В начале XVII в. в Смутное время Ивановская обитель была разграблена польскими интервентами, но Божией милостью и усердием русских царей вскоре восстановлена. В 1701 году после указа Петра I в обители построили «каменную крестовую палату с сенями», это были, видимо, настоятельские кельи у Святых врат, а в 1753 году территорию Ивановской обители огородили каменной стеной. В середине XVIII века обитель была опустошена двумя московскими пожарами: Троицким 1737 года и пожаром 1748 года, но в 1761 году монастырь был возобновлен щедротами императрицы Елизаветы Петровны, которая предназначала его «для призрения вдов и сирот заслуженных людей».
В Ивановском монастыре среди родовитых насельниц были опальные лица из царской семьи, позже в монастырь присылали на покаяние женщин, упорствующих в ереси или совершивших тяжкие преступления. Так, в ХVI в. в обители святого Иоанна Предтечи была пострижена супруга старшего сына царя Иоанна Грозного царевича Иоанна, в монашестве Параскева, в начале ХVII в. в Смутное время в монастыре была заточена и пострижена с именем Елена супруга царя Василия Шуйского. Еще одна таинственная затворница содержалась в обители в конце XVIII – начале ХIХ вв. Этой загадочной невольницей была, по преданию, родная дочь императрицы Елизаветы Петровны от тайного морганатического брака с графом Алексеем Григорьевичем Разумовским – известная княжна Августа Тараканова. По повелению Екатерины II в 1785 году настоящая дочь Елизаветы Петровны была доставлена из-за границы, представлена императрице и «для блага России» пострижена в монашество с именем Досифеи в Московском Ивановском монастыре. Царственная инокиня содержалась в строжайшем затворе около 25 лет. Свой невольный затвор она обратила во спасение своей души и душ тех ближних, кто приходил к ней с верой за помощью, т. к. после смерти Екатерины II в 1796 году к старице Досифее стали допускать народ. Тогда и явлены были миру дары молитвы и прозорливости, которыми щедро наделил Господь смиренную инокиню, принявшую крест свой от руки Божией. Многим помогла она на пути спасения. О ее молитвенной помощи свидетельствовал в середине XIX в. настоятель Оптиной Пустыни схиархимандрит Моисей (Путилов), ныне прославленный в сонме Оптинских старцев. Ему, а также его брату, будущему настоятелю Саровской пустыни игумену Исайе II (Путилову), она указала монашеский путь и поддерживала их в юности молитвою и добрым советом. Почила о Господе монахиня Досифея 4 февраля 1810 году и похоронена была в Новоспасском монастыре – родовой усыпальнице бояр Романовых.
В 1812 году, когда в Москву вошел Наполеон, монахини тайно ушли в Хотьков монастырь. Имущество монастыря было разграблено и сожжено. Решением Священного Синода 1813 года Ивановский монастырь был упразднен, а в 1859 году по ходатайству Московского митрополита Филарета (Дроздова) государь император Александр II утвердил проект восстановления обители. В начале 1860 года началась ломка ветхих зданий монастыря. Однако строительство затянулось почти на 20 лет. С возобновлением в 1879 году монастыря при нем были организованы церковное училище для девочек-сирот и больница для монахинь всех московских монастырей, иконописная школа для сестер обители, ясли для детей-подкидышей.
К 1917 году в обители проживало свыше трехсот насельниц. С началом Первой Мировой войны все они, кроме обычных монастырских послушаний, шили белье для русской армии. Уже в 1918 Ивановская обитель была закрыта и превращена в концлагерь – «Ивановский Исправдом на Солянке», где в 20-е годы одновременно бывало до четырехсот заключенных. Собор Усекновения главы святого Иоанна Предтечи и Елисаветинская церковь продолжали действовать как приходские, при них проживали около ста насельниц. В 1926 году храмы были отобраны. Монастырский Собор святого Иоанна Предтечи присмотрело для своего хранилища Губернское архивное бюро, а Елисаветинская церковь отошла в распоряжение лагерного начальства. Затем в монастыре находилась школа НКВД, позднее МВД.
В 1992 году монастырь был передан Православной Церкви. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II монастырь был приписан к храму святого князя Владимира. В его восстановлении активно участвует Московское благотворительное братство святого равноапостольного князя Владимира. Сейчас в монастыре силами Братства открыта часовня Усекновения главы Иоанна Предтечи, реставрирован больничный корпус, восстановлен и освящен больничный храм преподобной Елисаветы. Первая служба в храме состоялась 28 апреля 1995 года, в пятницу Светлой седмицы, когда празднуется память иконы Божией Матери «Живоносный Источник». 8 сентября 2002 года был торжественно освящен Казанский придел монастырского собора, в котором воссоздана уникальная живопись.
Особенно близкие отношения у насельниц Иоанно-Предтеченского монастыря сложились с Пюхтицкой обителью в Эстонии, в которой сохранились традиции русского православного общежительного монашества.