На протяжении нескольких столетий все строения монастыря были деревянными. В 40-е годы XVII в., благодаря покровительству князя А.М. Львова, обладавшего в костромском крае большими имениями, в нем началось большое каменное строительство. В 1642–1646 годах был возведен холодный Успенский собор с приделами святого Иоанна Богослова и Леонтия, епископа Ростовского (первый святой – небесный покровитель основателя обители, а на день памяти ростовского святителя пришлась кончина преподобного Паисия). В 1642 году был освящен теплый Троицкий храм.
Среди иноков монастыря здесь был послушником в XV в. преподобный Григорий Пелыпемский, Вологодский чудотворец (ум. 30 сентября 1442 года). Ежегодно проводилось два крестных хода – 23 мая (5 июня) и 15 (28) августа.
Обитель преподобного Паисия претерпела многие трудные времена, а во время Советской власти монастырь был закрыт в конце 1919 года (еще какое-то время храмы действовали как приходские, но в начале 30-х годов закрыли и их). В последующие десятилетия ансамбль бывшего монастыря понес большие утраты. Была разобрана на кирпич монастырская ограда с изящными Святыми вратами, сбиты все три главы Троицкой церкви, уничтожено древнее кладбище. Неизвестна судьба пропавшей в это время чудотворной Овиновской иконы Божией Матери (уцелел лишь один из ее списков, ныне находящийся во Введенском кафедральном соборе Галича).
В послевоенное время в Успенском соборе долгое время находилась инкубаторная станция, а в Троицкой церкви – дровяной склад. В последние десятилетия храмы были брошены, постепенно превращаясь в руины.
Уже в 1970-е годы в обители вновь случился пожар, из-за которого единственному уцелевшему храму – Успенскому собору, уникальному памятнику северной архитектуры XVII в., угрожало полное разрушение.
С 1993 года была возобновлена древняя традиция совершения Крестного хода 5 июня, в день памяти преподобного Паисия Галичского, а в 1996 году в монастыре начались восстановительные работы.
В 1994 году монастырь был возобновлен как женская обитель. 5 июня 1997 года в Паисиевом приделе собора архиепископ Костромской и Галичский Александр совершил первое богослужение.
К настоящему времени в монастыре полностью восстановлен Успенский собор с приделом в честь преподобного Паисия, восстанавливаются Троицкий храм, игуменский и сестринский корпуса, гостиница для паломников, хозяйственные постройки. Территория монастыря в 2005 году украсилась уличными светильниками, вновь посаженными декоративными растениями.
Свято-Троицкий Макариево-Унженский женский монастырь
Преподобный Макарий родился в Нижнем Новгороде в 1349 году в купеческой семье. Еще в юности приняв иноческий постриг в нижегородском Вознесенском Печерском мужском монастыре, он впоследствии основал Богоявленскую обитель на северной границе Нижегородского княжества, при реке Лух, и Троицкий Желтоводский монастырь на Волге (именовавшийся так по расположенному вблизи обители озеру Желтые Воды). В 1439 году хан Ул у Мухамед, властитель Казанского ханства (одного из «осколков» Золотой Орды), выступил в поход на Москву, захватив Нижний Новгород и разорив Троицкую обитель. Преподобный Макарий вынужден был покинуть желтоводские пределы и, уйдя на север, основал на горе в унженских лесах монастырь во Имя Святой Троицы. По молитве преподобного у подножия горы возник святой источник; в 1442 году при совершении утреннего правила святому старцу явилась чудотворная икона Божией Матери – поставленная им в келье и впоследствии названная Макарьевской. 25 июля (по старому стилю) 1444 года в возрасте 95 лет преподобный Макарий мирно преставился ко Господу. Его прославление в лике всероссийски чтимых святых состоялось в 1619 году.
Небогатый монастырь, где в начале XVI в. были две деревянные церкви, особо чтился царским домом Романовых. Покровительством преподобного Макария была сохранена жизнь юного Романова. В тот момент, когда благочестивая мать и сын Романовы молились у раки с мощами преподобного, «польские и литовские люди» искали способ убить молодого Романова как основного претендента на российский престол. Крестьянин Иван Сусанин не допустил иноземцев захватить Михаила и его мать в незащищенном Унженском монастыре. Мученической смертью русский крестьянин спас будущего царя.