Много горя принесла праведнику его родная дочь София. Скорбя о ее душе, перед своей смертью он сказал: «Я вымолю тебе у Бога мучительную смерть для покрытия твоих грехов и для спасения». Впоследствии она сошла с ума и попала в дом умалишенных. Когда во время оккупации Одессу заняли немцы, они расстреляли ее вместе с другими психически больными.
Святой Иона умел удивительно чувствовать все прекрасное.
Убранство храма, красота облачений и предметов утвари, которые его окружали, свидетельствовали о его любви к прекрасному, к церковному благолепию.
Он прекрасно пел и сам сочинял умилительные, трогательные напевы на многие духовные песнопения. Им были написаны ноты к службе Успению Божией Матери. Но особенно неизгладимые впечатления оставляли его очень благолепные и необыкновенно благодатные богослужения. Во время служб отца Ионы стояла необычайная, глубокая тишина. В это время присутствующие благоговейно молились, увлеченные горячей молитвой священника.
Проникновенная вера слышалась в молитве батюшки. Он с Господом говорил, как древние праведники.
Святую Четыредесягницу батюшка проводил очень строго. Не вкушал ничего, часто причащался. Никуда не отлучался из церкви, даже домой. Изредка только выходил в находившуюся рядом с алтарем комнату, в которую никто не имел доступа, кроме него. В ней помещался громадный, во всю стену, образ преподобного Серафима Саровского, которого отец Иона очень чтил.
Духовные дети батюшки, с его благословения, также строго постились — в понедельник и вторник ничего не вкушали, в среду причащались и вкушали хлеб, который батюшка раздавал по окончании обедни, в четверг ничего не вкушали, в пятницу причащались и вкушали хлеб с чаем, в субботу причащались и вкушали вареное без елея, в воскресенье причащались и вкушали вареное с елеем. И таким образом проводили пост.
В конце поста, как передавала одна его духовная дочь, проводившая так пост, она перестала ощущать вес своего тела. Такая была в ней легкость и радость духовная, по молитвам пастыря.
Наступала Пасха, самый радостный праздник. Накануне во двор храма въезжало четыре-пять подвод с провизией. После торжественного праздничного богослужения отец Иона христосовался с каждым, кто был в храме, и раздавал пасхальные подарки.
Вот как описывает один паломник из Москвы богослужение батюшки во святую Четыредесятницу:
«С трепетом и радостью переступил я порог маленькой СвятоНиколаевской церкви. Было еще рано, около половины седьмого утра, а людей в храме было много. После я узнал, что во всю святую Четыредесятницу двери храма не закрываются ни днем, ни ночью. Народ остается в церкви на всю ночь. Ночью в храме читается Псалтирь. В двенадцать часов ночи отец Иона совершает полунощницу и читает коленопреклонно акафист Страстям Господним, в субботу читает акафист Божией Матери, а в воскресенье — Пресвятой Троице. Служба оканчивается в два часа ночи. Народу бывает полный храм. Батюшка Иона всем молящимся раздает по куску черного хлеба. Приезжие бедняки только и питаются этим благословенным хлебом, остатки хранят как святыню, дорожа благословением дорогого батюшки. Когда я переступил порог храма, на меня повеяло чем-то небесным, святым. Я чувствовал себя, как среди древних христиан, которые собирались по ночам в катакомбах или подземных храмах на молитву. Вот вышел из алтаря отец Иона и стал прикладываться к иконам, изображая на себе крестное знамение широким крестом, с глубоким поясным поклоном. Приложившись к святым иконам, отец Иона стал совершать проскомидию. На клиросе чтец начал читать утренние молитвы. С благоговением я смотрел на батюшку. Я не мог отвести глаз от его кроткого, изможденного подвигами лица. Мир и небесный покой, необыкновенная сила и мощь души отражалась в каждой черте его лица.
По окончании утренних молитв отец Иона вышел на амвон и стал читать канон Пресвятой Троице, который он читает каждое воскресенье. Умиление, надежда, вера, упование, глубокое благоговение слышались в этом трогательном чтении. Читая, отец Иона как бы беседует, разговаривает с Пресвятой Троицей и Божией Матерью, как бы Они здесь перед ним находятся, а не там, где-то в недосягаемой для нас выси, в надземных заоблачных мирах. В спокойном, тихом голосе слышится глубокая искренняя вера. Сам он при этом всецело сосредотачивался на читаемом.