Александр вернулся в Новгород с великой славой, но в том же году рассорился с новгородцами и уехал от них в Переяславль-Залесский. Город остался без князя. Тем временем немцы взяли Изборск. Псковичи вышли им навстречу и были разбиты, потеряли воеводу Гаврилу Гориславича, а немцы по следам бегущих подступили к Пскову, пожгли посады, окрестные села и целую неделю стояли под городом. Псковичи принуждены были исполнить все их требования и дали детей своих в заложники: в Пскове начал править вместе с немцами некий Твердило Иванович, который и привел врагов, как утверждает летописец. Приверженцы противной стороны бежали в Новгород. А между тем немцы не довольствовались Псковом: вместе с чудью напали они на Вотскую пятину и завоевали ее, наложили дань на жителей и, намереваясь стать твердой ногой в Новгородской волости, построили крепость в погосте Копорье; по берегам Дуги побрали всех лошадей и скот; по селам нельзя было землю пахать, да и нечем; по дорогам в тридцати верстах от Новгорода неприятель бил купцов. Тогда новгородцы послали в Низовую землю (на Суздальщину) к Ярославу за князем, и тот дал им другого своего сына, Андрея; но надобен был Александр, а не Андрей; новгородцы подумали и отправили опять владыку с боярами за Александром; Ярослав дал им его опять, на каких условиях, неизвестно, но, без сомнения, новгородцам пришлось поступиться некоторыми из своих вольностей.
Однако охотники расширить свои владения за счет русских земель не переводились. Папы всеми силами старались ускорить завоевание Прибалтийского края. В промежуток между 1216 и 1240 гг. можно насчитать до сорока папских посланий, выражающих большую «заботливость» о тех, кто шел воевать в «святой земле, вновь приобретенной в Ливонии». Конечной целью всех устремлений пап продолжала оставаться мечта о порабощении русской Церкви, а завоевание Ливонии рассматривалось лишь как первый шаг на этом пути. В своих посланиях папы называют русских нарушителями католической веры, повелевают не слагать оружия до полной победы, требуют принуждать русских к принятию католичества и, наконец, объявляют всю Русскую землю на вечные времена собственностью, грозно предписывая рыцарям искоренять «проклятый греческий закон и присоединять Русь к римской Церкви». Усерднейшими исполнителями этих предписаний стали монахи-воины, давшие обет распространять оружием католичество. Первое такое военно-монашеское общество было основано в Прибалтике епископом Альбертом и названо орденом меченосцев, или орденом «братьев Христова воинства». В 1202 г. Папа Иннокентий III благословил это предприятие, и с той поры между непрошеными пришельцами и коренными обитателями края разгорелась беспощадная кровавая борьба, длившаяся более трех десятилетий, пока, наконец, в 1236 г. войска ордена не были окончательно разгромлены.
Однако наука на этот раз впрок не пошла. Остатки меченосцев соединились в следующем году с прибалтийским отделением Тевтонского ордена, образовав новый, Ливонский, орден, продолживший попытки завоевать русские земли. В 1240 г. немцы изменой взяли Псков, но князь Александр освободил город внезапным походом, даже без особого труда. Немецкие наместники были закованы в цепи и отправлены в Новгород. Весть об освобождении Пскова поразила ливонских немцев, понимавших, что борьба приближается к решительному моменту. В поход выступили главные силы ордена. Их-то и разбил князь Александр в знаменитой битве, состоявшейся 5 апреля 1242 г. на льду Чудского озера и получившей название Ледового побоища. Немецкие рыцари выстроились клином, а точнее, узкой и очень глубокой колонной, задача которой сводилась к массированному удару по центру новгородского войска. Русское войско было построено по классической схеме, выработанной еще Святославом. Центр – пеший полк с выдвинутыми вперед лучниками, по флангам – конница. Новгородская летопись и немецкая хроника единогласно утверждают, что клин пробил русский центр, но в это время ударила по флангам русская конница, и рыцари оказались в окружении. В упорной сече русские разбили рыцарей, орден потерял 500 рыцарей, в плен попало более 50. Ливонский орден был поставлен перед необходимостью заключить мир, по которому крестоносцы отказывались от притязаний на русские земли, а также передавали часть Латгалии.
Этой победой был положен конец притязаниям крестоносцев, что, однако, вовсе не означало прекращения многолетней вражды. Немцы хоть и оставили мысль вслед за Ливонией поработить северные русские земли, но не раз вступали с псковскими отрядами в кровавые столкновения.
После этого Александр должен был ехать во Владимир прощаться с отцом, отправлявшимся в Орду; в его отсутствие немцы прислали с поклоном в Новгород послов, которые говорили: «Что заняли мы мечом, Водь, Лугу, Псков, Летголу, от того всего отступаемся; сколько взяли людей ваших в плен, тех готовы обменять: мы ваших пустим, а вы наших пустите»; отпустили также псковских заложников и помирились.