В 1817 году ярмарка после сильного пожара была перенесена в Нижний Новгород. Для Макарьевского монастыря перенос ярмарки оказался невосполнимой потерей. Монастырь беднел с каждым годом, и монахи стали покидать обитель на Волге. Уход монахов из монастыря увеличился, когда в начале XIX в. Волга изменила свое русло, затопила Желтое озеро, вплотную подошла к стенам святой обители и стала ее разрушать. Сначала были подмыты частично стены монастыря, а в 1859 году рухнул центральный купол собора. Опасаясь за жизнь монахов, Нижегородское епархиальное начальство и местные власти приняли решение об упразднении монастыря и уничтожении монастырского комплекса. Но благодаря настойчивости местных жителей удалось сохранить этот уголок Древней Руси. В 1869 году монастырская община все же была упразднена, монахи разошлись по другим обителям. Здесь остался лишь один иеромонах, приглядывать за опустевшими монастырскими зданиями. По просьбе макарьевских жителей в монастыре была оставлена чудотворная икона преподобного Макария.
Через несколько лет Волга снова изменила свое русло и отошла от монастыря почти на версту. Опасность для зданий исчезла. В 1882 году монастырская община была восстановлена, но уже как женская. В 1910 был восстановлен центральный купол Троицкого собора и вновь украшен росписью. Монастырь постепенно стал возрождаться. К 1917 году монастырь собрал около трехсот сестер.
В 1927 году монахини были изгнаны из стен обители. В 1928–1929 годах здесь был размещен детский дом, затем монастырские помещения стали сдавать в аренду разным организациям. В годы войны в монастыре размещался эвакогоспиталь, а в 1943 году монастырь был передан Лысковскому зооветеринарному техникуму.
Только в январе 1992 года Свято-Троицкий Макарьево-Желтоводский монастырь был возвращен Нижегородской епархии, началось возрождение древней обители. Первой была восстановлена надвратная церковь Михаила Архангела, затем преподобного Макария, Желтоводского и Унженского чудотворца, приведены в порядок монашеские кельи, восстановлены стены и башни, спасена от падения и разрушения колокольня.
Серафимо-Понетаевский женский монастырь (Скитсерафимо-Дивеевского монастыря) во имя иконы Божьей Матери «всех скорбящих Радость»
Основала его Гликерия Васильевна Занятова, крестьянка. Мать ее, исцеленная от рака молитвами преподобного Серафима Саровского, дала обет посвятить Богу младенца, рожденного ею после этого чудесного исцеления. Вскоре у нее родилась дочка, названная Гликерией. Батюшку Серафима Гликерия помнила с детских лет, когда они с матерью ходили в Саровский монастырь за мудрым советом и благословением. В 1832 году преподобный Серафим благословил Гликерию на поступление в Дивеевскую Мельничную девичью общину. В 1860 году в монастыре сложилась трудная ситуация: начальница общины вынуждена была уехать из обители, так как не могла противостоять деятельности отца Иоасафа, самовольно объявившего себя учеником преподобного Серафима, которому батюшка якобы поручил духовно окормлять дивеевских сестер после своей кончины. На должность начальницы общины сестрами были выдвинуты две кандидатуры: Гликерии Занятовой и Елизаветы Ушаковой. Образовалось два лагеря, каждая сторона хотела видеть во главе обители свою кандидатку. В результате жребия, а не большинством голосов, как было положено в обителях, выбор пал на Гликерию. С этим не согласились сестры, выдвигавшие Елизавету Ушакову. Священный Синод не утвердил кандидатуру Гликерии и предложил церковному начальству удалить ее из общины, опасаясь продолжения смут в Дивееве. В марте 1862 года Серафимо-Дивеевскую обитель покинули три послушницы, среди них и Гликерия. Изгнанные сестры пришли в Саровский монастырь на могилу батюшки Серафима и долго плакали о своем горе. По словам Гликерии, ею был услышан совет батюшки идти в село Понетаевку, где они смогут найти приют.
В Понетаевке проживала Елизавета Алексеевна Копьева, которую батюшка Серафим еще при жизни благословил устроить богадельню в своем имении и не забывать после смерти его «сироточек». Она часто бывала в Дивеевской обители и хорошо знала Гликерию. Поэтому удаленные из Дивеевской обители сестры нашли у Е. А. Копьевой приют. Узнав об этом, сестры Серафимо-Дивеевской общины стали добровольно присоединяться к ним на жительство, и вскоре в Понетаевском имении их собралось более сорока. Серафимо-Понетаевская община была утверждена императором и Священным Синодом в 1864 году. Во главе новой обители с общего согласия сестер встала Гликерия Занятова.
В 1869 году Серафимо-Понетаевская община была возведена в степень третьеклассного женского монастыря, а в 1870 году Гликерия Занятова принимает монашеский постриг с именем Евпраксия и удостаивается возведения в сан игуменьи.