Первые постройки были сделаны из дерева. В 1649 году монастырь полностью сгорел. Московский купец Гаврила Федорович Антипин, имевший собственный двор в Казани, рядом с монастырем, на свои средства восстановил его из кирпича, и 7 сентября 1652 года, в день Рождества Пресвятой Богородицы, митрополит Казанский и Свияжский Корнилий торжественно освятил его. Гаврила Антипин построил холодный трехшатровый храм Входа Господня во Иерусалим с приделами в честь святого Пророка, Предтечи и Крестителя Иоанна и апостола и евангелиста Иоанна Богослова. При церкви также была каменная колокольня, стоявшая отдельно и связанная с ним каменными палатками. Вторая церковь, Введения во храм Пресвятой Богородицы, была теплой, о пяти главах. К ней были пристроены каменные кельи для настоятеля и братии, она считалась домовой и имела три этажа: верхний этаж – храм и настоятельская келья, на втором этаже размещались братские кельи, на нижнем – кухня, трапезная и подвалы. Монастырь окружала каменная ограда, на которой со стороны кремля располагалась надвратная церковь во имя Антония и Феодосия Печерских. В 1756 году по императорскому указу Екатерины II в монастырь была перенесена из Свияжска и поставлена в теплой Введенской церкви икона с частицей мощей святителя Германа.
3 сентября 1815 года Казань горела. В течение суток погибли архивы, 1179 домов и в том числе – Иоанно-Предтеченский монастырь. Спасти удалось только внутреннее убранство теплой церкви и святой образ. В 1818 году монастырь стали восстанавливать. Старый алтарь холодной церкви полностью заменили более просторным, сделали новую ризницу, колокольню соединили с храмом кельями. 24 июня 1819 года восстановленная церковь была вновь освящена.
Из-за пожаров холодный храм пришел в аварийное состояние, так как выгорели дубовые связи, проложенные внутри стен. В 1886 году старый храм разобрали до основания. 12 июля 1887 года был заложен новый храм. Новый собор, как и древний, имел три шатра, но был в два раза выше и объемнее. Собор был освящен 18 декабря 1899 года и простоял до 30-х годов XX века. Этот храм был уничтожен в советское время. Интересно, что именно в нем в 20-е годы хранился изъятый архив закрытой Казанской духовной академии и упраздненной Казанской духовной консистории. Главный престол был освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
В 1897 году на колокольню повесили стопудовый колокол. С 26 мая 1896 года по 14 декабря 1897 велось строительство нового настоятельского и братского корпуса. В советское время в нем размещалось «Общество охраны памятников» и разные конторы-кооперативы. Перед монастырем стояла часовня, построенная, возможно, в 1774 году, после пугачевщины. За монастырем она была закреплена в 1848 году. В советские годы она была снесена.
В 1918 году монастырь стал местом пребывания епархиального управления (после изгнания его из кремля), здесь жил священномученик митрополит Казанский Кирилл (Смирнов), сосланный в 1922 году и погибший в ссылке.
В дореволюционные годы Иоанно-Предтеченский монастырь не был богатым и процветающим. После 1764 года он оказался за штатом, в XIX веке неоднократно ставился вопрос о его закрытии. Существование монастыря поддерживалось, в основном, пожертвованиями казанских купцов. Однако именно бедность монастыря способствовала сохранению строений XVII века.
В 1929 году монастырь был закрыт и лишь в 1992 году вновь передан Казанской епархии. Был восстановлен теплый Введенский храм, ныне освященный в память об утраченном соборе в честь пророка Иоанна Предтечи. При монастыре действует воскресная школа. В числе преподавателей – игумен и иеромонахи монастыря. Имеется библиотека.
В настоящее время монастырь испытывает большие проблемы в связи со строительством в Казани метро. В связи с тем, что обитель находится на холме, здания монастыря начали двигаться. Это привело к многочисленным трещинам. Существует вероятность разрушения зданий обители.
Святыни монастыря: часть мощей святителя Германа Казанского, иконы Божией Матери «Тихвинская» и «Неупиваемая Чаша», икона «Глава Иоанна Предтечи на блюде».
Храмов каменных два: в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы (1652 год), двухэтажный, вверху: в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи с двумя приделами: правым – во имя святого Иннокентия Иркутского и левым – во имя святого Германа Казанского; внизу: в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» с правым приделом во имя семи отроков Ефесских (заложен на месте прежнего в 1887 году и освящен 18 декабря 1894 года). В монастыре в Германовском приделе находилась икона святителя Германа, архиепископа Казанского, с частью мощей его, перенесенная 23 декабря 1756 года из Свияжского Богородицкого монастыря.
Раифская Богородицкая пустынь. Мужской монастырь