Турки недооценили решимость своих противников, и их ошеломило безлюдное место, в котором они оказались: скалистый остров, лишенный древесного покрова, который мог бы поддержать их огромную армию лишь с большим трудом. Форт Сент-Эльмо защищали 800 солдат, снабженных мясом (в том числе живым скотом), печеньем, вином и сыром10 .Рыцари отвечали на попытки турок штурмовать цитадель смертоносными обручами, которые поджигали и посылали в их ряды. Турки начали понимать, что Мальта гораздо менее уязвима, чем они предполагали. Святой Эльмо продержался, как ни странно, до 23 июня. Отчасти это объяснялось преданностью рыцарей христианскому делу, которое они пытались защитить. Они были готовы сражаться насмерть среди ужасающих сцен резни; Бальби свидетельствует, что вода Большой гавани была красной от крови. Во время осады погибли 89 рыцарей, но они были лишь элитой гораздо более многочисленного войска: вместе с ними погибли 1500 французских, итальянских и испанских солдат. Потери османов были еще более серьезными: на каждого западноевропейского солдата приходилось примерно четыре турецких.11 Жан де Валетт, теперь уже Великий магистр, поддерживал боевой дух, появляясь, казалось, повсюду и никогда не засыпая. Христианские корабли с Сицилии пока мало чего добились, хотя к началу июля 700 человек из отряда помощи смогли войти в Витториозу. Для того чтобы прогнать турок с острова, требовалась гораздо большая помощь, но европейские дворы лишь постепенно осознавали последствия османской победы. Де Валетт постоянно отправлял на Сицилию послания с просьбой о помощи, но испанский король боялся, что потеряет свой флот в море, как это уже случилось при Джербе. Иногда Филипп смотрел на конфликт глазами бухгалтера, хотя был твердо уверен, что его долг - отбросить османское наступление в восточное Средиземноморье. В конце концов король согласился на предложение дона Гарсии де Толедо, вице-короля Сицилии, немедленно отправить большой флот на Мальту; но плохая связь между Мадридом и Палермо усугубляла задержку, как и нехватка свободных галер на Сицилии (дон Гарсия смог задействовать двадцать пять в конце июня, а сто - два месяца спустя).12
Падение Сент-Эльмо позволило туркам начать отложенный штурм рыцарских крепостей Сенглеа и Витториоза, используя пушки, которые Мустафа-паша установил на возвышенностях за этими городами. Затем последовали недели интенсивных бомбардировок и ужасной резни. Защитникам просто повезло, или, скорее, по их мнению, Бог спас их и остров. В начале августа, в самый отчаянный момент, мальтийский отряд разорил турецкий лагерь возле Сенглеа. Те, кого они убили, были уже слишком больны, чтобы сражаться, но хаос, который они устроили, усиливался предположением, что они - долгожданная помощь из Сицилии. На самом деле они выехали из Мдины, куда и вернулись; когда турки послали свой отряд в Мдину, они были потрясены, увидев, как хорошо защищена древняя столица. Это и другие события привели к дальнейшим ссорам между Пияле и Мустафой-пашой, о которых сообщает Бальби. Пияле настаивал на том, что он слышал о прибытии большого христианского войска. Если это так, то он считал своим долгом спасти флот. "Султан, - сказал он, - гораздо больше думает о флоте, чем об армии, подобной этой". С этим ответом он ушел".13 Безжалостная резня продолжалась еще месяц, турки пытались заминировать Витториозу и превратить город в груду развалин; Мустафу смущали письма Сулеймана, требовавшего информации об осаде, которая, по мнению султана, должна была уже завершиться победой.
На короткий миг показалось, что удача благоволит туркам: поздние летние штормы направили сицилийский десант по огромной дуге от Сиракуз мимо острова Пантеллерия к Трапани, после чего он наконец-то продвинулся к Гозо и 6 сентября 1565 года достиг Мальты. Известие о высадке десанта с Сицилии вызвало новые разногласия между Мустафой-пашой и Пияле:
После ожесточенного и продолжительного спора Мустафа высказал свое мнение, что, поскольку они уверены, что на берег высадился сильный десант, лучше всего немедленно уехать. Но Пияле сказал: "Какое оправдание ты дашь султану, о Мустафа? Если ты уйдешь, даже не увидев врагов, не отрубит ли он тебе голову? Если ты не видел их, ты даже не сможешь сказать ему, от каких сил ты бежал".14
Мустафа согласился стоять и сражаться, но его войска были настроены иначе: 10 000 человек из отряда помощи разгромили армию Мустафы у Мдины, и турецкая армия бежала к кораблям Пияле. К 12 сентября все оставшиеся в живых турки ушли. Многие тысячи были оставлены в импровизированных могилах на горе Сциберрас. Бальби сообщил, что за время осады погибло 35 000 турецких солдат, что превышало численность первоначальных сил вторжения.15