В позднее осеннее время русские не решились продолжать блокаду Свеаборга, и контр-адмиралу Т.Г. Козлянинову, принявшему временно командование флотом, было приказано с 10 лучшими кораблями идти на зимовку в Ревель, послав остальные корабли в Кронштадт, кроме трех бывших при Гангуте, которые должны были отправиться в Данию на усиление эскадры Фондезина.
23 октября русские корабли сняли блокаду Свеаборга и ушли в свои порты. Следствием снятия блокады и невыполнения приказа о блокаде Карлскроны В.П. Фондезином, было спасение шведского флота, который 9 ноября вышел из Свеаборга и беспрепятственно дошел до Карлскроны.
Эскадра В.П. Фондезина, вышедшая 5 июня с Кронштадтского рейда, 28 июня прибыла в Копенгаген. В пути у острова Готланд русские корабли встретили шведский флот, шедший на восток, и даже обменялся с ним салютом.
В.П. Фондезину после начала войны в Копенгагене поручалось разорить Готенбург, где находились три неприятельских военных фрегата, и совершить набег на другой, лежащий против Скагена, довольно значительный город Марстранд. Но вместо этого В.П. Фондезин провел в бездействии около месяца. В Копенгагене к его эскадре присоединились приведенные из Англии построенные там по чертежам адмирала С.К. Грейга катера «Меркурий» и «Дельфин».
29 августа в Копенгаген прибыла вышедшая 5 июля из Архангельска эскадра контр-адмирала И.А. Повалишина — новые четыре корабля № 8, № 75, «Александр Невский», «Северный Орел» (пятый — № 9, ставший на мель, был оставлен для починки в Норвегии) и 2 фрегата «Архангел Гавриил» и № 41. Эти суда шли из Архангельска без пушек, которые должны были погрузить на них в Копенгагене с транспортов «Кильдюин» и «Соломбала», отправленных из Кронштадта с эскадрой В.П. Фондезина. Но неосторожный адмирал, не имея точных сведений о том, где находятся неприятельские фрегаты и где находится эскадра И.А. Повалишина, 3 августа отправил эти транспорты в Архангельск, и один из них — «Кильдюин» в виду нашей эскадры был взят шведскими фрегатами.
Дания, союзница России в войне со Швецией, 30 августа выделила для усиления эскадры Фондезина 3 линейных корабля и 1 фрегат. Таким образом, сформировалась сильная эскадра из 10 линейных кораблей (в том числе три 100-пушечных), четырех фрегатов, двух катеров и четырех транспортов. Адмиралу предписано было блокировать Карлскрону, а при появлении шведского флота сразиться с ним, не допуская его в порт. В.П. Фондезину, занявшему своей эскадрой позицию между южной оконечностью острова Эланд и шведским берегом в конце сентября, С.К. Грейгом было приказано непременно продолжать блокаду до конца или, по крайней мере, до середины ноября. Но, узнав о кончине адмирала и уходе на зимовку судов, блокирующих Свеаборг, В.П. Фондезин 20 октября, не дожидаясь даже посланных к нему Т.Г. Козляниновым трех кораблей, отправился к Копенгагену. Благодаря такой неисполнительности адмирала, шведскому флоту, вышедшему из Свеаборга, удалось 17 ноября благополучно пройти в Карлскрону. В середине ноября в Копенгаген пришли из Ревеля линейные корабли «Пантелеймон», «Победоносец» и «Мечеслав». Промедлив целый месяц постановкой судов своего отряда на безопасную зимовку, Фондезин оставил их в Зунде, где суда целую зиму, подвергаясь крайней опасности, носились вместе с плавающим льдом между берегами Дании и Швеции. Если ни одно судно не погибло, то это было заслугой их командиров, а также счастливой случайностью. Оценкой действий Фондезина могут служить слова Екатерины: «
С наступлением зимы военные действия прекратились. Несмотря на предположения С.К. Грейга о возможности в зимнее время овладеть Свеаборгом, главнокомандующий В.П. Мусин-Пушкин не решался на такое смелое предприятие. Шведский же король занят был, главным образом, внутренними делами государства и на собранном им сейме, или риксдаге, успел склонить его представителей к согласию на продолжение войны с Россией.
Кампания 1788 г. не принесла успеха Швеции: шведам не удалось разбить русский флот, план захвата Петербурга был сорван.
Пользуясь временной приостановкой военных действий, оба противника были заняты усиленными приготовлениями к кампании 1789 года.
К началу кампании 1789 г. русский флот, усиленный вновь построенными гребными судами, насчитывал 35 линейных кораблей, 13 фрегатов и более 160 гребных судов.
Адмирал В.Я. Чичагов
У нас, в Ревеле, вооружал эскадру адмирал Василий Яковлевич Чичагов, назначенный вместо С.К. Грейга командующим Балтийским флотом. К нему должны были присоединиться: готовящаяся в Кронштадте эскадра контр-адмирала А.Г Спиридова, а затем у Карлскроны — Копенгагенская эскадра вице-адмирала Т.Г Козлянинова. Кроме того, в Кронштадте находилась резервная эскадра вице-адмирала А.И. Круза.