В 1994 году владыка Ростислав при Покровском храме планирует устроить мужской монастырь миссионерской направленности. Послушницам благословляется нести клиросное послушание при кафедральном соборе Сошествия Святаго Духа на Апостолов. В то же время ведется работа по устройству женского монастыря в другом месте (в поселке Уптар). План по созданию мужского монастыря не был осуществлен. Храм Покрова Пресвятой Богородицы становится впоследствии приходским.
В январе 1999 года на Магаданскую землю прибыл владыка Анатолий. Первой его задачей стало возрождения монашества на Колыме и в Магадане. С его приездом женский монастырь планируется возводить на прежнем месте. При Покровском храме образуется женская община из желающих принять монашество. Со временем община пополняется. На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви, прошедшем под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 6 октября 1999 года, благословлено преобразовать Покровский приход в городе Магадане в Покровский женский монастырь и утвердить настоятельницей монастыря монахиню Софию (Постельняк) с правом ношения наперсного креста по должности.
В Свято-Покровском монастыре находится местночтимая икона Пресвятой Богородицы «Магаданская», изображающая Богоматерь восседающей на престоле с венцом на главе в окружении архангелов Михаила и Гавриила, в руках Царицы Небесной свиток со словами «Спасение за прощением, прощение за покаянием».
Введенский Владычный женский монастырь
Монастырь как мужской основан около 1360 года. Поводом к его возникновению послужило следующее чудесное обстоятельство. Однажды святитель Алексий, митрополит Московский, совершал молитвенное правило в своей келье перед иконой Богоматери. Когда прочитан был уже акафист Пречистой Деве, вдруг необыкновенный свет озарил келью митрополита, и от образа Пресвятой Богородицы ему двукратно послышался чудный глас, говоривший святителю: «Алексие! Подобает тебе поставить монастырь имени Моему». Святитель спросил, где надлежит ему устроить обитель, на что был ему ответ: «В пределах града Серпухова, тамо бо возлюбих место на спасение многим душам человеческим».
Повинуясь воле Царицы Небесной, святитель Алексий в скором времени послал ученика своего Варлаама в Серпухов выбрать место для нового монастыря. Когда святитель Варлаам пришел в Серпухов, особое знамение указало ему место на холме, покрытом дремучим бором и расположенном у слияния реки Оки и Нары. При этом чудесном откровении Варлааму последовало дивное видение. Он увидел ангелов, держащих обитель на своих плечах, а в ней храм. В дверях этого храма стоял первосвященник Захария, к которому по ступеням шествовала Святая Дева Мария в сопровождении Своих родителей. Когда Пречистая приблизилась к первосвященнику, он взял Ее и ввел во храм. Предание повествует, что Варлаам был не только утешен, ободрен и укреплен этим видением, но из него он должен был уразуметь и то, что Богоматерь Сама благословляет его устроить храм и монастырь и именно в честь Введения Ея во храм. Видение показало строителю, что даже ангелы будут помогать ему в деле построения храма и хранить обитель, что в этой церкви Сама Владычица Небесная будет пребывать так же Своей благодатью, как некогда Она пребывала в храме Иерусалимском, в который введена была своими родителями. Преподобный Варлаам сам говорил, что монастырь этот назовется Владычным, потому что он видел Владычицу и дело создания обители было по Ее помышлению. Преподобный с благоговейным трепетом хранил в своем сердце это видение. Но оно не осталось неизвестным. Когда в старости ослепшему преподобному Варлааму чудесным образом было даровано прозрение, он письменно поведал о дивном знамении Божественного благоволения.
Первый храм Владычного монастыря, созданный первым настоятелем преподобным Варлаамом, был деревянным. В 1362 году вместо старого деревянного был сооружен каменный храм. Перед своей кончиной преподобный просил святителя Алексия приехать к нему в обитель, освятить новую церковь и предать его тело упокоению. В 1377 году святитель совершил погребение и по завещанию положил тело преподобного в паперти Введенского храма.
После смерти святого Варлаама обитель все более расширялась и процветала несмотря на войны и смуты, в которых монастырю пришлось принимать участие. Особенно тяжелыми для обители были времена междуцарствия. В это время монастырь стал настоящей крепостью, окруженной стенами и снабженной боевыми орудиями и припасами.
Период упадка для монастыря наступил в начале XVIII в., когда он был приписан к Заиконоспасской обители в Москве. Хотя самостоятельность монастыря вскоре была восстановлена, это не поправило его положения.