Взрывоопасная смесь традиционного антисемитизма офицерского корпуса и радикальной нацистской ненависти к евреям дала о себе знать в полной мере с началом подготовки агрессии против Советского Союза. Руководство вермахта и сухопутных войск с готовностью приняли предложенные Гитлером цели войны против Советского Союза, в том числе и «искоренение» евреев на оккупированной территории при помощи вооруженных сил. При активном участии военных инстанций в первой половине 1941 года была осуществлена организационная подготовка к расовой и мировоззренческой войне. Массовое истребление советских граждан, включая евреев, в оперативной области должно было совершаться не просто с ведома, а по приказам германских генералов. Благодаря директивам, приказам и антисемитской пропаганде евреи являлись для военнослужащих одними из главных врагов – комиссарами, саботажниками, подстрекателями. Солдаты и офицеры были в морально-психологическом отношении заранее подготовлены к жестокому убийству беззащитных людей, а руководители военной пропаганды приложили все усилия для превращения антисемитизма, имевшего место в СССР, в один из факторов ослабления боевой мощи Красной Армии, ее разложения и деморализации.
Объединение в идеологии вермахта двух «мировых врагов» – большевизма и еврейства – позволило ему с первых дней агрессии против СССР проводить на советской территории расовую и мировоззренческую войну, составной частью которой было истребление еврейского населения. Германские генералы летом 1941 года знали, что в действительности представляют собой «необходимые мероприятия чистки», «массовые мероприятия» и «особое обращение» с еврейским населением. Поскольку карательные формирования действовали по приказу политического руководства рейха, постольку некоторые командующие армиями, корпусами и дивизиями ограничились только отдельными нерешительными протестами, добиваясь не спасения советских евреев, а лишь изменения формы проведения «акций». Поэтому Гитлеру через посредников легко удалось подавить недовольство отдельных военачальников. Другие генералы легко отступали еще раньше, как только выяснялось, что за эксцессами местного населения стоят опергруппы. С первых недель оккупации вермахт с его тыловыми районами, охранными дивизиями, полевыми комендатурами и тайной полевой полицией занял важное место в гитлеровском аппарате массового уничтожения евреев. Как раз тогда, когда гражданская администрация и стационарные учреждения СД на оккупированной советской территории находились только в процессе становления, армия стала гарантом осуществления нацистской программы поголовного уничтожения евреев. Регистрация еврейского населения и приказы о ношении желтой звезды, запреты приветствовать немцев и привлечение к принудительному труду, реквизиции имущества и организация гетто – эти предварительные условия физического истребления были согласованы с остальными оккупационными органами и планомерно реализованы. Функции вермахта, СС и полиции не были четко разделены, расовая и мировоззренческая война превратилась в их совместное предприятие.
Холокост наращивал мощь по мере усиления партизанского движения на оккупированной советской территории, которое вермахт отождествлял с деятельностью «евреев-партизан». К этому времени вооруженные силы Третьего рейха уже участвовали в Холокосте на всех уровнях – от командующих тыловыми районами групп армий до командиров частей и отдельных военнослужащих. Противоречие между идеологически мотивированным отношением военных оккупационных властей к советским евреям как к организаторам партизанского движения, саботажникам и лентяям, с одной стороны, и необходимостью эффективной экономической эксплуатации завоеванной территории, немыслимой без труда евреев, разрешилось в пользу радикальной нацистской идеологии, что привело к соучастию вермахта в истреблении сотен тысяч советских евреев, уцелевших после первой волны нацистского террора.
Вермахт, поступившись своим кодексом чести, отказался от ответственности за судьбу военнопленных красноармейцев и командиров еврейской национальности, санкционировав их передачу карательным органам для уничтожения. Имеющиеся в распоряжении историков материалы дают основание утверждать, что многие начальники транзитных, основных и офицерских лагерей не только не попытались защитить этих пленных, как того требовали нормы обращения с побежденным и плененным противником, но и сами осуществляли розыск евреев, добровольно взяв на себя функции СС и СД.