Начиная с зимнего контрнаступления Красной армии партизанское движение действительно стало фактором дестабилизации оккупационного господства в Белоруссии. Хотя решение еврейского вопроса отошло для тыловых частей вермахта на второй план, борьба с партизанами осуществлялась методами, впервые испытанными при уничтожении евреев. Более того, антипартизанские операции разрабатывались с учетом истребления еврейского населения в ближайших деревнях и селах. Образцом стала проведенная Бехтольсхаймом 28 марта – 4 апреля 1942 года операция «Бамберг» в районе Бобруйска и Брянска, в ходе которой части 707-й дивизии расстреляли в тыловом районе группы армий «Центр» 3 500 «партизан и их пособников», большей частью – евреев. Потери самого вермахта (6 убитых и 10 раненых) были настолько низкими, что действия Бехтольсхайма вызвали критику командующего тыловым районом фон Шенкендорфа. Тем не менее операция «Бамберг», в которой участвовали также фронтовые дивизии вермахта с тяжелым вооружением и некоторые части люфтваффе, стала образцом – все последующие антипартизанские акции планировались так, чтобы одновременно уничтожались и близлежащие гетто. На жаргоне оккупантов это называлось «ликвидацией побочных гетто»[318].
В начале лета 1942 года сухопутные войска провели специальную операцию по уничтожению восьми гетто, в ходе которой было убито 13 тысяч человек, а генеральный комиссариат в Минске получил на свой счет 115 247 рейхсмарок. В это время генеральный комиссар в Белоруссии Вильгельм Кубе характеризовал еврейство как «главного представителя партизанского движения» наряду с польскими и советскими партизанами. Он считал, что при обращении с евреями надо исходить не из экономических интересов, а из политических приоритетов. 31 июля 1942 года Кубе сообщал имперскому комиссару Лозе, что армия самовольно пожала лавры широкомасштабной резни: «Из-за превышения полномочий» вермахтом был нанесен ущерб подготовке к уничтожению евреев в райцентре Глубокое. Военные органы, не поставив в известность гражданскую администрацию, «ликвидировали 10 тысяч евреев, систематическое искоренение которых так и так было нами предусмотрено». В то же время Кубе считал вермахт «работодателем еврейства» и обвинял военные инстанции в том, что не все белорусские евреи еще истреблены[319].
Один из выживших обитателей минского гетто после войны так описал акции уничтожения в июле 1942 года: «О том, что мы увидели в следующие дни в гетто, вряд ли можно рассказать. Запах останков над лагерем делал все еще хуже. Это побоище было проведено специальной командой СС, но солдаты германского вермахта несли караул вокруг гетто, наблюдали и заботились о том, чтобы никто не смог сбежать и избежать смерти»[320].
Однако, по подсчетам историков, 30–50 тысяч евреев бежали из белорусских гетто. Выжило из них только менее половины, поскольку гражданские и военные власти проводили постоянные облавы. Так, в сентябре 1942 года в окрестностях Минска 392-я комендатура обнаружила «банду евреев» численностью 100–150 человек, включая женщин и детей. В первых числах января 1944 года командующий вермахтом в имперском комиссариате докладывал, что обнаружил один из штабов партизанского движения в Белоруссии численностью 50 человек, командиром которого является еврейка. В те же дни вермахт зафиксировал столкновение польских партизан «с еврейским подпольем», в ходе которого было убито 17 евреев[321].
По подсчетам Ханнеса Геера, в течение первого полугодия 1942 года вермахт истребил в Белоруссии не менее 20 тысяч евреев, за весь период оккупации – 80 тысяч, а в целом в генеральном комиссариате Белая Рутения погибло от рук оккупантов 100–150 тысяч евреев[322].