В 1652 году, по поручению царя Алексея Михайловича, Новгородский митрополит отправляется в Соловецкий монастырь для перенесения в Москву мощей святителя Филиппа, митрополита Московского. Святитель пострадал в правление Иоанна Грозного в 1568 году за обличение царских беззаконий и жестокостей. Митрополит Никон с торжественным шествием возвратился с мощами святителя Филиппа в Москву. По дороге, во сне, ему явился святой Филипп и благословил его намерение о построении обители на Валдае.
Вступив на первосвятительский престол в 1652 году, Никон высказал намерение основать монастырь на Валдайском озере царю Алексею Михайловичу. Государь одобрил просьбу патриарха и выделил из государственной казны огромные средства для скорейшего построения обители. Летом 1653 года первосвятитель послал на место строительства множество людей и строительных материалов, а к осени были построены и готовы к освящению две деревянные церкви. Соборный храм был освящен в честь чудотворной иконы Иверской Божией Матери, а теплый – во имя святителя Филиппа, митрополита Московского. При первом посещении строящейся обители Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкое и нарек Валдайское озеро Святым, предварительно освятив его и опустив на дно Евангелие и крест. Сам монастырь в дополнение к прежнему названию был назван Святоозерским.
Для прославления обители по распоряжению патриарха были перенесены святые мощи Иакова Боровичского. В феврале 1654 года в соборном храме Иверского монастыря состоялось торжественное переложение мощей праведного Иакова из ветхой деревянной раки в серебряную. В то же время в монастырь были привезены ковчеги с частицами мощей Московских святителей Петра, Ионы и Филиппа, и других многих святых.
В мае того же года дается царская грамота с закреплением за обителью не только Валдайского озера с островами, но и других многочисленных земельных вотчин и монастырских угодий близлежащих обителей.
В 1655 году в Иверский монастырь переселилась братия Белорусского Оршанского Кутеинского монастыря в количестве более 70 человек. Переезд был связан с притеснениями православных верующих со стороны униатов. Выходцы из Белоруссии, Украины и Литвы пополнили в дальнейшем Иверское братство. Иноки перевезли с собою на новое место все свое имущество и типографию. С приходом кутеинских монахов начинает развиваться книгопечатание и переплетное мастерство. Это было новшеством для России, так как до этого в стране существовала только одна типография – Государев печатный двор в Москве. Новая типография расположилась в угловой Патриаршей башне монастыря. Стараниями братии через два года удалось наладить печатное дело, она просуществовала в монастыре 8 лет и в 1665 году по повелению Никона была переведена в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь.
С приездом в Иверский монастырь кутеинских иноков возникают новые ремесла: печатное, переплетное, переводческое. Появляются искусные мастера в резьбе по дереву, прекрасные иконописцы. В обители берет свое начало производство в России цветных изразцов.
В 1656 году была закончена первая постройка монастыря – Успенский собор. Одновременно была сооружена и деревянная ограда с десятью шатровыми башнями и четырьмя проезжими воротами.
Сюда же из Москвы была доставлена богато украшенная копия чудотворной иконы Божией Матери. Икона поражала всех своим великолепием и дорогим убранством. Патриарх Никон запретил всем иконописцам делать с нее списки и копии. Будущий патриарх Никон, услышав о многочисленных чудесах, источаемых от Иверской иконы на Святой горе Афон, пожелал сделать список с ее изображения. Он обратился с такой просьбой к Афонскому архимандриту Пахомию. Икона была доставлена в Россию в 1648 году. Сопровождать этот образ доверили афонским инокам Корнилию и Никифору. Уже по пути в Москву икона прославилась чудесами. При переправе через Дунай на границе афонские монахи были задержаны, от них потребовали большую пошлину. Не имея денег, они приняли решение вернуться обратно. В эту же ночь им во сне явилась Богородица и укрепила их, пообещав скорую помощь. В то же время Божия Матерь явилась греческому купцу Мануилу и попросила помочь инокам. Купец заплатил требуемую сумму, и монахи отправились дальше. В Москве Иверская икона была торжественно встречена царем Алексеем Михайловичем, церковными иерархами и многочисленным народом.
Со временем монастырь получает статус первоклассного, возрастает число братии до 200 человек. Особое положение обители отмечалось архимандритским саном настоятеля. Таким преимуществом пользовались настоятели Иверской обители вплоть до ее закрытия в 1919 году.