Дара Шукох и восьмилетний Ауранг-зеб, в будущем непримиримые враги, уехали вместе ко двору с богатыми дарами для императора. Царевичи были доверены попечению Hyp Джахан – перспектива тревожная, учитывая политическую ситуацию, но Шах Джахан, как в свое время и Хумаюн в случае с наследником престола Акбаром, положился на семейную традицию не причинять зла внукам. Сам же он был слишком осторожен, чтобы ступить ногой на земли империи, и, даже не приняв управление над Балагхатом, удалился в Насик.
Чтобы ослабить влияние Махабат-хана, Hyp Джахан добилась его смещения с должности советника Парвиза и назначения правителем далекой Бенгалии. Помимо этого, она выдвинула против него серьезные обвинения в недобросовестном обращении с государственными средствами. Однако реакция военачальника на подобное давление была, как и у Шах Джахана, весьма агрессивной, и за короткое время он подготовил восстание куда более успешное, чем бунт царевича. Под тем предлогом, что ему нужно подготовить отчет о своей деятельности, он отправился в Лахор, а в марте 1626 года в лагере, разбитом на берегу реки Джелам, присоединился ко двору на пути его следования в Кабул, вызвав немалую тревогу императорского окружения тем, что явился в сопровождении пяти тысяч раджпутов. В отместку за такую демонстрацию силы, пока еще мирную, ему было направлено пренебрежительное по тону послание с запретом являться ко двору, пока его не позовут. Асаф-хан оказался настолько безрассудным, что переправил основную часть имперской армии через реку, оставив царские шатры на восточном берегу под незначительной охраной. И Махабат-хан вполне резонно рассудил, что если Hyp Джахан и Асаф-хан могут управлять империей через посредство императора, то почему бы ему не делать то же самое. Он оставил у въезда на лодочный мост две тысячи раджпутов, чтобы воспрепятствовать кому бы то ни было переправиться с западного берега на восточный, а сам поехал верхом в императорский лагерь.