Маклай с нетерпением ждал времени, когда «Изумруд» бросит якорь в гавани Манилы на Филиппинах. Как нарочно, корабль подолгу задерживался в пути. Но зато Маклай получил возможность видеть города и население Молуккских островов. Он побывал в Тидоре — столице одного из султанств на одноименном острове. Здешние султаны распространяли свое влияние на западное побережье Новой Гвинеи и острова Папуасии. Тидорцы не только вели торговлю с новогвинейцами — они превращали папуасов в невольников. Султаны обычно снаряжали тайные экспедиции для ловли рабов, так называемые «хонтии». Нахмурив брови, Маклай слушал рассказы о разбоях охотников за людьми. Не так давно жирный тонкоголосый Амир, принц тидорский, обратил в рабство и увез на своих судах сто папуасов с берега Папуа-Ковиай.
В порту Тернате, у подножия вулкана, путешественник видел плантации, на которых работали черные рабы, похищенные малайскими моряками. В лавках китайских и арабских купцов продавали перья райских птиц, драгоценную кору тропических деревьев, жемчуг. Все это было добыто руками рабов. В Макассаре, на острове Целебес, Маклаю показали худого косматого австралийца, пойманного где-то на своей родине Целебесскими купцами. Таким образом друг папуасов узнал, что молуккские работорговцы совершают свое черное дело даже на Австралийском материке. Маклай наблюдал местные типы. Здесь, на скрещении дорог из Азии в Австралию и Океанию, он имел возможность видеть представителей многих племен. Он вспоминал статью Бэра «О папуасах и альфурах». Альфуры жили в глубине Целебеса. Их считали родственными папуасам. Об этих людях говорили, что они проводят ночи на деревьях, ходят нагими, украшают хижины черепами убитых врагов.
Наконец показался скалистый остров Коррехидор, почти преградивший вход на рейд большого залива. Шумная Манила, столица Филиппин, раскинулась по берегам бухты: рвы, крепостные стены, бастионы, форты, собор XVI века, выгнутый каменной дугой старинный Испанский мост, прядильни, огромные табачные фабрики, торговые склады… Разноязычная толпа шумела на улицах города, на берегах его каналов. Здесь можно было встретить представителей пятидесяти народностей, населяющих острова.
Маклая прельщали рассказами о всяких чудесах Филиппин: о знаменитом кратерном озере близ Манилы, о петушиных боях, о редкостях здешнего музея. Но путешественник отверг все соблазны. 22 марта 1873 года он исчезает из-под надзора лекаря «Изумруда»» и, едва передвигая больные ноги, бродит в порту в поисках знающего проводника. Вместе с ним Маклай плывет в лодке рыбака через обширный Манильский залив. Прямо по носу виден вулкан Маривелес. После ночлега в деревне Лимай он идет в Лимайские горы и в лесу встречает тех, кого он так давно хотел видеть.
На краю лесной поляны стояли наклоненные пальмовые щиты. Под этими легкими переносными кровлями укрывались от зноя или непогоды бродячие чернокожие негритосы, тайна происхождения которых еще не была решена учеными. Маклай казался великаном по сравнению с этими людьми: их рост не превышал 1 метра 44 сантиметров. Недаром их и назвали «негритосами», по-испански — «маленькие негры». Некоторые антропологи относили их к «расе пигмеев», но ни один ученый не знал в точности, к какой группе народов они принадлежат.
Больше двух дней провел Маклай среди бродячего народа. Негритосы дали гостю пальмовый щит, и он укрывался на ночь этим зыбким навесом. Лаской и уговорами Маклай добился того, что негритосы позволили сделать измерения их голов. — И — о радость! — в сумке Маклая лежал дорогой трофей — череп негритоса. Череп имел отличную сохранность. Туземцы разрешили выкопать его из могилы в горах близ деревни Пилар.
Маклая растрогала судьба забитых черных людей. Оттесненные малайцами в глубь лесов и гор, они скитались по дебрям, лишенные пищи и пристанища. Но эта маленькие люди заботились о детях, стариках, больных. У них существовал замечательный обычай: каждый негритос, добывший себе охотой скудную пищу, перед тем как съесть ее, был обязан громко и несколько раз прокричать приглашение разделить с ним еду.
Здесь, на Филиппинах, Маклай совершил новое крупное открытие: негритосы вовсе не негры! Несомненно, они принадлежат к племени папуасского происхождения. Пусть антропометрические измерения показывают, что негритосы на самом деле короткоголовы, но ведь и среди папуасов Новой Гвинеи есть и длинноголовые и короткоголовые типы. Теперь Маклай уже твердо знает, что отличия формы черепа никак не могут противоречить родству племен. Обычай, язык и другие признаки, бесспорно, указывали на родство негритосов с папуасами.
Маклай покинул русский корабль в Гонконге, пересел на торговое судно и через Сингапур прибыл на Яву, в город лихорадок — Батавию. Первая слава ожидала его в яванской столице. О нем узнали колониальные газеты. Господин Джемс Лаудон, генерал-губернатор Нидерландской Индии, пригласил русского ученого в свою резиденцию близ прекрасного горного города Бейтензорга.