Вернувшись в США в 1864 году, он стал распоряжаться фермой, которую для него купил отец, а также начал преподавать в Хаверфорд Колледже в Филадельфии. В 1865 году Коуп женился и оставил как ферму, так и место в Хаверфорде, а в 1867 году переехал в Хэддон-филд, штат Нью-Джерси, чтобы быть поближе к местам раскопок окаменелостей.
С помощью средств, полученных от продажи фермы, которую он унаследовал от отца, Коуп решил стать свободным ученым. В Хэддонфилде он оставался до 1876 года, оттачивая навыки, а затем вернулся в Филадельфию и купил два смежных дома. Многие годы он со своей семьей жил в одном из них, а второй использовал в качестве личного музея и склада для хранения постоянно растущей коллекции окаменелостей.
Коуп усердно и продуктивно работал. Хотя он на девять лет моложе Марша, свою карьеру палеонтолога начал в значительно более раннем возрасте. Первую статью он опубликовал, в Шлет, а к 20 годам уже был известен в мире как герпетолог (специалист по рептилиям и амфибиям) и ихтиолог (специалист по рыбам). Коуп подготовил первый внушительный доклад о североамериканских змеях, а ведущий американский журнал по герпетологии и ихтиологии назван в его честь —
Больше всего Коупу нравилось описывать новые виды, для чего он очень часто использовал многосложные греческие слова. Но, к сожалению, когда с его терминами работали неподготовленные телеграфисты и машинистки, которых он всегда подгонял побыстрее отправлять новые сообщения, то правописание часто заметно хромало, что затем сказывалось на репутации ученого.
У Коупа были и другие трудности. Марш, более ловкий политик, нашел способ убедить правительство выделить средства для своих экспедиций, а кроме того, попытался превратить некоторые места раскопок в свои частные владения. Когда Коуп почувствовал, что проигрывает в этой конкуренции Маршу, то понял, что должен удвоить усилия по сбору коллекции, для чего ему потребовалось нанять еще больше помощников. В 1881 году, пытаясь получить необходимые средства, он начал вкладывать деньги в горнодобывающие предприятия (которые оказались впоследствии неприбыльными) и к 1885 году подорвал как свое состояние, так и здоровье; еще больше его угнетало понимание того, что Марш выигрывает войну.
Тем не менее, даже связавшись с горной добычей, что продолжалось до 1886 года, Коуп удвоил результативность своей научной деятельности. Работая с уже собранными окаменелостями, он ежегодно публиковал десятки статей; некоторые из них представляли собой подробное описание крупных групп животных. За всю карьеру он подготовил более 1400 научных работ и монографий по самым разным окаменелостям, а также по существующим видам животных. Понять, насколько трудной была его работа, можно, если учесть, что больше века спустя одна из названных им групп, род
Чтобы решить финансовые проблемы, Коуп попытался продать свою коллекцию, но безуспешно, пока, наконец, благодаря поддержке его друга Генри Фейрфилда Осборна Американский музей естественной истории в Нью-Йорке не купил в 1885 году значительную ее часть. Хотя эта кол-; лекция была впечатляющей и стала хорошей базой для создаваемого музея (главой которого позже стал Осборн), она была намного меньше собрания Марша, которое даже в те; дни оценивалось в более чем миллион долларов.;
Подобно многим выдающимся людям, Коуп был сложной личностью. Одни его очень любили, для других он быстро становился врагом. С самого начала у него были] проблемы с чиновниками, в том числе и с администрацией Хаверфорд-колледжа. Ето упрекали в невыполнениираспоряжений во время работы в одной из геологических экспедиций на Западе. Позже он поссорился с членами совета филадельфийской Академии естественных наук, где по-прежнему проводил некоторое время, и, наконец, ушел оттуда, — а может быть, его попросили это сделать.
Говоря о нем, люди часто использовали такие слова, как дружелюбие, внимательность, альтруизм, щедрость, благородство, мужество и преданность семье. Но вместе с тем его называли излишне прямолинейным, аскетичным, совершенно независимым, непривычно откровенным и бестактным — и все эти качества, естественно, раздражали тех, с кем ему приходилось общаться.