П.П. Бредаль, получив приказ фельдмаршала, с 146 лодками 3 июня вышел из Берды вдоль берега к Геничи, выслав для разведки по берегу конные разъезды. 5 июня от конной разведки получено донесение о нахождении турецкого флота в количестве 16 судов у оконечности Федотовой косы. Адмирал не растерялся и для обхода турок решился прибегнуть к маневру, использованному Петром Великим при Гангуте. Отыскав на косе перешеек не более 60 сажен ширины, П.П. Бредаль приказал прорыть в нем канал. 8 и 9 июля силами команд флотилии и десанта канал был прорыт, и к 11 июня суда были перетащены на западную сторону косы; флотилия продолжала путь к Геничи.
Но 14 июня было получено известие, что турецкий флот стоит у Геничи, и приказ П.П. Ласси возвращаться в Азов. В этот день была отражена атака 9 турецких галер. Обратный перевод лодок по каналу, прорытому в косе, был неудачен. Едва перетащили 25 лодок, как вода в канале спала, и в то же время турецкие галеры преградили путь к Азову. Поэтому все 25 лодок были сожжены, а П.П. Бредаль с оставшимися лодками решил идти к Геничи.
Погрузив в течение ночи находившиеся на берегу запасы и артиллерию, флотилия в составе 119 лодок 15 июня вышла под веслами с места стоянки к Геничи, придерживаясь вплотную к берегу и убрав для уменьшения видимости мачты. Вскоре был обнаружен турецкий флот из нескольких крупных и большого числа малых судов, стоявший на якоре между Федотовой косой и Геничи. Турки снялись с якоря и направились навстречу флотилии. Не дойдя до Геничи 30 километров и видя, что путь прегражден превосходящими силами противника, Бредаль, выбрав удобное место для стоянки флотилии у берега, поспешил сгрузить продовольствие на берег, приткнуть лодки к прибрежным отмелям. Русские сгрузили пушки с лодок на берег и построили батареи, при помощи которых успешно отразили четыре атаки. Турки действовали нерешительно. 19 июня после полуторачасового боя капудан-паша отступил. Турецкие корабли отказались от продолжения боя и заблокировали русскую флотилию между Федотовой косой и Геничи.
19 июня вице-адмирал П.П. Бредаль по состоянию здоровья покинул флотилию и сухим путем отбыл в Азов. Командиром флотилии был назначен капитан Д. Толбухин. Через месяц, 15 июля на «консилиуме» морских офицеров было принято решение о сожжении флотилии и о возвращении в Азов сухим путем. Это решение было вызвано невозможностью для флотилии выйти в море, так как значительные силы турецкого флота блокировали ее, совершенно отрезав путь к Азову. Лодки в тот же день сожгли, а их артиллерия, порох, ядра и пр. 18 августа сухим путем доставлены в Азов.
Лишенная помощи флотилии, армия П.П. Ласси, взяв Перекоп, из-за недостатка в воде и фураже должна была отступить из Крыма на соединение с Днепровской армией.
Деятельность Днепровской флотилии в 1738 году, по-прежнему слабосильной, но уже довольно многочисленной, ограничилась только перевозкой войск и провианта. В мае одним из первых умер от чумы вице-адмирал H.A. Синявин, командование флотилией принял контр-адмирал В.А. Дмитриев-Мамонов.
В 1738 армия Б.К. Миниха, дойдя до Днестра, вследствие сильного развития болезней, жары, отсутствия кормов, принуждена была отступить, не добившись никаких результатов. В то же время эпидемия чумы на юге, в особенности в Очакове, заставила оставить его, так и Кинбурн. Днепровская флотилия в количестве 347 судов, приняв гарнизоны крепостей, ушла вверх по Днепру. Укрепления крепостей были взорваны. Выход в Черное море по Днепру вновь был потерян Россией.
В кампании 1739 г. обе флотилии не участвовали. Донская из-за эпидемии чумы осталась в Азове. Днепровская находилась у острова Хортица.
Донская армия в 1739 году вошла в Крым, но из-за недостатка воды, продовольствия, корма для лошадей вновь вынуждена была возвратиться на исходные рубежи.
Днепровская армия в августе 1739 разбила турок при Ставучанах, заняла Хотин и Яссы. Эти блистательные победы могли создать решительный перелом в ходе войны. Однако австрийское правительство, после того как австрийская армия была разбита турками 11 июля, 3 августа приступило к сепаратным переговорам с Турцией. 7 сентября в Белграде был заключен сепаратный мирный договор. Выход Австрии из войны и усилившаяся угроза нападения Швеции на Россию вынудили Российское правительство заключить 18 сентября 1739 г. в Белграде мирный договор с Турцией. По нему Россия возвращала Турции Очаков и Кинбурн, но получала Азов (без права его укреплять) и земли между Бугом и Днепром без выхода на море.
Россия получала право построить крепость на Дону на острове Черкас, Турция — в устье Кубани. России запрещалось иметь флот на Азовском и Черном морях и пользоваться для торговли собственными судами.
В связи с заключением мира с Турцией, 15 октября последовал указ императрицы Анны Иоанновны об упразднении Донской и Днепровской флотилий. Значительная часть судов был? уничтожена ввиду непригодности их для боевой службы, а личный состав переведен на север.