Филарет знал, что родом Романовых и во время правления Лжедмитрия не было совершено никаких чёрных дел против царя и России. И потому он вскоре забыл о своих первоначальных волнениях. Но жизнь в столице текла бурно и что ни день приносила новые огорчения, новые тревожные вести. Спустя несколько дней после приезда Филарета пришёл к нему брат Иван с новиной, кою добыл, как он сказал, от верных людей. Сказано было ему, что царь Василий собирал московских архиереев, и на том совете шёл разговор о патриархе. Он же отстранил от патриаршества неугодного ему Игнатия Грека. «Мне не нужен духовник, который служил самозванцу, — заявил при этом царь. — Потому ищите достойного». И были названы на том совете лишь два имени: митрополита Казанского Гермогена и митрополита Ростовского Филарета.
— Да сказывали, что твоё имя, братец, назвал сам царь, — частил Иван. — Дивно. Да ты-то что думаешь по сему поводу?
Филарету тоже показалось всё произошедшее в Кремле дивным. Выходило, что Шуйский сделал попытку примирения с Романовыми. Удивился, да не поверил, что желание Шуйского видеть на престоле церкви его, Филарета, есть искреннее. Царь Василий был больше хитрый, чем умный. И как позже выяснилось, он лишь заигрывал с Филаретом, дабы усыпить свою совесть. Помнил пока царь Василий, что многим обязан своему восшествию на престол Филарету Романову. Быть бы ему в ссылке, ежели бы Филарет не вмешался в его судьбу. Но ещё больше Шуйский был обязан митрополиту Казанскому Гермогену. Царю надо было благодарить Бога за то, что по его милости Гермоген отвёл руку самозванца с топором, занесённым над Василием Шуйским.
Может, царь Василий всё-таки хотел отблагодарить прежде его, Филарета, рассуждал митрополит. И возражал себе: как мог Шуйский советовать архиереям возвести на престол церкви Филарета, ежели он не мог стать духовным отцом государя по своим внутренним убеждениям, о которых царь Василий знал. И потому Филарет счёл окончательно движение царя Василия всего лишь игрой в примирение. А Филарет не хотел принимать участия в этой игре. Знал он, что Шуйский не исполнит обетов не карать без вины, и потому остерегался дать ему повод для опалы. Он пребывал в Москве без службы, без дел, не появлялся ни в Кремле, ни в городе и утешался воспитанием сына Михаила, проводил с любознательным десятилетним отроком полные дни, пытался избавиться от душевного расстройства, возникшего с возвращением из ссылки бывшей жены Ксении, а ныне инокини Марфы. Схима разлучила их. Марфа отнеслась к этому покорно и стойко и не проявляла никакого желания возобновить супружескую жизнь. Филарет понимал её, ни в чём не принуждал, но душевные страдания его порою становились нестерпимы. Он казнил себя за свой характер, за свои чувства, но ничего не мог с собой поделать, потому как Ксения оставалась ему желанной. И потому стал жалеть, что так легко поддался уговорам и покинул Ростов Великий, с нетерпением ждал тот час, когда мог бы вернуться туда.
Ждать исхода задуманной хитрой игры царём Василием Филарету пришлось недолго. По державе поползли слухи, что царь Дмитрий не был убит, что по воле Всевышнего он был спасён, а убит был человек лишь похожий на него. Дабы пресечь эти слухи, царь Василий принял меры для их опровержения. Он призвал в Кремль мать Дмитрия, царицу Марию Нагих, а ныне инокиню, и повелел ей принародно признаться, что её сын убит девятилетним отроком и что Лжедмитрия она признала за сына подневольно. Ещё царь нашёл монаха Варлаама, который в своё время общался с Григорием Отрепьевым и повелел ему:
— Всё опиши в признании и будешь читать всюду с папертей церквей и соборов.
И Варлаам написал извет, в коем доказывал тождество Лжедмитрия с Гришкой Отрепьевым. Но о том, что сам Варлаам шёл почти до Киева с царевичем Дмитрием, он умолчал.
Признания Варлаама и свидетельства Марии Нагих о Лжедмитрии царю Василию оказалось мало. Тут-то и завершилась игра царя Василия с митрополитом Филаретом. Царь позвал митрополита во дворец. В разговоре с ним был ласков, обходителен. Много спрашивал о том, как жил в изгнании да как устроился в Москве. И со слезой в голосе отметил:
— Да вижу, владыко, в унынии пребываешь.
— Печалуюсь от расстройства жизни, — неопределённо ответил Филарет.
Он вёл себя сдержанно. Удивился тому, как за прошедшие несколько лет, что не видел Василия, тот неузнаваемо изменился. Он стал ещё ниже ростом, совсем облысел и глазами вовсе плох был. Но в хитрости преуспевал. И походя пускал её в оборот.
— Ты уж не обессудь, владыко Филарет что не добился тебе патриаршества. Иереи заартачились. С чего бы? Да ты их знаешь. Им больше мил Казанский митрополит Но я ещё постою за тебя, — утешал царь.
Филарет ответил Василию учтиво:
— Я благодарен Всевышнему, что он не оставляет меня милостями.
— Ну коль так, то и мне легче, — вздохнул царь. — А позвал я тебя, дабы исполнил мою просьбу. Возьми кого тебе нужно и сходи в Углич. Там достань мощи царевича Дмитрия, привези их в Москву. А пока ходишь, я поборюсь с иереями: токмо тебя вижу патриархом и моим духовным отцом.