До приезда в Лаборатории Йеркса Лешли внес чрезвычайно значимый вклад в сравнительную психологию. Во-первых, развитию науки способствовали результаты того полевого исследования, описанного выше, которое Лешли проводил совместно с Уотсоном и которое касалось поведения глупых и темных крачек, связанного с возвращением птиц в свои гнезда и на родину. Во-вторых, здесь следует упомянуть президентское обращение Лешли, «Экспериментальный анализ инстинктивного поведения», произнесенное на собрании Восточной Ассоциации психологов в 1938 году. Психология США 1920-х, 1930-х и 1940-х годов подчеркивала значение научения в предпочтение инстинкту и окружающей среде, в предпочтение генетическим детерминантам поведения. Лешли утверждал, что предубеждение против инстинкта приняло неверное направление:
«Я отлично осознаю, что инстинкты были изгнаны из психологии несколько лет тому назад, однако мне кажется, что эта чистка не выполнила своей главной задачи. Движение, направленное против роли инстинкта, ставило своей основной целью постулирование сил воображения в качестве факторов, объясняющих поведение. Делом одной только случайности было то, что эти последние факторы тоже стали рассматриваться как конституциональные. Психология инстинктов представляла собой динамику сил воображения, а направленное против инстинктов движение явилось в основном крестовым походом против подобного концептуального динамизма. Каким-то образом аргументация оказалась искаженной. Из наследственности сделали козла отпущения, а гипостатизация психических энергий продолжается. Желания и неприязненные ощущения, силы поля и динамические напряжения, потребности и векторы, либидо и средства-цели имеют такой же концептуальный статус, как и отвергнутые инстинкты, и, кроме того, у этих концепций отсутствует одна из связей с физиологической реальностью, та связь, которая присуща инстинктам благодаря проблеме генетической передачи…
Хотя различия между генетическими эффектами и воздействием среды имеют небольшое значение для многих областей психологии, они имеют реальное значение в приложении к проблемам физиологического «базиса» поведения. Это правда, поскольку информация, касающаяся механизмов развития и гистологической организации, является гораздо более точной, чем любая доступная информация, касающаяся тех изменений, которые происходят в процессе научения. Фундаментальные принципы невральной интеграции могут быть выведены из врожденной структуры и зависящего от нее поведения. Гибкость и вариабельность поведения, приобретенного в результате научения, препятствует проведению любых подобных корреляций со структурными паттернами».
После такого великолепного начала Лешли перешел к рассмотрению разнообразных моделей инстинктивного поведения (например, танец пчелы, нашедшей мед; распознавание кровного родства; репродуктивная деятельность; различение визуальных картинок; прыжковая реакция у крыс; поиск яиц чайками), лежащей в их основании сенсорной организации и возможного их контролирования с помощью комплекса стимулов. На неврологическом уровне Лешли предполагал, что все инстинкты могут оказаться вытекающими из активации очень специфических сенсорно-двигательных механизмов. В качестве первого шага к пониманию этих механизмов Лешли назвал определение адекватных стимулов, вызывающих инстинктивные модели поведения. Лешли возвратился к проблеме «наследственность — среда» на симпозиуме, который состоялся в 1947 году в Принстонском университете.
Выступление Лешли на этом симпозиуме было позднее опубликовано под заголовком «Структурные вариации в нервной системе, связанные с поведением» (1947). Эта статья относится к целому ряду областей в психологии и сегодня представляется столь же своевременной, как и тогда, когда Лешли ее написал. Аргументация Лешли проста и убедительна: индивидуальные различия мозга в пределах вида подобны различиям, существующим между видами. Поскольку у нас не возникает никаких сомнений в том, что межвидовые различия определяются генетическими детерминантами, возможно предположить, что индивидуальные различия в пределах одного вида и зависящие от них индивидуальные различия в моделях поведения определяются подобным же образом. Затем Лешли привел данные, свидетельствующие о существовании значительных, поддающихся измерению вариаций в каждом из участков мозга. Признавая, что наследственный базис таких вариаций не был изучен, Лешли заявил о его генетическом происхождении по аналогии с известным наследственным базисом других структур и продолжал настаивать на том, что индивидуальные различия в мозге должны обладать функциональной значимостью и что их, по самой меньшей мере, нельзя игнорировать в качестве возможных причин индивидуальных различий в умственных способностях и поведении.
Президентское обращение Лешли к Американскому Обществу натуралистов, опубликованное в 1949 году под заглавием «Постоянные проблемы в эволюции разума», явилось третьим и последним важнейшим теоретическим заявлением Лешли в области сравнительной психологии.