В Мексике представление о завершении цикла человеческой жизни у ацтеков было связано с двумя божествами: Миктлантекутли и Миктекасиуатл, Господином и Госпожой Миктлана. Именно они встречали простых смертных после предположительно долгого и тяжелого перехода в загробный мир. Их храм находился в старинном городе Теночтитлан, где сейчас расположен современный Мехико, и называлось это место Тлалхикко, что означает «пуп земли».
Чтобы предстать перед Господином и Госпожой Смертью необходимо было пройти определенные испытания. Умерший, заручившись помощью Ксолоитскуинтли, собаки-проводника, которую приносили в жертву в день его похорон, должен был избежать ударов бьющихся друг о друга камней; пройти через холмы и пустыни; избежать опасности в виде крокодила Хочитоналя; выдержать ветер, метавший острые осколки обсидиана; пересечь полноводную реку.
Некоторые из этих доиспанских верований по сей день сохраняются в современной мексиканской культуре в латентном виде. Примером тому служит День Мертвых, посвященный памяти усопших предков, который отмечают 2 ноября, и в основе которого лежит идея воспоминaния об ушедших с радостью, сопровождавшей их при жизни, а не с чувством горечи от их утраты. Именно поэтому музыка и танцы, предназначенные для облегчения ухода умершего в мир иной – обычное явление на похоронах. Смерть же здесь рассматривается как некая сущность, наделенная огромной силой, необходимой ей для выполнения невидимой для живых тяжелой и невеселой работы.
У мексиканцев существовала и другая символика, связанная с темой смерти. Например, Тсомпали, «ряды черепов”. Это было ничто иное как расположенные в несколько рядов деревянные шесты, на которые один за другим, подобно костяшкам на механических счетах, нанизывались черепа. B Древней Мексике они считались важной частью культа смерти, и их можно было увидеть в больших храмах. Также образ смерти представлялся в форме вырезанных из камня или вылепленных из глины, и зачастую красиво расписанных, черепов.
Были обнаружены и человеческие черепа, украшенные кремниевыми камнями, с морскими ракушками на месте глаз. Cпециалисты не пришли к единому мнению относительно того, что могли символизировать эти черепа, однако все они полагают, что это была одна из форм жертвоприношения божествам смерти. Другой находкой стали элементы украшений богини Коатлтикуэ в виде голых черепов, остатки подношений в ритуальных кадилах и фигуры различного типа и размера. Это указывает на то, что у древних мексиканцев, равно как и у преданных божествам смерти майя, тарасков и тотонаков, существовал мощный религиозный культ.
С приходом испанцев, предполагалось, что культ будет всецело предан забвению, однако этого не произошло. Поклонники богов Миктлантекутли и Миктекасиуатл (последней в особенности) продолжили служить им тайно.
Археолог Карлос Наваррете в своем труде, посвященном Санта Муэрте, предполагает, что данный культ мог возникнуть как продукт синкретизма веры в некое божество смерти, учения католического святого Паскуаля Байлона и представления о неприкаянных страдающих душах «анимас солас».
Испанское завоевание в мексиканских селениях осуществлялось огнем и кровью, однако помимо него происходило духовное порабощение, состоявшее в полном уничтожении божеств, представляющих собой основу индейской культуры. Однако, несмотря на все усилия, в католицизме до сих пор сохранились следы древней религии, в связи с чем культ Санта Муэрте является своеобразным отголоском этого прошлого.
Обращение индейских народов в католическую веру являлось первостепенной задачей францисканских миссионеров. Сопротивление индейцев новым религиозным доктринам наказывалось проповедниками Евангелия пожизненным заключением в тюрьму. Например, в документе, датируемом примерно 1600 годом, и описывающем случаи идолопоклонства в маленькой деревушке Тукстла, сообщается о запрещенных обрядах, которые втайне совершались некоторыми местными жителями.
Для католиков единственным и истинным Богом был тот, о котором говорит Библия, в связи с чем любое отклонение в религиозном мировоззрении преследовалось как проявление сатанизма несмотря на то, что в Древней Мексике не существовало понятия ада. Индейским богам поклонялись в пирамидах, на холмах и в пещерах, и поначалу миссионеры не могли понять смысла их танцев вокруг костей (зачастую принадлежавших священнослужителям и местным правителям, которым поклонялись индейцы), которые казались им такими странными.
Наиболее вероятным считается предположение, что для того, чтобы сохранить свои древние практики и избежать наказания, приверженцы культа Миктлансиуатль, скрыли его под покровом элементов католицизма. Эта смесь индейских и европейских верований, включающая в себя элементы креольской культуры, положила начало зарождению культа Санта Муэрте в том виде, в котором он существует и по сей день.