Недовольные реформами Первого Императора жестоко наказывались. Сопротивление центральной власти подавлялось крайне жестоко, с применением самых страшных видов смертной казни. Чрезвычайно суровым был закон и в отношении преступников. Став хозяином империи, Цинь Шихуанди ввел карательную систему, предусматривавшую как массовый вид наказания порабощение государством всех членов семьи преступника в трех поколениях, а также семей, связанных между собой системой взаимной ответственности, круг которой расширился настолько, что каре одновременно подвергались целые группы селений. Согласно активно действовавашей поручительской системе в случае совершения преступления все лица, связанные взаимной порукой с «преступником», а именно: отец, мать, жена, дети, старшие и младшие братья, т е. все члены семьи, превращались в государственных рабов. Цинь Шихуанди придавал очень большое значение установлению нового поручительского объединения, являвшегося одним из основных пунктов введенного им единого законодательства Циньской империи. Отнюдь не случайно в тексте Ланъятайской стелы среди многочисленных заслуг Цинь Шихуанди отмечалось, что император установил систему «…взаимного поручительства шести родных, и благодаря этому в стране не стало преступлений (преступников) и разбоев».
Введенные при Цинь Шихуанди (по образцу реформ Шан Яна в царстве Цинь) чрезвычайно жестокие меры сурово карали за малейшие проступки. В 213 году до н. э. в связи с обострением обстановки внутри страны и усилением недовольства со стороны отдельных слоев чиновничества Цинь Шихуанди ввел новый закон, согласно которому наказанию наравне с преступником должен подвергаться также чиновник, знавший о преступлении, но не сообщивший о нем. Издавая подобный указ, Цинь Шихуанди стремился обезопасить себя от возможных заговоров и открытых выступлений чиновничества против императорской власти. К смертной казни как высшей мере наказания приговаривали чаше всего за антигосударственные поступки. Существовало огромное количество видов смертной казни — в зависимости от социальной принадлежности преступника и тяжести его вины. Так называемая почетная казнь, когда император «жаловал смерть», посылая обвиняемому меч и приказывая ему покончить жизнь самоубийством у себя дома, распространялась только на членов правившего рода и наиболее высокопоставленных чиновников.
Часто казнь проходила публично. Очевидно, император стремился этим устрашить народ и в какой-то степени обезопасить себя от возможных антиправительственных выступлений. Помимо смертной казни, в империи Цинь имелись и другие меры наказаний. Широкое распространение получили каторжные работы. Часто осужденных, в числе которых наряду с мужчинами были и женщины, посылали на строительство Великой Китайской стены; им обривали головы или и клеймили. Для тех, кому обривали голову, срок ссылки длился пять лет, для клейменных — четыре года. При этом женщины не принимали непосредственного участия в строительных работах.
Все в том же 221 году до н. э. Цинь Шихуанди издал приказ о конфискации оружия у всего населения страны, разоружив, таким образом, остатки разбитых армий шести царств. Все конфискованное оружие доставили в Сяньян и перелили на колокола и статуи. По сообщению Сыма Цяня, было отлито 12 человеческих фигур, каждая весом в 1000 дань, т. е. 29 960 килограммов. Статуи колоссальных размеров предположительно стояли у одного из императорских дворцов, но археологи еще не нашли подтверждения их существования.
В конце 220 года до н. э. Цинь Шихуанди решил проверить, сколь успешно идет осуществление его реформ на местах. Он совершил поездку в западные районы страны, посетив округа Лунси и Бэйди. Первая поездка дала, по-видимому, положительные результаты — убедившись в благонадежности западных пограничных округов, император Цинь Шихуанди решил совершить более далекие и длительные путешествия. Нельзя забывать, что объединение шести царств проводилось очень не мирными средствами: циньцы приходили в каждое царство с оружием в руках, и местное население встречало их не очень дружелюбно. Императору необходимо было убедить широкие слои населения шести покоренных царств в правильности его политики. Зная горячее стремление народа к мирной жизни, он обещал им длительный мир. Во время инспекционной поездки по восточным районам страны в 218 году на императора было совершено покушение, но убийца промахнулся. В течение десяти дней по всей Поднебесной проводились массовые поиски преступника, но ему удалось скрыться.