Пифагор должен был расширить свой, и без того уже широкий горизонт, изучая все эти религий, доктрины и культы, синтез которых все еще сохранялся некоторыми посвященными. Он имел в Вавилоне возможность основательно изучить знание магов, наследников Зороастра. Если египетские жрецы одни обладали ключами к священным наукам, персидские маги считались более искусными в практическом применении оккультных знаний. Они утверждали, что в состоянии владеть оккультными силами природы, носящими название пантоморфного огня и астрального света.
В их храмах, говорить предание, при ярком солнечном дне наступала тьма, светильники зажигались сами собой, появлялось небесное сияние и слышались раскаты грома. Маги называли этот невещественный огонь, этот проводник электричества, который они умели сосредоточивать и рассеивать по своему усмотрению, "небесный лев", а электрические течения атмосферы и магнетические течения земли они называли «змеи» и приписывали себе способность направлять — их подобно вещественным токам — на людей. Они изучали также и силу внушающую, притягивающую и творческую. Они употребляли для вызывания духов формулы, заимствованные у древнейших наречий земли, давая при этом такое объяснение: "Не изменяй ни одного первобытного названия в заклинаниях, ибо все они — пантеистические имена Богов; они проникнуты магнетизмом обожания множества людей и могущество их невыразимо".{3} Эти заклинания среди очистительных церемоний и молитв были — собственно говоря — то, что получило впоследствии название Белой Магии.
Таким образом, Пифагор проник в Вавилоне во все мистерии древней магии. В то же время, перед ним развертывалось в этом вертепе деспотизма, великое зрелище: на развалинах разрушающихся религий Востока, поверх его выродившегося жречества, группа посвященных, бесстрашных и тесно сплоченных, защищала свою науку, свою веру и, насколько это было возможно, стояла на страже справедливости. Лицом к лицу с деспотами, под постоянным опасением быть растерзанными подобно Даниилу во львином рву, они укрощали дикого зверя неограниченной тирании своей духовной силой и оспаривали у него почву шаг за шагом.
После своего египетского. и халдейского посвящения, Пифагор знал гораздо больше, чем его учителя физики или кто-либо из ученых Греков его времени. Ему известны были вечные начала вселенной и применение этих начал. Природа раскрыла перед ним свои глубины; грубые покровы материи разорвались перед ним, чтобы показать ему чудные сферы разоблаченной природы и одухотворенного человечества. В храме Нейф-Изиды в Мемфисе и в храме Бэла в Вавилоне он узнал много тайн относительно происхождение религий и относительно истории континентов и человеческих рас. Он мог сравнивать преимущества и недостатки еврейского единобожия, политеизма Греков, троичности Индусов и дуализма Персов.
Он знал, что все эти религии — ключи к единой истине, видоизменяющиеся для различных ступеней сознания и для различных общественных условий. Он владел ключом т. е. синтезом всех этих доктрин, обладая эзотерическим знанием. Его внутренний взор, обнимавший прошлое и погружавшийся в будущее, должен был прозревать с необыкновенной ясностью и настоящее. Его видение показывало ему человечество, угрожаемое величайшими бичами: невежеством священников, материализмом ученых и отсутствием дисциплины у демократии. Среди всеобщего расслабления, он видел вырастающий азиатский деспотизм и из этой черной тучи страшный циклон собирался обрушиться на беззащитную Европу.
Настало время вернуться в Грецию и начать там свое великое дело.
Пифагор поселился в Вавилоне и оставался там не по своей воле в течение двенадцати лет. Чтобы уйти оттуда, нужно было разрешение персидского царя. Его единоплеменник, Дэмосед, царский врач, просил за него и добыл для философа свободу. Пифагор вернулся в Самос после тридцатичетырехлетнего отсутствия.
Он нашел свою родину раздавленной под деспотизмом персидского сатрапа. Школы и храмы были закрыты. Поэты и ученые бежали от персидского цезаризма. Но он имел по крайней мере то утешение, что ему удалось принять последний вздох своего первого учителя, Гермодама, и найти в живых свою мать Парфенису, которая одна не сомневалась в его возвращении; ибо все остальные были уверены в его смерти.
Но она никогда не сомневалась в пророчестве жреца Аполлона. Она знала, что под белым одеянием египетского жреца сын её готовится к высокой миссии. Она верила, что из храма Нейф-Изиды появится тот благой учитель и светлый пророк, который снился ей в священной роще дельфийского храма и которого Иepoфант Адонаи обещал ей под кедрами Ливана.