На следующий день высаженный десант без противодействия занял крепость. Гарнизон разбежался, оставив два знамени, 9 крепостных и 2 полевых орудия и большое количество боеприпасов и снаряжения. Моряки и войска приступили к восстановлению и вооружению крепостных укреплений.
Линейные корабли «Императрица Мария» и «Пармен» 13 марта доставили из Варны 1000 человек для усиления гарнизона Сизополя. Спустя две недели — 28 марта турецкие войска численностью до 6 тыс. человек атаковали Сизополь. «Императрица Мария» и «Пармен» участвовали в отражении нападения, которое было отбито с большими потерями для турок.
19 апреля на Сизопольский рейд из Севастополя перешла эскадра адмирала A.C. Грейга для действий против турецкого флота. Сизополь стал ее маневренной базой.
В начале апреля были получены сведения о приготовлениях турецкого флота к выходу в море, а 12 апреля о выходе в море отряда из линейного корабля, фрегата и брига. Для его поиска, но с большим опозданием 21 апреля был выслан отряд капитана 1-го ранга И.С. Скаловского (линейные корабли «Пармен», «Норд-Адлер», «Иоанн Златоуст» фрегаты «Поспешный» и «Штандарт» и бриг «Мингрелия»). Не обнаружив противника у Босфора, отряд пошел вдоль анатолийского побережья. Из опроса коммерческих судов стало известно, что в Пендераклии вооружается только что спущенный со стапеля турецкий линейный корабль, а в Ачкесаре строится и готовится к спуску 26-пушечный корвет. И.С. Скаловский решил захватить эти суда или, в крайнем случае, уничтожить.
3 мая отряд подошел к Пендераклии и обстрелял береговую батарею на мысе Баба, прикрывавшую вход в залив. В ночь на 4 мая с отряда были высланы вооруженные гребные суда для захвата и уничтожения судов противника, в том числе 60-пуш. линейного корабля, но ввиду сильного огня батарей эти суда были вынуждены вернуться обратно. Утром отряд из добровольцев с кораблей под командой мичмана Трескина на шлюпке под огнем турецких стрелков с берега, подойдя к линейному кораблю, прибил к его борту пеньковые кранцы, облитые смолой, и зажег его, в результате чего корабль сгорел и поджег стоявшие вблизи военный транспорт и 15 мелких судов. 5 мая артиллерийским огнем 44-пуш. фрегата «Поспешный» и брига «Мингрелия» из отряда И.С. Скаловского у местечка Ачкесар был уничтожен строившийся на стапеле турецкий 20-пуш. корвет. После этого отряд вернулся в Сизополь.
В то время как отряд И.С. Скаловского действовал у анатолийского побережья, у Босфора не оставалось ни одного русского судна для наблюдения за проливом.
Воспользовавшись этим, турецкий флот в количестве 18 вымпелов (6 линейных кораблей, 3 фрегата и 9 малых судов) 11 мая вышел из Босфора и направился на восток, рассчитывая встретить и разгромить отряд И.С. Скаловского.
На следующий день произошло одно из самых позорных для нашего флота событий этой войны. 44-пушечный фрегат «Рафаил» (капитан 2-го ранга С.М. Стройников), вышедший 10 мая в крейсерство между Синопом и Батумом, на рассвете 12 мая встретился в районе Пендераклии в 30 милях от анатолийского берега с турецкой эскадрой. Ввиду маловетрия фрегату не удалось уйти, и он был окружен противником. На военном совете офицеры решили «драться до последней капли крови», но растерявшийся Стройников проявил малодушие, пошел на переговоры с противником и сдал фрегат в плен. Затем турецкий флот повернул к Босфору.
После заключения Адрианопольского мирного договора экипаж «Рафаила» вернулся в Россию. По суду командир и все офицеры были разжалованы в матросы без выслуги (кроме одного мичмана, находившегося во время сдачи в крюйт-камере). Император Николай I вынес приговор: «Если когда-нибудь „Рафаил“ снова попадет в наши руки, предать его огню как недостойный носить русский флаг». Бывшему командиру фрегата, разжалованному в матросы, было запрещено жениться, «дабы не иметь в России потомства труса и изменника».
Фрегат «Рафаил», переименованный турками в «Фазли-Аллах» («Данный богом»), просуществовал в турецком флоте до 1853 г., когда был уничтожен в Синопском бою 18 ноября 1853 г. эскадрой вице-адмирала П.С. Нахимова.
Спустя всего три дня после этого позорного случая произошло событие прямо противоположного характера.