Первая версия говорит о том, что дети могли присоединиться к крестовому походу детей, который состоялся в 1212 г. Это религиозное движение детей охватило в то время Францию и Германию. Немецкий мальчик Николас провозгласил себя избранником Бога, которому под силу вернуть христианам власть над Святой землей. Для этого в его войске должны быть только чистые душой дети. Перед ними отступит морская пучина, пропуская к Иерусалимскому королевству, и там они молитвами и иконами изгонят неверных из Святого города. Некоторые исследователи полагают, что мальчика подучил отец, заключивший договор с неким работорговцем. Николас собрал под свои знамена около 20 тысяч детей и отправился с ними в далекий и опасный путь через Альпы в Италию, к морю. До берегов моря дошла лишь четверть паломников, а обратный путь, как говорят хроники, не одолел никто. Сторонники этой версии полагают, что в реальной истории роль музыканта сыграл некий проповедник, который сумел уговорить детей примкнуть к крестоносному походу Николаса: Поверить в реальность этой версий мешают несовпадений в хронологии событий, ведь дату крестового похода и указанную в сказке разделяют более 70 лет. Причем записи и легенды о походе Николаса существуют совершенно самостоятельно и нигде не пересекаются со сказаниями о гаммельнском крысолове. Да и представить средневекового проповедника в пестрых одеждах, о которых неоднократно упоминается в хрониках и преданиях, трудновато.
Другая теория о происхождении сказки пытается объединить ее с историческим фактом — битвой при Зедемунде, произошедшей в 1259 г. Тогда гаммельнское ополчение вышло на бой против армии епископа Минденского, чтобы отстоять права на спорные земельные участки. Гаммельнцы в этой битве потерпели поражение, потеряли около 30 человек погибшими, а пленников победители увели «через горы» — что совпадает с легендой. Через некоторое время они вернулись домой через Трансильванию. Однако эта история зафиксирована в летописях Гаммельна раньше истории о крысолове, количество погибших не совпадает, потому вряд ли это событие могло стать основой сказки о флейтисте.
Следующая версия о причинах гибели 130 гаммельнских детей утверждает, что ребятишек погубила… чума. Эпидемия чумы пришла в Европу в начале XIV в. с востока и в 1347–1348 гг. превратилась в пандемию, от которой погибло около трети населения Европы. Болезнь распространяли черные крысы, во множестве проникавшие в портовые города из корабельных трюмов, а дальше болезнь уже передавалась от человека к человеку. Возможно, полагают некоторые ученые, именно чума стала прообразом пестрого дудочника — ведь она унесла жизни сотен детей и молодых людей. Сторонники этой версии ссылаются на популярный в ту пору символизм «Пляски смерти», причем смерть часто изображают как скелет, наряженный в разноцветные лохмотья или яркую одежду. Некоторые исследователи даже предполагают, что речь шла не об одежде, а о черных и синих пятнах, которые появляются на теле больного бубонной чумой. В средневековых рукописях, посвященных мистериям смерти, часто рисовали флейтистов и певцов, которые аккомпанируют пляске, а иногда и саму смерть изображали в виде музыканта. Именно жестокая эпидемия, унесшая жизни детей, подтолкнула гаммельнцев к созданию легенды о дудочнике, который увел детей в страну смерти за холмами (по-немецки «холмы» — Coppen), откуда никто не вернулся. И опять эта вполне правдоподобная версия опровергается хронологией. Ведь история с гаммельнским крысоловом произошла почти за полвека до того, как в Германию пришла чума. В конце XIII в. серьезных эпидемий не было зафиксировано.