Санкции против церкви и богатой торгово-промышленной верхушки Новгорода продиктованы были скорее всего корыстными интересами опричной казны.
Непрекращавшаяся война и дорогостоящие опричные затеи требовали от правительства огромных средств. Государственная казна была между тем пуста. Испытывая финансовую нужду, власти все чаще обращали взоры в сторону обладателя самых крупных богатств — церкви. Но духовенство не желало поступаться своим имуществом. Суд над митрополитом Филиппом нанес сильнейший удар престижу церкви.
Опричное правительство использовало это обстоятельство, чтобы наложить руку на богатства новгородской церкви. «Изменное дело» послужило удобным предлогом для ограбления новгородско-псковского архиепископства. Но опричнина вовсе не ставила целью подорвать влияние церкви. Она не осмелилась наложить руку на главное богатство церкви — ее земли.
Архиепископ Пимен, постриженник Адриановой пустыни на Ладожском озере, был, по словам Курбского, святителем «чистаго и жестокаго жительства». Аскетизм не помешал ему угодничать перед царем. Именно он возглавил депутацию в Александровскую слободу после отречения царя. Он же помог низложить Филиппа Колычева. Невзирая на заслуги Пимена перед опричниной, он был объявлен изменником и подвергнут позору. Престарелого владыку посадили на кобылу задом наперед, дали ему в руки скомороший инструмент — волынку и в таком виде повезли из Новгорода в Москву. Царь неплохо знал византийскую историю и, должно быть, вспомнил, что именно так византийские императоры наказывали константинопольских патриархов, замешанных в заговорах против власти.
Опричники увезли из Новгорода богатую архиепископскую казну, святость — знаменитые иконы, а также колокола, врата и драгоценную утварь из Софийского собора.
Государев разгром нанес большой ущерб посадскому населению Новгорода, Пскова, Твери, Ладоги. Торговля Новгорода с западноевропейскими странами была подорвана на многие годы. Но санкции опричнины против посада носили скоротечный характер.
Их целью было скорее устрашение, чем поголовное истребление населения. В исследованиях последних десятилетий разгром Новгорода получил двойственную оценку. Отметив варварский, разбойный характер опричных санкций, А.А. Зимин в то же время усматривал в сокрушении Новгорода определенную историческую закономерность, поскольку «ликвидация обособленности и экономического могущества Новгорода явилась необходимым условием завершения борьбы с политической раздробленностью страны». Согласиться с подобной оценкой никак нельзя. Путь к преодолению экономической обособленности лежал не через резню и погромы, а через экономический подъем, развитие торговых связей между Новгородом и прочими русскими землями. Можно ли считать Новгород второй половины XVI в. важным форпостом удельной децентрализации? Факты ставят под сомнение этот вывод. Уже в период ликвидации Новгородской республики в конце XV в. московские власти экспроприировали всех местных землевладельцев (бояр, купцов и «житьих людей» — мелких землевладельцев). На этих землях водворились московские служилые люди — помещики.
Ни в одной другой земле мероприятия, призванные гарантировать объединение, не проводились с такой последовательностью, как в Новгороде. Ко времени опричнины в Новгородской земле прочно утвердились московские порядки. Москва постоянно назначала и сменяла всю приказную и церковную администрацию Новгорода, распоряжалась всем фондом новгородских поместных земель. Влияние новгородской церкви и приказных людей на местное управление заметно усилилось после упразднения новгородского наместничества в начале 60-х годов. Местный приказной аппарат, целиком зависевший от центральной власти, служил верной опорой монархии. То же самое можно сказать и относительно новгородской церкви. Несмотря на безусловную лояльность архиепископа Пимена и новгородской администрации, царь Иван и его сподвижники не доверяли новгородцам и недолюбливали Новгород.
Опричнина умножила опасные симптомы недовольства в среде земских дворян Новгорода. Царь закрыл новгородцам доступ на опричную службу, и они испытали на себе произвол опричнины. Неудивительно, что уже в первых опричных процессах замелькали имена новгородцев.