Наконец в марте 1905 года в Москве созывается делегатский съезд, который и заложил основы Академического союза. От Московского университета выступал Вернадский, от Петербурга — Гревс. В августе прошел второй съезд. «В бюро [Академического союза] мне удалось провести мой проект, — пишет Вернадский, — немедленно открыть учебные заведения и вызвать агитацию за условия, обеспечивающие спокойную академическую жизнь — свободу собраний, легализацию политических партий, свободу слова. Не знаю, удастся ли на съезде. <…> По-видимому, московское начальство колеблется — что делать с нашим съездом. Но вот будет глупость, если они разрушат съезд при таком его решении!!»29
И тайными, и явными путями движется история. Когда на приеме земских и городских деятелей в Петергофе царь отозвал в сторону Трубецкого, то говорил с ним и об университетах. Князь объяснил основные требования профессоров. Николай попросил написать ему специальную записку, но подать ее не через бюрократов Министерства просвещения, а напрямую, через министра двора.
В июне Сергей Николаевич ее сочинил и подал. Он предлагал ввиду полной дезорганизации учебы закрыть университеты на полгода, за это время передать власть советам профессоров и провести реформу, а в январе университеты открыть.
Суть реформы: власть — советам; полная автономия; упразднение инспекции; вернуть уволенных преподавателей; разрешить студенческие организации.
Царь откликнулся быстро. В августе он издал «Временные правила», устанавливающие все главные требования Трубецкого. По старому обычаю: дал свободу. Автономия университетов была провозглашена.
Третьего сентября 1905 года совет Московского университета собрался на историческое заседание: первые выборы ректора. В 46 записках стояла фамилия Трубецкого. Ближайший за ним претендент снял свою кандидатуру, поскольку значился только в восьми. При голосовании за Трубецкого подано 56 шаров из 77.
Поблагодарив коллег за честь, Сергей Николаевич сказал:
— Мы отстоим университет. Чего бояться нам? Университет одержал великую нравственную победу. Мы получили разом то, чего желали. Мы победили силы реакции. Неужели бояться нам общества, нашей молодежи? Ведь не останутся они слепыми к торжеству светлого начала в жизни университета…
Но революция пришла отнюдь не в белых перчатках. Университет в центре бурлящей Москвы. Студенты чувствуют себя борцами за свободу, и иногда их протест принимает странные формы. В одном из писем к П. Струве С. Франк сообщает о разгроме химической лаборатории Вернадского, который, по словам Франка, «пришел в бешенство», хотел писать в газеты, и его еле уговорили не нападать на «нашу славную молодежь».
Тем временем во дворе университета, в аудиториях шныряют типы явно не студенческого вида, подпольщики и агитаторы.
Трубецкой обращается к студентам, доказывая, что академическая свобода — это не свобода митингов и демонстраций, а университет — не народная площадь и никогда ею не будет.
Княжна Ольга Трубецкая вспоминает, что брат предчувствовал: недолгим будет его ректорство. 28 сентября он выехал в Петербург к министру просвещения с резолюцией совета, где говорилось, что нежелательные в стенах университета собрания и митинги лучше всего будут устранены разрешением в стране свободы слова. Тогда прекратятся агитация и возбуждение студенчества посторонними личностями в стенах университета.
Двадцать девятого сентября его принял министр, а после попросил остаться на совещание по выработке нового устава университетов. Трубецкой остался, выступал, вносил поправки. Но примерно в семь вечера он почувствовал себя плохо. Его уложили в кабинете товарища министра на диван. Профессор-медик из Варшавы Щербаков оказал первую помощь. Сергей Николаевич начал бредить и потерял сознание. Карета «скорой помощи» отвезла его в Еленинскую больницу. В 12 часов ночи он, не приходя в сознание, умер от кровоизлияния в мозг.
Все вдруг осиротели. Интеллигенция увидела, что без Трубецкого в общественной жизни разверзлась пропасть.
Провожал его весь Петербург. А встречала гроб с телом вся Москва.
Вернадский узнал о смерти Трубецкого в Тамбове, на земском собрании и немедленно выехал в Москву. Успел прямо к похоронам, где единственный раз в жизни, может быть, расплакался. В старости вспоминал, что смерть смела человека, который мог бы направить в другую сторону весь ход событий. Пройдя через весь последующий трагический опыт, он имел право так сказать.
Грандиозная процессия, какой еще не видела Москва, двигалась от вокзала сначала к университету, где церковь не могла вместить всех венков, а затем к Донскому монастырю. До темноты звучали речи и над семейной усыпальницей Трубецких, и у входа в монастырь, где произносились революционные лозунги, и, к великому смущению обывателей, пели «Вы жертвою пали…».
Царь, вероятно, тоже испытывал чувство потери. Он лично выразил его вдове Трубецкого Прасковье Владимировне по телефону.