Превосходные качества человека всегда порождают завистников и недоброжелателей. Были они и у отца Иоанна. Его осуждали, например, за щедрую благотворительность. Известно, что за год кронштадтский батюшка раздавал до ста пятидесяти тысяч рублей. Рука его воистину никогда не оскудевала. Отца Иоанна обвиняли в том, что он раздает деньги без разбора, кому попало. Так казалось завистникам, поскольку они видели, как батюшка раздает деньги, не задумываясь и не расспрашивая, то одному, то другому… Но мало кто из злопыхателей мог уразуметь, что в действительности он давал именно тем, кто нуждался, а не тем, кто выпрашивал не на добро. Таково было свойство его прозорливости. И принимал деньги он не у всех.
По мере возрастания славы кронштадтского священника все больше и больше сердец разворачивалось к нему по всей стране, росло количество жертвователей, благодарных за молитвы и исцеления батюшки, за его духовные советы. По великому смирению праведника его даже не коснулась страсть к наживе и накопительству, к стяжанию денег. Как и прежде, он ложился спать без копейки в кармане, хотя на следующий день для поддержания только различных благотворительных учреждений ему требовалось более тысячи рублей. И не было случая, чтобы наступающий день обманул его. С раннего утра снова наполнялись — как в сказке — его карманы, а вместе с тем продолжали жить прежней жизнью все его благие учреждения.
По инициативе отца Иоанна в 1882 году в Кронштадте был построен и открыт «Дом трудолюбия», в котором безработные и нуждающиеся могли заработать себе на пропитание и получить ночлег. При «Доме трудолюбия» были отделения для детей, школа, столовая. Несмотря на создание «Дома трудолюбия» со всеми его отделениями, нищие, казалось, со всей страны в огромном количестве продолжали с утра поджидать отца Иоанна. В ожидании милостыни они выстраивались в одну, две и даже в три шеренги перед домом батюшки или перед кронштадтским собором. Эти шеренги получили прозвище «строй отца Иоанна». Поначалу он лично обходил свой «строй», в котором собиралось норой до тысячи человек, и раздавал по рублю на двадцать нищих. Позже это стали делать доверенные лица.
Еще большее восхищение и удивление вызывает церковное строительство отца Иоанна. Он сооружал храмы и целые монастыри на миллионные суммы. Тот самый Иоанновский монастырь, где по завещанию похоронен праведник, стоил около полутора миллионов рублей. Но, как всегда, начиналось строительство буквально с нескольких рублей. И только сила молитвы и любви основателя привлекала нужные капиталы.
Идея постройки Иоанновского монастыря в Санкт-Петербурге на речке Карповке появилась после того, как в 1900 году отец Иоанн отстроил в своем родном селе Суре Архангельской губернии Сурский женский монастырь.
В обширных архангельских лесах в изобилии встречались скиты раскольников-беспоповцев поморского типа. Счет им шел на сотни, а женских монастырей насчитывалось только два. Монастыри были необходимы в том краю для миссионерской деятельности и мирной борьбы с расколом. Отец Иоанн всегда выступал с обличением фанатиков, но без всякой тени личной вражды, причем даже оказывал нуждающимся раскольникам помощь.
Отец Иоанн начал с того, в чем более всего нуждалось православное население, — с постройки церкви. Отец Иоанн обратился к своим почитателям, и вскоре на руках у него оказалось 55 500 рублей. Помимо денежной помощи от жертвователей поступали иконы, хоругви, церковная утварь, облачения, богослужебные книги. В 1891 году храм был готов и 27 июня освящен.
Окончив первое святое дело, кронштадтский батюшка задумал осуществить и другое — основать на родине женскую обитель, которая могла бы стать приютом для вдов, сирот, престарелых и безродных девиц. В 1899 году было начато строительство, а через год к приезду на родину отца Иоанна уже возвели церковь и корпус для сестер.
Устроив Сурскую женскую общину, основатель решил упрочить ее существование. Для этого было задумано построить два подворья в Архангельске и Петербурге. Сурское подворье в Петербурге превратилось в Иоанновский женский монастырь, названный так в честь небесного покровителя отца Иоанна — св. Иоанна Рыльского.
17 декабря 1902 года состоялось торжественное освящение главного монастырского храма в честь св. Двенадцати Апостолов с приделами Казанский Божией Матери и св. Андрея Критского. К тому времени в монастыре уже жили монахини, большинство которых перешло из Сурской общины. В подвальном помещении храма находилась еще одна церковь, в честь пророка Илии и преподобной Феодоры, чьи имена носили родители отца Иоанна.