В 1944 г. монах-бенедектинец, ботаник католического университета Хаф О'Нейл идентифицировал некоторые растения, изображенные в книге, в частности такие американские виды, как подсолнечник и красный перец. Это означало, что манускрипт должен датироваться не ранее 1493 г., когда Колумб привез семена в Европу. Однако иллюстрации в манускрипте довольно нечеткие и ставят под сомнение выводы О'Нейла. Интересное предположение связано с именем капитана Прескотта Кариера, криптоаналитика Военно-морских сил США. Основываясь на статистических данных при анализе текста, он установил, что манускрипт написан двумя стилями, названными им различными языками, и обозначил их А и В. В своем заключении он отмечал, что манускрипт был создан, по крайней мере, двумя людьми, хотя, возможно, его писал один человек, но в разное время. Было выдвинуто немало теорий относительно языка рукописи, ее происхождения и целей создания. Чаще всего в связи с этим упоминается имя Роджер Бэкон. Этого человека постоянно преследовали за его труды и научные открытия, поэтому он высказывался в пользу кодировки для сохранности данных. Утверждение Марци, который упоминал Бэкона как возможного автора манускрипта, произвело впечатление на Вилфрида Войнича. Он был почти уверен в том, что именно Бэкон — настоящий автор, и провел множество исторических исследований, пытаясь проверить и доказать это. Он установил, что у доктора Джона Ди была большая коллекция работ Бэкона и, предположительно, ученый навещал Рудольфа во время создания рукописи. Гипотезу о том, что номера страниц на манускрипте проставил Ди, отвергают большинство исследователей его жизни и деятельности. Впрочем, не только в этом связь Ди с манускриптом не подкрепляется прямыми доказательствами: он не упоминал ни слова о книге в своих довольно подробных дневниках. Тем не менее идеи Войнича оказали бол ьшое влияние на дальнейшие исследования и попытки расшифровать манускрипт. В 1943 г. нью-йоркский юрист Джозеф Мартин Фили опубликовал работу «Шифр Роджера Бэкона: настоящий ключ найден», в которой заявил, что Бэкон написал текст, используя сокращения слов средневековой латыни. Это предположение никто не принял всерьез. Специалисты по работам Бэкона, изучив манускрипт Войнича, отвергли его авторство.