Когда Никон стал патриархом, по его указанию в Святую Землю отправился ученый иеромонах Троице-Сергиева монастыря Арсений Суханов, который по возвращении из поездки доставил патриарху чертежи, планы и точную модель храма Воскресения Христова в Иерусалиме, а также чертежи Вифлеемского храма. Под личным наблюдением патриарха Никона (он жил в скиту, здание которого сохранилось до наших дней) начались работы по воплощению в жизнь его грандиозного замысла. В 60 км от Москвы на глазах у изумленных современников возникал «Новый Иерусалим» – архитектурно-ландшафтная икона, совместившая в себе образы многих палестинских святынь. В центре ансамбля – храм Воскресения Христова, представляющий довольно точное подобие знаменитого храма в Иерусалиме. Рядом церковь Рождества Христова – напоминание о Вифлееме, месте рождения Спасителя. К северу от обители – село Скудельничье (Микулино), к северо-западу – горы Фавор и Ермон. У стен монастыря – березовая роща, названная Гефсиманским садом. Реку Истру патриарх Никон переименовал в Иордан, а небольшой ручеек, протекающий у подножия монастырского холма, – в поток Кедронский. Увидеть свой замысел завершенным Никон не успел. Он был осужден Московским собором в 1666 году и сослан на север, в далекий Ферапонтов монастырь. Строительство Нового Иерусалима надолго приостановилось. Возобновил работы в 1679 году царь Федор Алексеевич и его тетка царевна Татьяна Михайловна. Федор Алексеевич же и возвратил Никона из ссылки, но по пути в Москву патриарх скончался. Исполнилось и желание патриарха живым или мертвым вернуться в свою любимую обитель. Тело его было доставлено в Новый Иерусалим и погребено в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора. К большому сожалению, в 30-е годы советские власти вскрыли гроб патриарха Никона, и местонахождение его останков до настоящего времени неизвестно.
После смерти царя Федора Алексеевича, при котором все здание Воскресенского собора было доведено до сводов, строительство продолжалось при царях Иоанне и Петре Алексеевичах, и 18 января 1685 года собор был освящен патриархом Иоакимом. В 1686 году державные ктиторы Воскресенского собора даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.
Наследники царей, строивших собор Воскресения Христова, продолжали особенно милостиво относиться к Ново-Иерусалимской обители.
Строительство монастыря завершилось при императрице Елизавете Петровне. В ее царствование после падения в 1723 году шатрового завершения ротонды, под которым находилась часовня Гроба Господня, и пожара 1726 года клонившийся к окончательному разрушению собор в 1749–1759 годах был возобновлен и отделан внутри лепниной по проекту и рисункам зодчего графа Растрелли, под непосредственным наблюдением настоятеля обители архимандрита Амвросия (Зертис-Каменского). Императрица Екатерина II продолжала благоустройство Воскресенского монастыря и также пожертвовала средства для возобновления монастырских зданий после пожаров 1762 и 1792 годов. При этом здания монастыря получили обработку в стиле барокко. В XVIII–XIX веков. Над созданием ансамбля трудились выдающиеся зодчие: Растрелли, Бланк, Казаков, Воронихин, Витберг.
Последующие государи устраивали в Воскресенском соборе престолы в память рождения наследника, императорами Павлом и Николаем устроены два придела во имя святого благоверного Александра Невского и придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы в память рождения в этот день цесаревича Николая Александровича.
В 1919 году Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь закрыли, монашескую общину упразднили. В 1920 году на базе монастыря создан Художественно-исторический музей, коллекцию которого составили экспроприированные и национализированные ценности ризницы монастыря. Большой ущерб архитектурному ансамблю был нанесен в годы Великой Отечественной войны. Отступавшие германские войска 10 декабря 1941 года взорвали Воскресенский собор и его колокольню, Дамасскую и Елизаветинскую башни, Святые врата обители, сожгли другие постройки. В послевоенные годы трудом отечественных реставраторов комплекс зданий в целом удалось восстановить.
В 1970—80 годы в парковой зоне монастыря было положено начало музею деревянного зодчества под открытым небом, в составе которого памятники народного деревянного зодчества: часовня, крестьянская усадьба Кокориных с интерьером и ветряная мельница.
Когда строили подземную церковь Константина и Елены, то из-под земли забил родник. Над родником сделали сруб, это место назвали «Святой колодец». Он сохранился до сих пор, находится в правом приделе церкви. Из колодца в Гефсиманский сад отведена труба. Вода в саду у основания Сионского склона изливается мощной струей. Источник считается чудодейственным, а вода в нем – святой.