16 сентября, когда начались осенние шторма, а на судах заканчивался провиант, шведский флот снял блокаду Балтийского порта и ушел. 18 сентября морской министр П.В.Чичагов снял П.И. Ханыкова, заменив его капитан-командором Ф.Я. Ломеном.
Адмирал П.И. Ханыков, отданный под суд, признан был виновным «
На приговор коллегии о разжаловании адмирала состоялось повеление Александра I о предании забвению суда, производившегося над адмиралом Ханыковым, «
Из трех командиров, не исполнивших сигнала идти на помощь «Всеволоду», один был оправдан, а двое приговорены к «лишению живота», что было заменено исключением из службы.
20 сентября флот, оставив 2 фрегата, ушел из Балтийского порта. Снимаясь с якоря, фрегат «Герой» стал на мель, при засвежевшем ветре не смог сняться и на следующий день был разбит. 30 сентября флот пришел на Кронштадтский рейд и до 4 октября вошел в гавань.
Этой же осенью флот потерял еще один фрегат и так же, как и «Героя», не в бою, а по навигационным причинам. Фрегат «Аргус» (капитан-лейтенант A.A. Чеглоков) по пути из Свеаборга в Ревель 22 октября налетел на банку Девельсей, не смог с нее сняться и к 25 октября был разбит волнами. Экипаж был спасен.
В начале зимы 1808 года, когда вся Финляндия была уже занята нашими войсками, для принуждения Швеции к миру решено было, пользуясь замерзанием Ботнического залива, перенести военные действия в самую Швецию. С этой целью из Або, Вазы и Улеаборга отправились три отряда; первый, генерала князя П.И. Багратиона, овладев Аландскими островами, захватил до 2000 пленных и много судов и, перейдя Аландский пролив в самом узком месте у крайнего острова Сингельшера, прибыл в местечко Гриссельгамн на шведском берегу. Второй, генерала М.Б. Барклая-де-Толли, со страшными трудностями перешел Кваркен и занял Умео. Третий, генерала П.А. Шувалова, пошел берегом к Торнео и заставил сдаться встреченный шведский 7-тысячный корпус. Таким образом военные действия были перенесены на территорию Швеции.
В 1809 г. русский корабельный флот предназначался только для защиты Кронштадта и С.-Петербурга от возможной атаки английского флота.
Бриг «Гонец»
Гребной флот 24 мая вышел из Або к Аландским островам для их обороны и угрозы Швеции. Капитан-лейтенант П.П. Мистров с 12 иолами и 2 плавбатареями перешел в Карпострему. Капитан 1-го ранга М.П. Селиванов с 40 канонерскими лодками перешел в Вазу для защиты фарватеров, ведущих к городу.
В начале июня из Кронштадта вышли бриг «Гонец», люггер «Ящерица», катера «Ястреб» и «Дрозд», сопровождая транспорты в Або. 9 июня для усиления флотилии в Або из Свеаборга вышли шлюпы «Свирь» и «Единорог». 15 июня из Кронштадта в Або отправились корвет «Помона», шлюпы «Лизета», «Волхов» и «Тизбе».
После открытия навигации продовольствие нашим войскам, находящимся в Швеции, доставлялось через Ботнический залив из Финляндии на купеческих судах, для охраны которых из Або отправлены были в пролив Кваркен 36-пушечный гребной фрегат «Богоявление Господне» (капитан-лейтенант Ф.Л. Мендель) и два брига. Но вскоре туда прибыл сильный отряд шведских судов.
23 июня фрегат «Богоявление Господне», выйдя из Вазы к шведским берегам и встретив два шведских 48-пушечных фрегата, повернул и стал отходить к Вазе. Воспользовавшись маловетрием, русский фрегат на веслах начал удаляться от противника. Но ветер засвежел и шведы нагнали «Богоявление» у входа в Вазаский пролив. В течение трех часов русский фрегат отбивался от противника. Один из шведских фрегатов подошел вплотную к его борту, но не смог нанести значительных повреждений. Другой шведский фрегат сел на мель. Командир «Богоявления» Ф.Л. Мендель сумел не только отбиться от преследователей, но и решил сам атаковать их, и лишь повреждения рангоута и такелажа не позволили выполнить задуманный маневр. С наступлением темноты фрегат стал на якорь, и экипаж приступил к устранению повреждений, чтобы с рассветом атаковать шведский фрегат. Но ночью тот помог сняться с мели второму фрегату, и они оба ушли.
Корабельный наш флот, весной 1809 года находившийся в Кронштадте, готовился к отражению нападения англичан, блокировавших все наши порты. Шведский флот в Финском заливе в 1809 г. не показывался.
Гребной фрегат «Богоявление Господне»