Дворец Топкапы устроен по принципу четырех дворов, окруженных стеной и разделённых между собой.
Главные ворота, Ворота Повелителя, ведут в первый двор, в котором находились служебные и подсобные помещения. За Воротами Приветствия, во втором дворе, помещались канцелярия дивана и казна. Проходом в третий двор служат Ворота Блаженства. Здесь располагались гарем (внутренние покои). В различных палатах внутренних покоев размещалась школа эндерун – центр подготовки управленческих кадров. В четвёртом дворе находятся павильоны Реван, Софа и Меджидие, башня Башлала, мечеть Софа, павильон для обрезаний, гардеробная и другие помещения.
Сейчас во Дворце находится комплекс салонов, в которых выставляется коллекция музея: посуда из серебра и фарфора; одежда Османских султанов и наследных принцев; оружия (мечи и кинжалы) султанов; а также тронный зал, где выставлены троны султанов. Самый интересный – это салон с сокровищами Османских султанов, там и ювелирные украшения, мечи и доспехи украшенные драгоценными камнями, и золотая люлька принцев.
Бабюссаде, или Акаталар Капысы – парадные ворота из 2-го двора в 3-й. На протяжении 400 лет, перед этими воротами осуществлялся дворцовый церемониал и пышные торжества. Эти ворота разделяли административный корпус дворца и падишахский дворцовый комплекс. Во время церемониального ритуала в отверстие, покрытое камнем, помещалось знамя османов. Перед знаменем водружался падишахский трон, а вокруг него, полукружием занимали свои места сановники высшего ранга, вельможи, чиновники, командующие.
Арз одасы – приёмная. Это большое здание украшают изразцовые плиты редчайшей работы. Решения, принятые после дворцовых заседаний в виде отчётов, передавались падишаху. В левом углу этого большого, просторного салона находился трон.
Зал Диван-и-Хумайун – зал высшего совета, в котором принимались важные решения. Султан не принимал участия в заседании, но он мог наблюдать за процессом через специальное окошко.
Дворцовые кухни – находятся напротив Дивана. Во дворовых кухнях, сооружённых султаном Мехмедом II, трудилось около 1200 человек обслуживающего персонала. Во всём дворце проживало 5000 человек, значит 25 % дворцового населения служило в кухонном помещении. В каждом из 10 помещений главного здания кухонного комплекса дворца изготовлялась пища для матери-султанши и ее подчинённых, наследственного принца, евнухов, слуг, стражи и других придворных чинов. Ежедневно 20 000 раз производилось приготовление всевозможной пищи. Кроме пищи, приготовляемой для 5000 обитателей дворца, производилась раздача еды для караван-сараев и богаделен на 5000 душ. Сегодня большая часть кухонного комплекса является местом демонстрации редчайшей коллекции фарфора, занимающей третье место в мире.
Гарем Дворца Харем-и Хумаюн – запретный мир для постороннего глаза. Исключение составляли падишах и его ближайшие родственники и приближённые. Сюда был открыт доступ лишь для представителей трёх профессий: доктора, учителя принцев и музыканты. Немусульманин не мог переступить порог гарема. В гареме, кроме жён и матери-султанши жили юные принцы, будущие наследники престола, или же наследники не достигшие несовершеннолетия, их сестры и слуги, обслуживающие многочисленных обитателей гарема. В дворцовом гареме прислужницами падишаха были наложницы, а также привезённые из захватнических походов дети женского пола в младенческом возрасте. В обязательном порядке изменялись имена и вера этих женщин. Женщины, ставшие супругами падишахов и родившие детей, получали право на получение отдельного помещения в гареме; иные же продолжали свою жизнь в гареме, прислуживая и неустанно выполняя приказы падишаха, либо же выходили замуж за богатых сановников высшего ранга, после чего обретали свободную жизнь. Невольницы, привезённые в Стамбул с различных концов света, имели непревзойдённую красоту и дарили падишахам наследников, и всё же торжество, блеск и пышность дворцовой жизни была сродни тюремному заключению. Гарем, площадью в 6 700 кв. м., имел: около трех тысяч комнат, 46 туалетов, 8 турецких бань, 4 небольшие кухни, 2 мечети, 6 кладовых для съестных припасов, плавательный бассейн и одну лечебницу. Глава чёрных евнухов – «господин девушек» – был особой приближенной к султану и третьим влиятельным человеком после властелина и его султанши-матери. Чёрными евнухами становились оскоплённые негры. После принудительной кастрации выживала лишь небольшая часть этих людей. Чёрные евнухи, ущемлённые своим положением, становились средоточием дворцовых интриг.